164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0383 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  100 
 
 		 267 aa  549  1e-155  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  61.01 
 
 		 271 aa  340  1e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  62.87 
 
 		 269 aa  340  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  60.67 
 
 		 270 aa  338  5.9999999999999996e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  60.67 
 
 		 271 aa  328  4e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  55.31 
 
 		 275 aa  322  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  60.31 
 
 		 266 aa  318  5e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  60 
 
 		 262 aa  310  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  59.09 
 
 		 264 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  60.77 
 
 		 262 aa  305  7e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  57.95 
 
 		 268 aa  304  8.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  57.99 
 
 		 270 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  57.62 
 
 		 270 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  58.94 
 
 		 267 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  54.24 
 
 		 268 aa  297  1e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  54.41 
 
 		 273 aa  293  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  45.08 
 
 		 333 aa  231  9e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  45.91 
 
 		 327 aa  229  4e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  45.17 
 
 		 321 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  43.28 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  41.44 
 
 		 312 aa  218  6e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  42.53 
 
 		 278 aa  212  5.999999999999999e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  41.67 
 
 		 293 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  41.63 
 
 		 328 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  41.47 
 
 		 332 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  40.78 
 
 		 291 aa  208  7e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  40.23 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  41.22 
 
 		 283 aa  206  3e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  40.15 
 
 		 331 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  38.35 
 
 		 282 aa  204  8e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  40.78 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  40.39 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  39.54 
 
 		 349 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  41.29 
 
 		 310 aa  202  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  37.11 
 
 		 284 aa  191  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  37.93 
 
 		 287 aa  189  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  37.97 
 
 		 281 aa  188  7e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  39.47 
 
 		 285 aa  187  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  36.33 
 
 		 284 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  40.7 
 
 		 269 aa  181  1e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  34.85 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  37.12 
 
 		 267 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  35.55 
 
 		 294 aa  177  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  35.63 
 
 		 285 aa  175  8e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  34.78 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  34.2 
 
 		 304 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  36.09 
 
 		 267 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  33.58 
 
 		 295 aa  169  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  31.18 
 
 		 297 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  35.77 
 
 		 285 aa  166  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  34.36 
 
 		 307 aa  159  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  36.26 
 
 		 267 aa  158  9e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  31.44 
 
 		 287 aa  149  6e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  28.52 
 
 		 284 aa  145  6e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  28.52 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  31.23 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  31.27 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  31.18 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  31.44 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  32.17 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  31.27 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  29.93 
 
 		 339 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  29.93 
 
 		 339 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  30.68 
 
 		 339 aa  125  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  30.68 
 
 		 335 aa  125  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  27.84 
 
 		 299 aa  125  6e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  28.04 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  28.73 
 
 		 335 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  29.92 
 
 		 335 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  28.21 
 
 		 347 aa  123  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  28.63 
 
 		 320 aa  122  5e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  28.57 
 
 		 324 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  30.2 
 
 		 286 aa  120  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  29.8 
 
 		 318 aa  119  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  26.59 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  30.71 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  27.48 
 
 		 282 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  27.76 
 
 		 273 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  26.77 
 
 		 276 aa  115  6e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  27.69 
 
 		 273 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  29.89 
 
 		 273 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  27.76 
 
 		 273 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  27.59 
 
 		 346 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  31.27 
 
 		 330 aa  113  3e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  26.17 
 
 		 257 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  26.94 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  26.17 
 
 		 290 aa  112  7.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  27.95 
 
 		 343 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3454  Ku domain-containing protein  28.4 
 
 		 261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  31.67 
 
 		 259 aa  110  3e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  30.35 
 
 		 284 aa  109  4.0000000000000004e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  28.74 
 
 		 259 aa  109  5e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  26.59 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  29.39 
 
 		 301 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  29.86 
 
 		 284 aa  108  8.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  27.14 
 
 		 299 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1599  Ku protein  27.06 
 
 		 274 aa  108  9.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000232487 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  28.74 
 
 		 344 aa  108  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  28.35 
 
 		 344 aa  108  1e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  24.26 
 
 		 341 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>