28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5395 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5395  conjugal transfer protein TraD  100 
 
 
71 aa  134  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.488744  normal  0.457429 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5516  Conjugal transfer TraD family protein  80.28 
 
 
71 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184996  normal  0.022587 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8129  conjugal transfer protein Dtr system  76.06 
 
 
71 aa  107  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.201985  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8048  conjugal transfer protein Dtr system  76.06 
 
 
71 aa  107  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428769  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7062  conjugal transfer protein TraD  71.83 
 
 
81 aa  103  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.604351  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5050  conjugal transfer TraD family protein  98.15 
 
 
64 aa  101  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.609822  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9187  conjugal transfer protein TraD  78.87 
 
 
81 aa  95.9  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4673  conjugal transfer TraD  66.67 
 
 
71 aa  88.2  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.353098  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9590  conjugal transfer protein Dtr system  62.12 
 
 
92 aa  71.6  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.285665  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4202  conjugal transfer TraD  80 
 
 
50 aa  62.4  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30131  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0147  conjugal transfer TraD  52.31 
 
 
86 aa  57.4  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.777947  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5001  conjugal transfer TraD family protein  50 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.973418  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4332  conjugal transfer TraD  53.73 
 
 
97 aa  56.2  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0437  conjugal transfer protein traD  49.23 
 
 
72 aa  54.7  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0270  conjugal transfer TraD family protein  50 
 
 
88 aa  53.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0619355 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2655  conjugal transfer TraD family protein  50 
 
 
88 aa  53.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3230  conjugal transfer TraD  51.61 
 
 
81 aa  53.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64635  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3948  conjugal transfer TraD  51.61 
 
 
89 aa  51.2  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2274  conjugal transfer TraD  54.9 
 
 
88 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.667805  normal  0.112089 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0996  conjugal transfer TraD  49.21 
 
 
89 aa  50.8  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000550634 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4518  conjugal transfer TraD  50 
 
 
89 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.527505 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0098  conjugal transfer TraD family protein  50 
 
 
81 aa  49.3  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.358266 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4224  conjugal transfer TraD  54.72 
 
 
81 aa  49.3  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0545637  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0171  hypothetical protein  43.86 
 
 
87 aa  49.3  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0185  hypothetical protein  68.75 
 
 
89 aa  45.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0440  conjugal transfer TraD family protein  45.31 
 
 
78 aa  44.3  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.13579  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0648  conjugal transfer TraD family protein  50.88 
 
 
77 aa  43.9  0.0008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1545  conjugal transfer TraD  50 
 
 
84 aa  41.2  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.358728  normal  0.298058 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>