23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0098 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0098  conjugal transfer TraD family protein  100 
 
 		 81 aa  162  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.358266 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4518  conjugal transfer TraD  77.92 
 
 		 89 aa  124  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527505 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0437  conjugal transfer protein traD  82.86 
 
 		 72 aa  123  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2655  conjugal transfer TraD family protein  80.82 
 
 		 88 aa  122  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0270  conjugal transfer TraD family protein  80.82 
 
 		 88 aa  122  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0619355 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0147  conjugal transfer TraD  68.83 
 
 		 86 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.777947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0996  conjugal transfer TraD  71.62 
 
 		 89 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000550634 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3948  conjugal transfer TraD  67.53 
 
 		 89 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3230  conjugal transfer TraD  73.97 
 
 		 81 aa  108  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2274  conjugal transfer TraD  65 
 
 		 88 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.667805  normal  0.112089 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4224  conjugal transfer TraD  72.6 
 
 		 81 aa  107  6e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0545637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1545  conjugal transfer TraD  63.64 
 
 		 84 aa  103  8e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.358728  normal  0.298058 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0440  conjugal transfer TraD family protein  71.01 
 
 		 78 aa  103  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.13579  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3193  conjugal transfer TraD  58.11 
 
 		 90 aa  84  6e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1150  conjugal transfer TraD family protein  54.05 
 
 		 76 aa  75.1  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0126783  hitchhiker  0.0000022316 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0328  conjugal transfer TraD family protein  52.11 
 
 		 102 aa  73.6  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3573  Conjugal transfer TraD family protein  48.68 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0277333  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0180  conjugal transfer TraD family protein  61.22 
 
 		 87 aa  60.5  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5395  conjugal transfer protein TraD  50 
 
 		 71 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.488744  normal  0.457429 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5516  Conjugal transfer TraD family protein  46.77 
 
 		 71 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184996  normal  0.022587 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9590  conjugal transfer protein Dtr system  44.83 
 
 		 92 aa  44.3  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.285665  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5050  conjugal transfer TraD family protein  46.15 
 
 		 64 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.609822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4673  conjugal transfer TraD  44.93 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.353098  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>