More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6067 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
323 aa  644    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7681  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  94.24 
 
 
297 aa  544  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.962209  normal  0.12531 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.55 
 
 
331 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.2 
 
 
328 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.2 
 
 
328 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.2 
 
 
328 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  79.19 
 
 
328 aa  521  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  79.19 
 
 
328 aa  521  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.69 
 
 
331 aa  511  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.95 
 
 
328 aa  499  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1950  putrescine ABC transporter, permease protein  81.6 
 
 
326 aa  484  1e-135  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.443162  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2018  putrescine ABC transport system, permease protein  81.12 
 
 
326 aa  478  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0632  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  81.47 
 
 
326 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0724  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  81.47 
 
 
326 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0938  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotH  74.14 
 
 
324 aa  475  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123183  normal  0.465808 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.52 
 
 
324 aa  475  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.93633  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2278  putrescine ABC transporter, permease protein  69.05 
 
 
309 aa  417  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0728081  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.28 
 
 
309 aa  413  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197627  normal  0.200022 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1952  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  70.69 
 
 
309 aa  411  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00258406  normal  0.610972 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70 
 
 
309 aa  409  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622  normal  0.150857 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.15 
 
 
308 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.806732 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.71 
 
 
309 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0925484  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5048  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  68.15 
 
 
308 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145296  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.71 
 
 
309 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.35956 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.15 
 
 
308 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.508263  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.71 
 
 
309 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.15 
 
 
308 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1786  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  68.81 
 
 
309 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2308  putrescine transport system permease protein  69.05 
 
 
309 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1056  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  68.81 
 
 
309 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.230048  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2121  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  69.05 
 
 
309 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.466504  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2177  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  69.05 
 
 
309 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.499843  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0109  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  68.81 
 
 
309 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.691991  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.38 
 
 
306 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.678954 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.42 
 
 
301 aa  343  2e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.71 
 
 
306 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.542321  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5402  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.57 
 
 
306 aa  342  5e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.434189  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.71 
 
 
306 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.04 
 
 
306 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.4 
 
 
301 aa  339  4e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.61 
 
 
301 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0511337  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.2 
 
 
299 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360446  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.42 
 
 
301 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.45 
 
 
301 aa  334  1e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0057841  normal  0.437411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.45 
 
 
301 aa  334  1e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0768287  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.76 
 
 
301 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000446726  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.76 
 
 
301 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0492814  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.76 
 
 
301 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0126623  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.76 
 
 
301 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.90235  normal  0.0128197 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.05 
 
 
302 aa  333  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.1 
 
 
301 aa  333  2e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0587247  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1016  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.95 
 
 
330 aa  331  1e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.725697  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4862  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.05 
 
 
306 aa  329  3e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2285  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  53.56 
 
 
319 aa  328  7e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1272  polyamine ABC transporter, permease protein  52.07 
 
 
301 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2384  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  52.88 
 
 
319 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1063  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.42 
 
 
301 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5302  putrescine ABC transporter, permease protein  56.38 
 
 
317 aa  325  6e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.3 
 
 
303 aa  321  8e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2119  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.76 
 
 
304 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0489568  normal  0.20027 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.4 
 
 
303 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0381119  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48740  Polyamine transport protein PotH  57.82 
 
 
300 aa  319  3.9999999999999996e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.218163  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.47 
 
 
296 aa  319  5e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1262  ABC-type spermidine/putrescine transport system  55.18 
 
 
322 aa  318  1e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0394  polyamine transport protein PotH  55.81 
 
 
303 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03950  polyamine transport protein PotH  56.51 
 
 
293 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1344  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.25 
 
 
310 aa  312  4.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1370  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49.52 
 
 
317 aa  310  2e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  49.02 
 
 
317 aa  308  9e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.7 
 
 
304 aa  305  5.0000000000000004e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.113051  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.55 
 
 
293 aa  305  5.0000000000000004e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1960  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  52.22 
 
 
324 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.870189  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.16 
 
 
305 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0181159  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.43 
 
 
307 aa  301  8.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0884  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  51.74 
 
 
317 aa  301  1e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.994731  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.74 
 
 
317 aa  300  2e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1013  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  51.74 
 
 
317 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0928  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  51.2 
 
 
317 aa  300  2e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1694  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  53.73 
 
 
321 aa  300  2e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0984  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  51.74 
 
 
317 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1032  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  51.74 
 
 
317 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0916  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  51.74 
 
 
317 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0952  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  51.74 
 
 
317 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00861  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  51.39 
 
 
317 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2740  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  51.39 
 
 
317 aa  300  3e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0654072  normal  0.41994 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0959  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  51.39 
 
 
317 aa  300  3e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00867  hypothetical protein  51.39 
 
 
317 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2475  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  50.86 
 
 
317 aa  299  4e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.41505  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1012  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  51.39 
 
 
317 aa  298  7e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.37913 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.22 
 
 
303 aa  298  8e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.433095  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1647  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49.53 
 
 
321 aa  297  1e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.16764 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.76 
 
 
285 aa  297  2e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00751229  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1610  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  52.58 
 
 
303 aa  295  7e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0588164  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.76 
 
 
267 aa  295  7e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.16 
 
 
313 aa  293  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.036296  normal  0.0908673 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.87 
 
 
315 aa  291  8e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000338727 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1565  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  50.94 
 
 
321 aa  289  6e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1905  putrescine ABC transporter, permease protein  52.07 
 
 
322 aa  288  7e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.862589  normal  0.408626 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.85 
 
 
305 aa  288  9e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.055919  normal  0.0738554 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2728  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  50.62 
 
 
321 aa  288  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>