24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3948 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3948  conjugal transfer TraD  100 
 
 
89 aa  175  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0996  conjugal transfer TraD  80.9 
 
 
89 aa  144  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000550634 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4518  conjugal transfer TraD  77.53 
 
 
89 aa  141  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.527505 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0147  conjugal transfer TraD  80.23 
 
 
86 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.777947  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2655  conjugal transfer TraD family protein  71.95 
 
 
88 aa  125  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0270  conjugal transfer TraD family protein  71.95 
 
 
88 aa  125  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0619355 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0437  conjugal transfer protein traD  76.81 
 
 
72 aa  114  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2274  conjugal transfer TraD  68.83 
 
 
88 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.667805  normal  0.112089 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0098  conjugal transfer TraD family protein  67.53 
 
 
81 aa  109  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.358266 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3230  conjugal transfer TraD  65.82 
 
 
81 aa  108  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64635  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0440  conjugal transfer TraD family protein  71.01 
 
 
78 aa  101  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.13579  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4224  conjugal transfer TraD  58.23 
 
 
81 aa  97.8  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0545637  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1545  conjugal transfer TraD  61.54 
 
 
84 aa  96.7  9e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.358728  normal  0.298058 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3193  conjugal transfer TraD  56.76 
 
 
90 aa  79.7  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0328  conjugal transfer TraD family protein  52 
 
 
102 aa  74.7  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1150  conjugal transfer TraD family protein  52.24 
 
 
76 aa  66.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0126783  hitchhiker  0.0000022316 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3573  Conjugal transfer TraD family protein  49.38 
 
 
90 aa  65.5  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0277333  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0180  conjugal transfer TraD family protein  53.19 
 
 
87 aa  52.8  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5395  conjugal transfer protein TraD  51.61 
 
 
71 aa  51.2  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.488744  normal  0.457429 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8048  conjugal transfer protein Dtr system  50.79 
 
 
71 aa  47.8  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428769  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8129  conjugal transfer protein Dtr system  50.79 
 
 
71 aa  47.8  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.201985  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5516  Conjugal transfer TraD family protein  46.03 
 
 
71 aa  45.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184996  normal  0.022587 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5050  conjugal transfer TraD family protein  50 
 
 
64 aa  42.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.609822  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9590  conjugal transfer protein Dtr system  44.23 
 
 
92 aa  41.6  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.285665  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>