165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2434 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  100 
 
 		 264 aa  531  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  85.88 
 
 		 262 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  86.64 
 
 		 262 aa  434  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  57.62 
 
 		 269 aa  310  1e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  59.47 
 
 		 266 aa  310  2e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  58.17 
 
 		 267 aa  310  2e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  56.34 
 
 		 270 aa  309  2.9999999999999997e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  57.62 
 
 		 270 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  55.15 
 
 		 275 aa  302  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  56.98 
 
 		 271 aa  301  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  58.05 
 
 		 271 aa  300  1e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  53.16 
 
 		 270 aa  288  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  56.06 
 
 		 273 aa  287  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  54.34 
 
 		 268 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  55.22 
 
 		 268 aa  281  7.000000000000001e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  55.56 
 
 		 267 aa  278  5e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  44.87 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  44.19 
 
 		 328 aa  222  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  42.86 
 
 		 332 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  42.31 
 
 		 327 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  41.86 
 
 		 321 aa  209  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  41.35 
 
 		 349 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  41.09 
 
 		 331 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  39.77 
 
 		 294 aa  204  9e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  41.54 
 
 		 278 aa  204  1e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  41.15 
 
 		 333 aa  203  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  41.86 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  39.53 
 
 		 293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  39.69 
 
 		 293 aa  199  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  39.69 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  42.08 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  38.7 
 
 		 291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  38.4 
 
 		 282 aa  187  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  39.54 
 
 		 285 aa  182  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  38.4 
 
 		 281 aa  178  9e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  37.35 
 
 		 287 aa  176  5e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  36.19 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  36.05 
 
 		 294 aa  169  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  37.16 
 
 		 283 aa  167  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  38.37 
 
 		 269 aa  165  5e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  38.13 
 
 		 267 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  33.72 
 
 		 285 aa  163  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  34.24 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  37.11 
 
 		 267 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  33.84 
 
 		 284 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  35.32 
 
 		 335 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  36.29 
 
 		 285 aa  156  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  34.94 
 
 		 335 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  34.24 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  34.08 
 
 		 339 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  34.08 
 
 		 339 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  34.08 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  34.12 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  34.04 
 
 		 302 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  33.33 
 
 		 304 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  31.23 
 
 		 333 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  32.45 
 
 		 335 aa  149  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  32.33 
 
 		 324 aa  148  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  36.72 
 
 		 267 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  34.74 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  32.34 
 
 		 347 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  30.94 
 
 		 320 aa  141  9e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  30.6 
 
 		 311 aa  141  9e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  31.09 
 
 		 284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  34.83 
 
 		 283 aa  139  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  31.77 
 
 		 310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  31.91 
 
 		 287 aa  137  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  31.72 
 
 		 375 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  30.71 
 
 		 274 aa  137  1e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  32.6 
 
 		 304 aa  135  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  32.95 
 
 		 346 aa  134  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  32.23 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  29.48 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  31.42 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  32.34 
 
 		 367 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  32.34 
 
 		 368 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  32.34 
 
 		 368 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  30.3 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  29.26 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  31.37 
 
 		 347 aa  126  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  33.21 
 
 		 286 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  31.33 
 
 		 341 aa  125  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  31 
 
 		 347 aa  125  7e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  29.46 
 
 		 270 aa  125  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  28.24 
 
 		 278 aa  124  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  29.23 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  29.66 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  29.55 
 
 		 282 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  29.28 
 
 		 273 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  29.28 
 
 		 273 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  29.34 
 
 		 295 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  29.74 
 
 		 325 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  28.46 
 
 		 273 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  28.52 
 
 		 276 aa  120  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  29.13 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  30.74 
 
 		 283 aa  115  5e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3454  Ku domain-containing protein  30.59 
 
 		 261 aa  115  6e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  31.32 
 
 		 286 aa  115  6.9999999999999995e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  27.61 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  27.92 
 
 		 273 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>