28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5050 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_5050  conjugal transfer TraD family protein  100 
 
 		 64 aa  122  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.609822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5395  conjugal transfer protein TraD  98.15 
 
 		 71 aa  101  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.488744  normal  0.457429 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5516  Conjugal transfer TraD family protein  78.57 
 
 		 71 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184996  normal  0.022587 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8129  conjugal transfer protein Dtr system  76.79 
 
 		 71 aa  85.5  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.201985  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8048  conjugal transfer protein Dtr system  76.79 
 
 		 71 aa  85.5  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428769  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7062  conjugal transfer protein TraD  71.43 
 
 		 81 aa  80.1  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.604351  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9187  conjugal transfer protein TraD  78.57 
 
 		 81 aa  70.1  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4673  conjugal transfer TraD  66.67 
 
 		 71 aa  68.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.353098  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4202  conjugal transfer TraD  77.5 
 
 		 50 aa  60.5  0.000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30131  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9590  conjugal transfer protein Dtr system  65.96 
 
 		 92 aa  59.7  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.285665  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4332  conjugal transfer TraD  68.29 
 
 		 97 aa  53.1  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5001  conjugal transfer TraD family protein  42.03 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.973418  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0171  hypothetical protein  48.84 
 
 		 87 aa  47  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2274  conjugal transfer TraD  50 
 
 		 88 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.667805  normal  0.112089 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0147  conjugal transfer TraD  52.08 
 
 		 86 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.777947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3230  conjugal transfer TraD  52.08 
 
 		 81 aa  45.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0437  conjugal transfer protein traD  48 
 
 		 72 aa  44.7  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0270  conjugal transfer TraD family protein  46.43 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0619355 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2655  conjugal transfer TraD family protein  46.43 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0098  conjugal transfer TraD family protein  46.15 
 
 		 81 aa  43.5  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.358266 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0185  hypothetical protein  65.62 
 
 		 89 aa  43.5  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3948  conjugal transfer TraD  50 
 
 		 89 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0648  conjugal transfer TraD family protein  41.94 
 
 		 77 aa  42  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4518  conjugal transfer TraD  50 
 
 		 89 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527505 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0996  conjugal transfer TraD  50 
 
 		 89 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000550634 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4224  conjugal transfer TraD  50 
 
 		 81 aa  41.6  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0545637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1545  conjugal transfer TraD  46.15 
 
 		 84 aa  41.2  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.358728  normal  0.298058 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0440  conjugal transfer TraD family protein  47.83 
 
 		 78 aa  40.4  0.009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.13579  normal  0.614779 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>