More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02288 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  100 
 
 
286 aa  568  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  97.2 
 
 
286 aa  559  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  88.46 
 
 
286 aa  524  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  88.42 
 
 
285 aa  518  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1861  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  67.48 
 
 
286 aa  409  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.317879  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2146  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  67.48 
 
 
286 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.21 
 
 
285 aa  402  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000172169  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1245  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  68.21 
 
 
285 aa  402  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.332009  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2001  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  68.21 
 
 
285 aa  402  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.819816 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2478  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  68.21 
 
 
285 aa  402  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.165165  normal  0.578338 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1326  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  67.63 
 
 
287 aa  398  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0226525 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1342  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  67.99 
 
 
287 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.377668 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1304  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  67.99 
 
 
287 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1638  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  67.86 
 
 
285 aa  400  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2141  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  67.99 
 
 
287 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  68.82 
 
 
287 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01123  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  68.73 
 
 
275 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1303  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  68.46 
 
 
287 aa  397  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01131  hypothetical protein  68.73 
 
 
275 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1566  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  67.74 
 
 
287 aa  395  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000236366 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1959  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  68.5 
 
 
277 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.448664  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1158  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  61.15 
 
 
286 aa  358  7e-98  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000395482  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.75 
 
 
308 aa  324  1e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130981  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0342  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.6 
 
 
285 aa  322  4e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.21 
 
 
292 aa  315  8e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3671  polyamine ABC transporter, permease protein  54 
 
 
292 aa  291  1e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.63 
 
 
283 aa  288  7e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11898  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.7 
 
 
322 aa  286  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0871  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  52.49 
 
 
284 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.08 
 
 
295 aa  271  1e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1147  hypothetical protein  46.47 
 
 
282 aa  254  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1142  hypothetical protein  46.47 
 
 
282 aa  253  3e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.66 
 
 
282 aa  250  2e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.66 
 
 
282 aa  250  2e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  44.66 
 
 
282 aa  248  5e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  44.66 
 
 
282 aa  248  5e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48 
 
 
295 aa  246  2e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
293 aa  245  6.999999999999999e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.9 
 
 
281 aa  240  2e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1399  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.66 
 
 
282 aa  237  2e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1178  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  44.66 
 
 
282 aa  237  2e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1180  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  44.66 
 
 
282 aa  237  2e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00976508  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1376  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.66 
 
 
282 aa  237  2e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078006 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.49 
 
 
282 aa  236  2e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1440  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.66 
 
 
282 aa  236  3e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00199938  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.21 
 
 
293 aa  227  2e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.282728  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.92 
 
 
278 aa  226  4e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3950  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.28 
 
 
295 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.872266  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1936  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potB)-like protein  40.15 
 
 
281 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.17 
 
 
301 aa  212  7e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.378424  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2224  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  39.02 
 
 
281 aa  211  9e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1610  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  49.51 
 
 
303 aa  211  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0588164  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1802  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.77 
 
 
291 aa  210  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
293 aa  209  3e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.05 
 
 
303 aa  209  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.433095  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
302 aa  207  1e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.14972  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
303 aa  207  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17630  polyamine transport protein PotB  43.19 
 
 
297 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
302 aa  206  4e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1533  polyamine transport protein PotB  42.25 
 
 
297 aa  206  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.8542  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.07 
 
 
299 aa  205  8e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04240  putative permease of ABC transporter  46.26 
 
 
309 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1272  polyamine ABC transporter, permease protein  39.15 
 
 
301 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.45 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00131035  hitchhiker  0.000000775198 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1118  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.46 
 
 
277 aa  199  5e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.069408  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.95 
 
 
303 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00142926  hitchhiker  0.00113268 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.72 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.596967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000446726  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.26 
 
 
303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0492814  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0126623  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.90235  normal  0.0128197 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.37 
 
 
289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00460973 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.25 
 
 
275 aa  196  3e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00131219  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
331 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.53 
 
 
305 aa  196  5.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.167031  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2384  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.81 
 
 
319 aa  195  6e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
304 aa  195  7e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.113051  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
331 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0981  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.29 
 
 
299 aa  194  1e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1950  putrescine ABC transporter, permease protein  38.71 
 
 
326 aa  194  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.443162  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
301 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0057841  normal  0.437411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
301 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0768287  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1016  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.43 
 
 
330 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.725697  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
301 aa  194  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0587247  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2018  putrescine ABC transport system, permease protein  38.35 
 
 
326 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.81 
 
 
323 aa  193  3e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.134658 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1262  ABC-type spermidine/putrescine transport system  40.82 
 
 
322 aa  193  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.99 
 
 
328 aa  192  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.99 
 
 
328 aa  192  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1365  putative putrescine transport system permease protein  43.98 
 
 
302 aa  192  4e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
328 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
328 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
328 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
305 aa  192  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0181159  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.63 
 
 
328 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
323 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0724  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  37.99 
 
 
326 aa  191  8e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0938  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotH  37.63 
 
 
324 aa  192  8e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123183  normal  0.465808 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
296 aa  192  8e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>