164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1426 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  100 
 
 		 294 aa  595  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  67.86 
 
 		 299 aa  397  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  63.96 
 
 		 302 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  56.29 
 
 		 304 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  64.15 
 
 		 297 aa  353  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  62.2 
 
 		 287 aa  330  1e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  63.98 
 
 		 295 aa  329  3e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  60.62 
 
 		 267 aa  323  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  58.8 
 
 		 267 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  54.58 
 
 		 285 aa  314  9.999999999999999e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  52.67 
 
 		 281 aa  310  2e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  56.81 
 
 		 284 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  56.81 
 
 		 284 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  59.07 
 
 		 267 aa  306  3e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  55.32 
 
 		 282 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  52.31 
 
 		 287 aa  279  4e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  44.44 
 
 		 310 aa  229  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  41.78 
 
 		 331 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  40.21 
 
 		 328 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  41.16 
 
 		 349 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  40.06 
 
 		 327 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  41.41 
 
 		 332 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  39.86 
 
 		 312 aa  215  5.9999999999999996e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  41.34 
 
 		 278 aa  209  3e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  42.35 
 
 		 321 aa  207  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  40.36 
 
 		 333 aa  206  3e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  39.18 
 
 		 293 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  37.97 
 
 		 293 aa  205  6e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  37.5 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  38.93 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  38.54 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  38.13 
 
 		 291 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  39 
 
 		 283 aa  192  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  40.6 
 
 		 270 aa  191  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  38.55 
 
 		 269 aa  187  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  38.46 
 
 		 271 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  37.89 
 
 		 266 aa  177  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  38.22 
 
 		 270 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  35.5 
 
 		 271 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  38.39 
 
 		 270 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  36.74 
 
 		 275 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  34.18 
 
 		 269 aa  169  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  36.96 
 
 		 290 aa  169  6e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  34.67 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  35.16 
 
 		 267 aa  168  1e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  35.45 
 
 		 268 aa  165  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  37.73 
 
 		 273 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  37.36 
 
 		 273 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  35.88 
 
 		 285 aa  163  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  39.37 
 
 		 273 aa  162  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  36.05 
 
 		 264 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  37 
 
 		 267 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  35.66 
 
 		 262 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  35.07 
 
 		 268 aa  155  6e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  34.89 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  36.28 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  33.45 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  37.17 
 
 		 273 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  35.66 
 
 		 262 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  32.31 
 
 		 274 aa  148  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  33.68 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  31.92 
 
 		 284 aa  147  3e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  32.66 
 
 		 304 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  30.04 
 
 		 270 aa  143  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  31.86 
 
 		 344 aa  142  5e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  32.7 
 
 		 273 aa  142  7e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  33.9 
 
 		 343 aa  141  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  31.28 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  31.9 
 
 		 325 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  33.33 
 
 		 330 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  32.55 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  34.86 
 
 		 347 aa  139  4.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  32.09 
 
 		 264 aa  139  6e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  31.99 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  34.03 
 
 		 286 aa  139  6e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  30.95 
 
 		 344 aa  139  6e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  33.85 
 
 		 276 aa  139  7.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  34.72 
 
 		 316 aa  139  7.999999999999999e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  32.67 
 
 		 335 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  31.91 
 
 		 259 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  32.92 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  31.15 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  31.19 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  33.21 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  34.6 
 
 		 259 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  32.17 
 
 		 283 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  32.92 
 
 		 347 aa  136  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  29.19 
 
 		 346 aa  135  5e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  32.82 
 
 		 339 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  32.82 
 
 		 339 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  32.82 
 
 		 339 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  33.82 
 
 		 333 aa  135  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  33.21 
 
 		 335 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  34.72 
 
 		 286 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  31.95 
 
 		 317 aa  135  9e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  30.9 
 
 		 375 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  31.25 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  33.6 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  32.45 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  33.08 
 
 		 284 aa  133  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>