165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6966 on replicon NC_012858
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  100 
 
 		 275 aa  556  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  79.41 
 
 		 273 aa  419  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  73.99 
 
 		 270 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  69.74 
 
 		 270 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  60.95 
 
 		 271 aa  330  1e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  56.41 
 
 		 269 aa  326  2.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  55.3 
 
 		 270 aa  312  2.9999999999999996e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  55.31 
 
 		 267 aa  310  1e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  55.09 
 
 		 266 aa  295  4e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  54.55 
 
 		 271 aa  295  8e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  56.34 
 
 		 268 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  55.15 
 
 		 264 aa  292  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  54.51 
 
 		 262 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  55.31 
 
 		 267 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  54.14 
 
 		 262 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  50.92 
 
 		 268 aa  275  7e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  41.03 
 
 		 327 aa  211  7.999999999999999e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  40.98 
 
 		 293 aa  206  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  40.6 
 
 		 278 aa  204  1e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  40.07 
 
 		 293 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  40.52 
 
 		 294 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  40.15 
 
 		 312 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  40.23 
 
 		 333 aa  199  3e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  37.82 
 
 		 349 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  40.37 
 
 		 291 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  40.23 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  39.77 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  38.35 
 
 		 331 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  40.43 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  37.88 
 
 		 328 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  38.64 
 
 		 332 aa  195  7e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  40.91 
 
 		 283 aa  193  3e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  39.78 
 
 		 269 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  37.12 
 
 		 299 aa  178  8e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  36.88 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  32.71 
 
 		 281 aa  165  6.9999999999999995e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  31.52 
 
 		 282 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  33.84 
 
 		 287 aa  160  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  33.21 
 
 		 267 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  33.94 
 
 		 267 aa  158  7e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  34.57 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  33.71 
 
 		 285 aa  155  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  35.95 
 
 		 299 aa  155  9e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  33.71 
 
 		 285 aa  154  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  32.32 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  33.93 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  30.8 
 
 		 284 aa  149  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  32.63 
 
 		 285 aa  148  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  31.84 
 
 		 297 aa  148  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  31.9 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  35.33 
 
 		 295 aa  142  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  32.22 
 
 		 307 aa  142  7e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  31.65 
 
 		 274 aa  142  9e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  33.21 
 
 		 267 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  32.46 
 
 		 324 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  31.76 
 
 		 339 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  31.76 
 
 		 339 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  31.72 
 
 		 287 aa  137  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  31.88 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  31.41 
 
 		 347 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  31.32 
 
 		 339 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  31.16 
 
 		 335 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  32 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  30.71 
 
 		 333 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  30.88 
 
 		 335 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  33.08 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  29.82 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  30.86 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  30.04 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  32.33 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  30.07 
 
 		 368 aa  122  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  30.07 
 
 		 368 aa  122  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  30.37 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  30.07 
 
 		 367 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  32.76 
 
 		 341 aa  122  7e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  30.51 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  31.28 
 
 		 320 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  30.25 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  29.41 
 
 		 318 aa  118  9e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  31.41 
 
 		 347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  30.04 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  30.15 
 
 		 276 aa  115  6.9999999999999995e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  28.99 
 
 		 270 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  29.04 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  29.2 
 
 		 375 aa  113  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  28.03 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  29.2 
 
 		 334 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  29.63 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  34.86 
 
 		 391 aa  111  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  30.87 
 
 		 325 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  30.57 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  27.76 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  29.23 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  31.58 
 
 		 396 aa  109  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  33.94 
 
 		 259 aa  109  4.0000000000000004e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  29.24 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  28.41 
 
 		 278 aa  109  5e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  32.27 
 
 		 284 aa  108  7.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  29.6 
 
 		 277 aa  108  7.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  30.22 
 
 		 259 aa  108  7.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>