24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4673 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007961  Nham_4673  conjugal transfer TraD  100 
 
 		 71 aa  136  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.353098  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8129  conjugal transfer protein Dtr system  75.71 
 
 		 71 aa  102  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.201985  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8048  conjugal transfer protein Dtr system  75.71 
 
 		 71 aa  102  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428769  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7062  conjugal transfer protein TraD  74.29 
 
 		 81 aa  103  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.604351  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5516  Conjugal transfer TraD family protein  68.57 
 
 		 71 aa  94.4  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184996  normal  0.022587 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5395  conjugal transfer protein TraD  66.67 
 
 		 71 aa  88.2  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.488744  normal  0.457429 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9187  conjugal transfer protein TraD  74.29 
 
 		 81 aa  82  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4202  conjugal transfer TraD  79.25 
 
 		 50 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30131  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5050  conjugal transfer TraD family protein  66.67 
 
 		 64 aa  68.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.609822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4332  conjugal transfer TraD  56.92 
 
 		 97 aa  63.5  0.0000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9590  conjugal transfer protein Dtr system  57.63 
 
 		 92 aa  63.5  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.285665  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5001  conjugal transfer TraD family protein  51.67 
 
 		 80 aa  53.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.973418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0996  conjugal transfer TraD  48.61 
 
 		 89 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000550634 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4518  conjugal transfer TraD  47.22 
 
 		 89 aa  47.4  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527505 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2274  conjugal transfer TraD  50 
 
 		 88 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.667805  normal  0.112089 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0437  conjugal transfer protein traD  45.16 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0147  conjugal transfer TraD  44.29 
 
 		 86 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.777947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0098  conjugal transfer TraD family protein  44.93 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.358266 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5573  Conjugal transfer TraD family protein  47.46 
 
 		 65 aa  42.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0258543  normal  0.0242363 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0171  hypothetical protein  40.82 
 
 		 87 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0185  hypothetical protein  46.3 
 
 		 89 aa  40.8  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2655  conjugal transfer TraD family protein  44.07 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0270  conjugal transfer TraD family protein  44.07 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0619355 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0648  conjugal transfer TraD family protein  47.37 
 
 		 77 aa  40.4  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>