More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8148 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011982  Avi_8148  ABC transporter membrane spanning protein  100 
 
 
293 aa  568  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.46903  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1262  ABC-type spermidine/putrescine transport system  42.99 
 
 
322 aa  183  3e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1016  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.46 
 
 
330 aa  182  6e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.725697  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.98 
 
 
282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.98 
 
 
282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  36.23 
 
 
282 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  36.23 
 
 
282 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1440  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.38 
 
 
282 aa  170  3e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00199938  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
293 aa  169  5e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.02 
 
 
285 aa  169  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1399  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.38 
 
 
282 aa  169  6e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.73 
 
 
267 aa  169  6e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1610  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.91 
 
 
303 aa  168  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0588164  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1178  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  38.94 
 
 
282 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1180  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  38.94 
 
 
282 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00976508  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1376  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  38.94 
 
 
282 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078006 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0938  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotH  36.68 
 
 
324 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123183  normal  0.465808 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.5 
 
 
282 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
324 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.93633  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.07 
 
 
587 aa  166  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.63 
 
 
286 aa  166  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.6 
 
 
296 aa  166  4e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1158  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  37.5 
 
 
286 aa  165  1.0000000000000001e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000395482  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.5 
 
 
285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.418617  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5048  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.12 
 
 
308 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145296  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1599  spermidine/putrescine transport system permease protein  37.5 
 
 
293 aa  162  6e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.120621  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
281 aa  162  6e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3395  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  37.18 
 
 
290 aa  162  7e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.445606  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
313 aa  162  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.036296  normal  0.0908673 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
322 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
303 aa  162  8.000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.433095  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  34.48 
 
 
286 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
307 aa  161  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.1 
 
 
286 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
309 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0925484  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
309 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
295 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
309 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.35956 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
308 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.806732 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
290 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.662155  normal  0.855546 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
293 aa  160  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
308 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.508263  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
308 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  37.1 
 
 
317 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
303 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1365  putative putrescine transport system permease protein  38.46 
 
 
302 aa  159  4e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1950  putrescine ABC transporter, permease protein  35.86 
 
 
326 aa  159  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.443162  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2278  putrescine ABC transporter, permease protein  34.33 
 
 
309 aa  159  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0728081  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.24 
 
 
328 aa  158  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.28 
 
 
303 aa  158  8e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.24 
 
 
328 aa  158  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
331 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
328 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
328 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.24 
 
 
331 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
328 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 
303 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00142926  hitchhiker  0.00113268 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0632  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  36.24 
 
 
326 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.24 
 
 
328 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2018  putrescine ABC transport system, permease protein  36.24 
 
 
326 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0724  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  36.24 
 
 
326 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
323 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
308 aa  157  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.895819  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.35 
 
 
288 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.97 
 
 
318 aa  156  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.879791  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1952  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  36.73 
 
 
309 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00258406  normal  0.610972 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2224  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  34.31 
 
 
281 aa  156  4e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
593 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
281 aa  155  5.0000000000000005e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1936  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potB)-like protein  33.69 
 
 
281 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2146  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.77 
 
 
286 aa  155  6e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1272  polyamine ABC transporter, permease protein  36.4 
 
 
301 aa  155  7e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1861  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.77 
 
 
286 aa  155  7e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.317879  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.86 
 
 
303 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00131035  hitchhiker  0.000000775198 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
305 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.055919  normal  0.0738554 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
295 aa  154  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
309 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622  normal  0.150857 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0871  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  35.8 
 
 
284 aa  154  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.06 
 
 
305 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
305 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0181159  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 
309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197627  normal  0.200022 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
588 aa  153  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 
305 aa  152  5e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.167031  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1106  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  36.71 
 
 
271 aa  152  5e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1533  polyamine transport protein PotB  36.01 
 
 
297 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.8542  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.29 
 
 
299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.26 
 
 
291 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
302 aa  151  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7681  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  35.51 
 
 
297 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.962209  normal  0.12531 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
304 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.19128  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
306 aa  151  1e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0668504  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1802  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  33.98 
 
 
291 aa  150  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0981  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.79 
 
 
299 aa  150  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
305 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.987199 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3950  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
295 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.872266  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
299 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0425652 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2421  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  34.85 
 
 
291 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 
306 aa  150  3e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.995007  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.96 
 
 
290 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>