164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1734 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  100 
 
 		 282 aa  571  1.0000000000000001e-162  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  62.35 
 
 		 287 aa  347  1e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  58.48 
 
 		 299 aa  339  4e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  57.45 
 
 		 281 aa  332  4e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  58.43 
 
 		 294 aa  318  5e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  56.98 
 
 		 297 aa  317  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  52.68 
 
 		 304 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  55.91 
 
 		 302 aa  316  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  59 
 
 		 267 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  57.14 
 
 		 284 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  53.52 
 
 		 284 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  56.13 
 
 		 267 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  53.31 
 
 		 285 aa  300  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  55.89 
 
 		 295 aa  298  9e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  58.69 
 
 		 267 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  54.51 
 
 		 287 aa  287  1e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  40.91 
 
 		 293 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  41.01 
 
 		 293 aa  229  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  40.14 
 
 		 327 aa  223  4e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  41.34 
 
 		 328 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  38.99 
 
 		 312 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  40.21 
 
 		 293 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  39.36 
 
 		 331 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  39.25 
 
 		 294 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  40.55 
 
 		 332 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  40.61 
 
 		 349 aa  215  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  39.27 
 
 		 278 aa  211  7.999999999999999e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  39.31 
 
 		 310 aa  211  7.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  38.7 
 
 		 270 aa  209  4e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  38.93 
 
 		 291 aa  208  7e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  38.93 
 
 		 333 aa  208  7e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  39.38 
 
 		 321 aa  208  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  38.35 
 
 		 267 aa  197  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  38.08 
 
 		 266 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  39.22 
 
 		 269 aa  192  5e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  39.23 
 
 		 262 aa  188  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  38.78 
 
 		 264 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  33.72 
 
 		 271 aa  185  8e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  37.28 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  36.01 
 
 		 285 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  36.84 
 
 		 271 aa  182  6e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  38.64 
 
 		 262 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  33.83 
 
 		 269 aa  177  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  35 
 
 		 268 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  32.84 
 
 		 270 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  35.38 
 
 		 267 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  36.82 
 
 		 283 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  31.52 
 
 		 275 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  35.5 
 
 		 268 aa  169  4e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  29.59 
 
 		 270 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  34.67 
 
 		 307 aa  155  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  32.2 
 
 		 273 aa  153  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  34.62 
 
 		 285 aa  152  4e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  31.16 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  31.18 
 
 		 274 aa  140  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  30.8 
 
 		 284 aa  139  3.9999999999999997e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  31.19 
 
 		 304 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  28.03 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  30.8 
 
 		 335 aa  126  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  33.09 
 
 		 335 aa  126  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  31.62 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  32.35 
 
 		 339 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  32.72 
 
 		 339 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  32.72 
 
 		 339 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  30.03 
 
 		 325 aa  125  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  28.67 
 
 		 346 aa  125  7e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  32.72 
 
 		 335 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  30.15 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  31.3 
 
 		 259 aa  123  3e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  31.69 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  30.28 
 
 		 347 aa  122  7e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  29.93 
 
 		 347 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  29.57 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  28.52 
 
 		 375 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  30.03 
 
 		 347 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  29.7 
 
 		 264 aa  120  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  32.76 
 
 		 282 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  29.24 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  29.84 
 
 		 324 aa  119  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  32.19 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  26.8 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  29.96 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  30.91 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  33.19 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  32.17 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  32.19 
 
 		 273 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  29.41 
 
 		 284 aa  115  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  30.3 
 
 		 396 aa  115  8.999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  27.95 
 
 		 320 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  29.45 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  30.25 
 
 		 283 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  29.13 
 
 		 344 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  30 
 
 		 331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  30 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  29.13 
 
 		 344 aa  113  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  30.51 
 
 		 347 aa  113  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  31.06 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  27.09 
 
 		 276 aa  113  4.0000000000000004e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  25.86 
 
 		 270 aa  112  5e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  29.82 
 
 		 318 aa  112  7.000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>