More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4875 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.02 
 
 
597 aa  688    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
587 aa  1147    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.12 
 
 
588 aa  632  1e-180  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.63 
 
 
593 aa  521  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.81 
 
 
606 aa  449  1e-125  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
593 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
596 aa  316  8e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
591 aa  299  8e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.72 
 
 
669 aa  260  4e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
550 aa  258  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957073  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.45 
 
 
591 aa  246  6.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.184868  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.99 
 
 
588 aa  227  6e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0237049  normal  0.467133 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1589  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  43.25 
 
 
303 aa  192  1e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0639141 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
301 aa  192  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.58 
 
 
283 aa  190  7e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0734345  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.91 
 
 
314 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.42 
 
 
290 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.2 
 
 
275 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1508  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  41.06 
 
 
301 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0734046  normal  0.0460711 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1936  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potB)-like protein  38.26 
 
 
281 aa  186  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2224  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  38.26 
 
 
281 aa  184  3e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.74 
 
 
413 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
288 aa  184  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
302 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21378  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.19 
 
 
294 aa  183  7e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.132934  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.72 
 
 
417 aa  183  9.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3471  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  40.27 
 
 
417 aa  182  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1106  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  42.55 
 
 
271 aa  181  2.9999999999999997e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 
421 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.356927  normal  0.017991 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.55 
 
 
420 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.916996  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
303 aa  179  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.09 
 
 
282 aa  179  2e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
272 aa  178  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.09 
 
 
282 aa  179  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
272 aa  178  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.49 
 
 
305 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.5 
 
 
305 aa  178  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.192229 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.38 
 
 
282 aa  178  3e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.38 
 
 
282 aa  178  3e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.9 
 
 
416 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.78 
 
 
424 aa  177  4e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
305 aa  177  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336194  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1802  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 
291 aa  177  6e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
423 aa  176  7e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.252621  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.15 
 
 
305 aa  177  7e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0157506 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1440  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.29 
 
 
282 aa  176  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00199938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
282 aa  176  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
283 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.153195  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4698  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.95 
 
 
418 aa  175  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.74 
 
 
420 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193876  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
278 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1399  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.29 
 
 
282 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.17 
 
 
282 aa  174  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2931  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  41.03 
 
 
422 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.16 
 
 
274 aa  174  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  40.17 
 
 
282 aa  174  3.9999999999999995e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
282 aa  174  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2400  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.57 
 
 
318 aa  174  5e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0272456  normal  0.898727 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2046  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.18 
 
 
406 aa  174  5.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.480866  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 
278 aa  174  5.999999999999999e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1180  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  35.86 
 
 
282 aa  173  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00976508  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
422 aa  173  6.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838973  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.46 
 
 
423 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.554758 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1178  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  35.86 
 
 
282 aa  173  7.999999999999999e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1376  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.86 
 
 
282 aa  173  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078006 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
422 aa  172  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275923  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
289 aa  173  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.270331  normal  0.616396 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2499  putative polyamine ABC transporter, permease protein  43.93 
 
 
419 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  43.93 
 
 
419 aa  172  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574113  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0433  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  43.93 
 
 
419 aa  172  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  43.93 
 
 
419 aa  172  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2360  putative polyamine ABC transporter, permease protein  43.93 
 
 
419 aa  172  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0447  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.6 
 
 
301 aa  172  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
303 aa  172  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00142926  hitchhiker  0.00113268 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
293 aa  172  2e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.09 
 
 
275 aa  172  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0484  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  43.93 
 
 
419 aa  172  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0644  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  43.93 
 
 
419 aa  171  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2666  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  36.33 
 
 
284 aa  170  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0393724  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
425 aa  171  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.653272  normal  0.230244 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
279 aa  170  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.06 
 
 
424 aa  170  7e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.370122  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  36.86 
 
 
267 aa  170  7e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
275 aa  170  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
281 aa  170  8e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.23 
 
 
422 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.633443  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.41 
 
 
274 aa  169  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003667  putative permease of ABC transporter  42.08 
 
 
426 aa  169  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
274 aa  169  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.560014  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4688  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.07 
 
 
279 aa  169  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.853337  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.23 
 
 
422 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.030853  normal  0.984041 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.71 
 
 
295 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
541 aa  169  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.263811  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
276 aa  168  2e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2168  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  42.99 
 
 
418 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0193763  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
283 aa  168  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783769  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
275 aa  168  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
296 aa  168  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  35.55 
 
 
282 aa  167  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>