27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2274 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2274  conjugal transfer TraD  100 
 
 		 88 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.667805  normal  0.112089 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4518  conjugal transfer TraD  70.45 
 
 		 89 aa  123  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527505 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0996  conjugal transfer TraD  67.9 
 
 		 89 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000550634 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0437  conjugal transfer protein traD  81.43 
 
 		 72 aa  115  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0147  conjugal transfer TraD  68.6 
 
 		 86 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.777947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3948  conjugal transfer TraD  68.83 
 
 		 89 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2655  conjugal transfer TraD family protein  67.06 
 
 		 88 aa  110  8.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0270  conjugal transfer TraD family protein  67.06 
 
 		 88 aa  110  8.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0619355 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0098  conjugal transfer TraD family protein  65 
 
 		 81 aa  108  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.358266 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3230  conjugal transfer TraD  66.23 
 
 		 81 aa  104  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1545  conjugal transfer TraD  63.86 
 
 		 84 aa  99.8  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.358728  normal  0.298058 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4224  conjugal transfer TraD  63.16 
 
 		 81 aa  98.6  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0545637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0440  conjugal transfer TraD family protein  65.75 
 
 		 78 aa  97.1  7e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.13579  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3193  conjugal transfer TraD  55.41 
 
 		 90 aa  79.3  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0328  conjugal transfer TraD family protein  50.62 
 
 		 102 aa  76.3  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1150  conjugal transfer TraD family protein  48.65 
 
 		 76 aa  68.6  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0126783  hitchhiker  0.0000022316 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3573  Conjugal transfer TraD family protein  66 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0277333  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0180  conjugal transfer TraD family protein  55.1 
 
 		 87 aa  54.3  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5395  conjugal transfer protein TraD  54.9 
 
 		 71 aa  50.8  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.488744  normal  0.457429 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5516  Conjugal transfer TraD family protein  54.9 
 
 		 71 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184996  normal  0.022587 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4673  conjugal transfer TraD  50 
 
 		 71 aa  47  0.00009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.353098  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5050  conjugal transfer TraD family protein  50 
 
 		 64 aa  45.4  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.609822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4243  hypothetical protein  43.42 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326888  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9590  conjugal transfer protein Dtr system  48.08 
 
 		 92 aa  42.7  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.285665  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4332  conjugal transfer TraD  40.79 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8048  conjugal transfer protein Dtr system  47.06 
 
 		 71 aa  40.4  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428769  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8129  conjugal transfer protein Dtr system  47.06 
 
 		 71 aa  40.4  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.201985  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>