12 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4202 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007959  Nham_4202  conjugal transfer TraD  100 
 
 		 50 aa  97.8  4e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30131  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4673  conjugal transfer TraD  79.25 
 
 		 71 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.353098  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5516  Conjugal transfer TraD family protein  77.5 
 
 		 71 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184996  normal  0.022587 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5395  conjugal transfer protein TraD  80 
 
 		 71 aa  62.4  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.488744  normal  0.457429 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8048  conjugal transfer protein Dtr system  82.05 
 
 		 71 aa  62.8  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428769  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8129  conjugal transfer protein Dtr system  82.05 
 
 		 71 aa  62.8  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.201985  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7062  conjugal transfer protein TraD  79.49 
 
 		 81 aa  61.2  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.604351  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5050  conjugal transfer TraD family protein  77.5 
 
 		 64 aa  60.5  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.609822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9187  conjugal transfer protein TraD  80 
 
 		 81 aa  55.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4332  conjugal transfer TraD  65.79 
 
 		 97 aa  48.5  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9590  conjugal transfer protein Dtr system  71.88 
 
 		 92 aa  46.6  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.285665  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0185  hypothetical protein  55.56 
 
 		 89 aa  41.2  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>