More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1861 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1861  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  100 
 
 
286 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.317879  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2146  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  97.2 
 
 
286 aa  558  1e-158  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1638  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  78.87 
 
 
285 aa  466  9.999999999999999e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.87 
 
 
285 aa  462  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000172169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2478  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  78.87 
 
 
285 aa  462  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.165165  normal  0.578338 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1245  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  78.87 
 
 
285 aa  462  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.332009  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2001  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  78.87 
 
 
285 aa  462  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.819816 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1342  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  78.93 
 
 
287 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.377668 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  78.25 
 
 
287 aa  457  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2141  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  78.93 
 
 
287 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1326  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  78.57 
 
 
287 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0226525 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1566  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  78.29 
 
 
287 aa  455  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000236366 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1304  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  78.93 
 
 
287 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1303  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  77.89 
 
 
287 aa  455  1e-127  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01123  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  80 
 
 
275 aa  450  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01131  hypothetical protein  80 
 
 
275 aa  450  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1959  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  80.07 
 
 
277 aa  444  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.448664  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  68.88 
 
 
286 aa  418  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  67.48 
 
 
286 aa  409  1e-113  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  66.78 
 
 
286 aa  406  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  67.96 
 
 
285 aa  404  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1158  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  60.49 
 
 
286 aa  367  1e-100  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000395482  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.39 
 
 
308 aa  332  5e-90  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130981  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0342  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.93 
 
 
285 aa  319  3.9999999999999996e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.58 
 
 
292 aa  306  2.0000000000000002e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.21 
 
 
283 aa  294  1e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11898  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0871  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  52.11 
 
 
284 aa  279  4e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3671  polyamine ABC transporter, permease protein  51.75 
 
 
292 aa  277  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.12 
 
 
322 aa  272  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.35 
 
 
295 aa  266  4e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1147  hypothetical protein  49.62 
 
 
282 aa  265  7e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1142  hypothetical protein  49.25 
 
 
282 aa  263  2e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  45.15 
 
 
282 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  45.15 
 
 
282 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.24 
 
 
282 aa  246  3e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.24 
 
 
282 aa  246  3e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1180  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  45.52 
 
 
282 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00976508  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1178  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  45.15 
 
 
282 aa  242  5e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1376  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  45.15 
 
 
282 aa  242  5e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078006 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1399  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.78 
 
 
282 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1440  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.78 
 
 
282 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00199938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
282 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
295 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
281 aa  228  1e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.35 
 
 
293 aa  224  1e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1016  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.55 
 
 
330 aa  218  6e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.725697  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.92 
 
 
293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.78 
 
 
278 aa  215  8e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1802  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.73 
 
 
291 aa  213  2.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2224  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  40.56 
 
 
281 aa  212  7e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4398  putrescine ABC transporter subunit inner membrane protein  41.72 
 
 
338 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.777708  normal  0.271562 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1936  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potB)-like protein  40.56 
 
 
281 aa  210  2e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3950  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.97 
 
 
295 aa  210  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.872266  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17630  polyamine transport protein PotB  43.51 
 
 
297 aa  209  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4862  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45 
 
 
306 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1533  polyamine transport protein PotB  43.51 
 
 
297 aa  209  6e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.8542  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.76 
 
 
303 aa  209  6e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.06 
 
 
293 aa  209  6e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.282728  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.26 
 
 
306 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.678954 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
303 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.433095  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
301 aa  207  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0511337  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.3 
 
 
303 aa  206  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.26 
 
 
301 aa  206  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0057841  normal  0.437411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.26 
 
 
301 aa  206  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0768287  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.26 
 
 
301 aa  206  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0587247  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1272  polyamine ABC transporter, permease protein  38.93 
 
 
301 aa  206  4e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.72 
 
 
301 aa  206  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.83 
 
 
306 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.542321  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.83 
 
 
306 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5302  putrescine ABC transporter, permease protein  44.17 
 
 
317 aa  205  8e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1694  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  42.68 
 
 
321 aa  204  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2475  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  44.21 
 
 
317 aa  204  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.41505  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
296 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.97 
 
 
306 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00861  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  43.78 
 
 
317 aa  203  3e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0884  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  43.78 
 
 
317 aa  203  3e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.994731  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0959  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  43.78 
 
 
317 aa  203  3e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1370  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  42.92 
 
 
317 aa  203  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2740  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  43.78 
 
 
317 aa  203  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0654072  normal  0.41994 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00867  hypothetical protein  43.78 
 
 
317 aa  203  3e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.78 
 
 
317 aa  202  4e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1950  putrescine ABC transporter, permease protein  40.5 
 
 
326 aa  202  4e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.443162  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
301 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0126623  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
301 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000446726  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
301 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.90235  normal  0.0128197 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0928  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  43.78 
 
 
317 aa  202  4e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
301 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0492814  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2119  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.5 
 
 
304 aa  202  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0489568  normal  0.20027 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
308 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.806732 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
308 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.508263  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1647  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  43.48 
 
 
321 aa  202  5e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.16764 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
308 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5048  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  39.71 
 
 
308 aa  202  7e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145296  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
305 aa  201  9.999999999999999e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.167031  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
309 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.35956 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1012  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  43.35 
 
 
317 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.37913 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.43 
 
 
328 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2278  putrescine ABC transporter, permease protein  38.99 
 
 
309 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0728081  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04240  putative permease of ABC transporter  44.09 
 
 
309 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0916  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  42.04 
 
 
317 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>