165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8016 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  100 
 
 		 273 aa  551  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  80.15 
 
 		 275 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  69.23 
 
 		 270 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  68.13 
 
 		 270 aa  362  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  58.36 
 
 		 269 aa  332  3e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  57.97 
 
 		 271 aa  324  8.000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  55.56 
 
 		 270 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  57.47 
 
 		 266 aa  301  9e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  56.62 
 
 		 267 aa  297  1e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  54.58 
 
 		 271 aa  293  3e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  56.44 
 
 		 264 aa  289  4e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  54.68 
 
 		 268 aa  287  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  54.85 
 
 		 267 aa  286  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  56.06 
 
 		 262 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  52.22 
 
 		 268 aa  279  4e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  56.06 
 
 		 262 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  41.48 
 
 		 312 aa  208  6e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  41.51 
 
 		 321 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  41.29 
 
 		 327 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  40.94 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  40.75 
 
 		 293 aa  199  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  38.46 
 
 		 349 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  39.62 
 
 		 291 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  38.83 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  38.49 
 
 		 332 aa  195  7e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  40.08 
 
 		 293 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  39.02 
 
 		 328 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  39.33 
 
 		 310 aa  188  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  38.26 
 
 		 331 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  38.72 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  39.02 
 
 		 333 aa  187  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  37.88 
 
 		 278 aa  186  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  39.69 
 
 		 283 aa  185  7e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  38.72 
 
 		 269 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  37.45 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  34.78 
 
 		 281 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  33.33 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  33.58 
 
 		 287 aa  159  5e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  35.27 
 
 		 302 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  32.2 
 
 		 282 aa  155  9e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  34.19 
 
 		 267 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  33.83 
 
 		 267 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  34.09 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  31.98 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  34.01 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  33.82 
 
 		 285 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  32.08 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  33.07 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8276  hypothetical protein  100 
 
 		 120 aa  145  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200628  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  32.18 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  30.27 
 
 		 284 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  33.46 
 
 		 267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  30.12 
 
 		 284 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  31.34 
 
 		 324 aa  135  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  30.32 
 
 		 284 aa  134  9.999999999999999e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  31.85 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  31.85 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  31.18 
 
 		 335 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  29.45 
 
 		 274 aa  132  7.999999999999999e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  30.45 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  30.97 
 
 		 335 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  31.05 
 
 		 339 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  30.69 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  30.69 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  31.85 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  31.67 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  30.68 
 
 		 347 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  30.15 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  33.46 
 
 		 283 aa  123  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  28.94 
 
 		 367 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  31.2 
 
 		 320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  28.94 
 
 		 368 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  28.94 
 
 		 368 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  27.55 
 
 		 341 aa  119  7e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  30.29 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  30.48 
 
 		 330 aa  116  3e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  26.74 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  31.82 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  28.52 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  30.82 
 
 		 273 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  29.81 
 
 		 299 aa  112  9e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  27.88 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  26.3 
 
 		 282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  30.89 
 
 		 286 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  26.82 
 
 		 334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  28.62 
 
 		 273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  30.07 
 
 		 273 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  27.92 
 
 		 273 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  29.57 
 
 		 276 aa  109  4.0000000000000004e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  26.81 
 
 		 293 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  29.17 
 
 		 375 aa  109  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  30.74 
 
 		 325 aa  109  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  30.34 
 
 		 347 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  26.62 
 
 		 270 aa  107  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  28.46 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  30 
 
 		 391 aa  107  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  25.56 
 
 		 295 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  30.74 
 
 		 347 aa  105  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  26.79 
 
 		 257 aa  105  7e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  29.17 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>