164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1234 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  100 
 
 		 331 aa  659    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  58.61 
 
 		 330 aa  331  1e-89  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  51.55 
 
 		 317 aa  322  5e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  50.93 
 
 		 343 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  50.61 
 
 		 344 aa  312  4.999999999999999e-84  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  48.59 
 
 		 344 aa  308  8e-83  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  49.22 
 
 		 318 aa  302  5.000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  52.22 
 
 		 347 aa  295  8e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4917  Ku domain-containing protein  50.76 
 
 		 306 aa  289  4e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833698  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1826  Ku domain-containing protein  51.89 
 
 		 328 aa  289  4e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4361  DNA end-binding protein Ku  51.33 
 
 		 315 aa  288  9e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.511078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4447  DNA end-binding protein Ku  51.33 
 
 		 315 aa  288  9e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28682  normal  0.0562745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4741  DNA end-binding protein Ku  51.33 
 
 		 315 aa  288  9e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.079051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0521  Ku protein  45.91 
 
 		 393 aa  288  1e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  47.94 
 
 		 295 aa  287  2e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  55.27 
 
 		 391 aa  287  2e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  55.47 
 
 		 286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  52.09 
 
 		 273 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0295  DNA end-binding protein Ku  46.42 
 
 		 346 aa  277  1e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  55.93 
 
 		 396 aa  277  2e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10955  hypothetical protein  49.25 
 
 		 273 aa  276  4e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13080  DNA end-binding protein Ku  45.32 
 
 		 332 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.467677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8388  Ku family containing protein  46.49 
 
 		 293 aa  267  1e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.97043 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2229  Ku protein  50.37 
 
 		 274 aa  258  1e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  50.19 
 
 		 316 aa  251  2e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  47.92 
 
 		 278 aa  249  6e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19810  DNA end-binding protein Ku  44.6 
 
 		 321 aa  244  1.9999999999999999e-63  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.163829  hitchhiker  0.00299301 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07100  DNA end-binding protein Ku  43.43 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2952  Ku protein  43.45 
 
 		 274 aa  221  9.999999999999999e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0023428  hitchhiker  0.000343004 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  42.26 
 
 		 259 aa  219  3.9999999999999997e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  41.76 
 
 		 283 aa  218  8.999999999999998e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  37.69 
 
 		 276 aa  210  3e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  42.8 
 
 		 284 aa  204  2e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  37.31 
 
 		 312 aa  202  5e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  35.25 
 
 		 270 aa  202  7e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  40.53 
 
 		 277 aa  200  3e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  36.39 
 
 		 290 aa  200  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  39.02 
 
 		 280 aa  199  6e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  42.64 
 
 		 300 aa  199  7e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  36.93 
 
 		 285 aa  192  6e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  36.02 
 
 		 273 aa  186  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3417  Ku domain containing protein  36.21 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.925538  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1650  Ku protein  37.26 
 
 		 274 aa  182  8.000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.475711  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0141  Ku protein  37.5 
 
 		 259 aa  179  4e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0124  Ku protein  37.11 
 
 		 259 aa  176  3e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  35.91 
 
 		 278 aa  175  9.999999999999999e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  34.7 
 
 		 346 aa  172  6.999999999999999e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  39.91 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  39.91 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  36.57 
 
 		 259 aa  169  6e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  39.91 
 
 		 296 aa  169  7e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  37.16 
 
 		 297 aa  169  8e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  33.96 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  32.82 
 
 		 257 aa  167  2e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  32.69 
 
 		 375 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  32.56 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  36.68 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  33.69 
 
 		 347 aa  162  6e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  33.78 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  38.6 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  32.43 
 
 		 335 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  35.15 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  33.33 
 
 		 347 aa  160  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  31.83 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  31.13 
 
 		 325 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  33 
 
 		 347 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  34.43 
 
 		 286 aa  158  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  34.3 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  34.06 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5208  Ku protein  35.66 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.381222 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  34.04 
 
 		 339 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  34.04 
 
 		 339 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  35.1 
 
 		 331 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  32.82 
 
 		 301 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  32.34 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  33.33 
 
 		 335 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  31.13 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  33.97 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  32.58 
 
 		 341 aa  152  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  32.98 
 
 		 324 aa  152  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  29.23 
 
 		 335 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  34.44 
 
 		 327 aa  149  6e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  32.73 
 
 		 328 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  35.11 
 
 		 286 aa  149  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  34.5 
 
 		 312 aa  149  9e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  34.92 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  33.93 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  33.96 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  31.07 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4474  Ku protein  29.2 
 
 		 270 aa  147  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.232277 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  33.46 
 
 		 264 aa  147  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  33.97 
 
 		 283 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  31.88 
 
 		 333 aa  145  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  30.23 
 
 		 311 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  32.22 
 
 		 367 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  33.33 
 
 		 349 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  32.22 
 
 		 368 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  32.22 
 
 		 368 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0862  Ku protein  28.89 
 
 		 270 aa  145  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0972  Ku protein  28.83 
 
 		 270 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000223662  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>