164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4302 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  100 
 
 		 299 aa  611  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  48.25 
 
 		 283 aa  265  5e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  40.96 
 
 		 333 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  41.33 
 
 		 327 aa  241  1e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  42.14 
 
 		 328 aa  235  8e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  43.3 
 
 		 293 aa  231  9e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  44.25 
 
 		 331 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  44.79 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  40.91 
 
 		 312 aa  229  5e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  44.75 
 
 		 332 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  44.11 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  44.75 
 
 		 349 aa  225  6e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  42.75 
 
 		 278 aa  224  1e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  43.46 
 
 		 285 aa  224  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  40.97 
 
 		 294 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  42.12 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  42.05 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  41.61 
 
 		 285 aa  217  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  40.3 
 
 		 291 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  41.48 
 
 		 270 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  41.42 
 
 		 267 aa  208  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  42.64 
 
 		 262 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  40.38 
 
 		 281 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  42.91 
 
 		 269 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  39.93 
 
 		 271 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  39.6 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  42.64 
 
 		 262 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  39.33 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  40.29 
 
 		 271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  41.7 
 
 		 266 aa  193  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  39.37 
 
 		 287 aa  193  3e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  37.18 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  39.4 
 
 		 304 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  42.08 
 
 		 264 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  40.54 
 
 		 284 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  38.76 
 
 		 284 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  39.85 
 
 		 270 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  39.71 
 
 		 269 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  39.62 
 
 		 268 aa  184  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  36.93 
 
 		 285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  40.59 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  37.12 
 
 		 275 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  38.31 
 
 		 270 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  39.39 
 
 		 267 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  37.97 
 
 		 273 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  37.28 
 
 		 282 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  38.64 
 
 		 267 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  37.78 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  39.08 
 
 		 268 aa  169  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  36.26 
 
 		 277 aa  165  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  37.55 
 
 		 267 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  38.64 
 
 		 267 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  34.62 
 
 		 287 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  36.39 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  35.94 
 
 		 290 aa  156  4e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  34.39 
 
 		 312 aa  154  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  31.95 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  34.78 
 
 		 285 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  33.07 
 
 		 276 aa  151  1e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  36.88 
 
 		 297 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  32.94 
 
 		 257 aa  149  5e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  37.01 
 
 		 286 aa  149  7e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  33.83 
 
 		 274 aa  149  7e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  33.83 
 
 		 284 aa  148  9e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  32.54 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  33.08 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  32.21 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  33.33 
 
 		 335 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  32.29 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  31.74 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  31.44 
 
 		 335 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  31.79 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  32.95 
 
 		 283 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  32.84 
 
 		 335 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  33.71 
 
 		 343 aa  139  4.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  30.97 
 
 		 339 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1599  Ku protein  34.36 
 
 		 274 aa  139  7e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000232487 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  32.96 
 
 		 368 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  32.96 
 
 		 368 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  32.96 
 
 		 367 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  33.33 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  32.46 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  32.46 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  32.31 
 
 		 280 aa  138  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  31.45 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  31.68 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  33.85 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  30.37 
 
 		 273 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  30.71 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  30.37 
 
 		 273 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  34.08 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  32.1 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  31.92 
 
 		 273 aa  133  3e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  34.84 
 
 		 284 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  31.25 
 
 		 259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1650  Ku protein  32.97 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.475711  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  30.77 
 
 		 273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  29.89 
 
 		 282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5208  Ku protein  33.85 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.381222 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  32.57 
 
 		 284 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>