164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3906 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  100 
 
 		 269 aa  548  1e-155  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  65.7 
 
 		 293 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  64.66 
 
 		 294 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  62.99 
 
 		 291 aa  360  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  60.84 
 
 		 293 aa  358  4e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  60.92 
 
 		 293 aa  350  1e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  53.31 
 
 		 321 aa  281  6.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  45.98 
 
 		 310 aa  270  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  50.18 
 
 		 333 aa  267  1e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  48.9 
 
 		 312 aa  267  1e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  48.06 
 
 		 327 aa  263  2e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  47.42 
 
 		 331 aa  262  4e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  47.74 
 
 		 328 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  49.81 
 
 		 332 aa  258  8e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  50 
 
 		 278 aa  251  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  48.86 
 
 		 349 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  41.35 
 
 		 270 aa  210  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  39.86 
 
 		 304 aa  204  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  39.64 
 
 		 299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  40.56 
 
 		 285 aa  199  5e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  39.25 
 
 		 271 aa  198  7.999999999999999e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  39.78 
 
 		 275 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  38.93 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  37.68 
 
 		 281 aa  196  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  38.55 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  38.33 
 
 		 285 aa  192  5e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  38.46 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  40.7 
 
 		 267 aa  190  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  37.68 
 
 		 282 aa  188  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  39.77 
 
 		 283 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  37.84 
 
 		 266 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  37.59 
 
 		 273 aa  181  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  37.16 
 
 		 269 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  37.16 
 
 		 285 aa  180  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  38.64 
 
 		 262 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  35.38 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  36.57 
 
 		 270 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  37.25 
 
 		 287 aa  177  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  36.26 
 
 		 271 aa  177  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  35.69 
 
 		 267 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  37.59 
 
 		 268 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  36.53 
 
 		 270 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  38.76 
 
 		 262 aa  175  6e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  37.45 
 
 		 284 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  36.82 
 
 		 287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  37.25 
 
 		 267 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  38.37 
 
 		 264 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  37.84 
 
 		 295 aa  167  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  36.19 
 
 		 284 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  35.29 
 
 		 267 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  37.63 
 
 		 333 aa  165  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  38.87 
 
 		 267 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  36.96 
 
 		 335 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  35.59 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  34.72 
 
 		 268 aa  155  8e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  33.45 
 
 		 274 aa  154  2e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  33.45 
 
 		 284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  35.45 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  33.21 
 
 		 273 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  33.22 
 
 		 283 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  33.21 
 
 		 273 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  34.24 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  33.8 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  32.75 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  33.46 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  34.51 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  30.03 
 
 		 290 aa  138  7e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  32.85 
 
 		 346 aa  137  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  33.33 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  32 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  33.45 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  32.31 
 
 		 273 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  32.21 
 
 		 304 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  33.33 
 
 		 347 aa  135  9e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  33.96 
 
 		 339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  33.96 
 
 		 339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  34.72 
 
 		 339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  32.83 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  35.12 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  32.53 
 
 		 310 aa  132  5e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  31.84 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  32.45 
 
 		 335 aa  131  9e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  32.95 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  32.41 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  30.26 
 
 		 270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  31.23 
 
 		 286 aa  129  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  32.68 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  32.34 
 
 		 367 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  30.43 
 
 		 278 aa  126  3e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  32.34 
 
 		 368 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  32.34 
 
 		 368 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  33.98 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  31.08 
 
 		 396 aa  125  8.000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  31.1 
 
 		 276 aa  125  9e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  29.69 
 
 		 312 aa  124  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  31.89 
 
 		 347 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  31.46 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  29.92 
 
 		 330 aa  122  7e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  28.15 
 
 		 341 aa  122  8e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  30.43 
 
 		 259 aa  122  9e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>