165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_2240 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  100 
 
 		 268 aa  543  1e-154  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  57.84 
 
 		 268 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  55.76 
 
 		 270 aa  302  4.0000000000000003e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  56.98 
 
 		 269 aa  298  7e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  56.55 
 
 		 267 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  56.55 
 
 		 271 aa  289  4e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  54.24 
 
 		 267 aa  286  2.9999999999999996e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  52.19 
 
 		 271 aa  284  9e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  50.92 
 
 		 275 aa  275  7e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  52.94 
 
 		 266 aa  275  7e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  55.43 
 
 		 262 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  55.22 
 
 		 264 aa  267  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  55.43 
 
 		 262 aa  266  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  52.22 
 
 		 273 aa  266  4e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  50.56 
 
 		 270 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  50 
 
 		 270 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  37.92 
 
 		 312 aa  192  5e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  37.79 
 
 		 278 aa  187  1e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  39.39 
 
 		 283 aa  186  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  37.79 
 
 		 327 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  39.62 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  37.82 
 
 		 321 aa  181  9.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  37.02 
 
 		 333 aa  177  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  36.5 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  36.57 
 
 		 349 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  36.64 
 
 		 331 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  34.73 
 
 		 328 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  36.98 
 
 		 293 aa  171  9e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  35.85 
 
 		 291 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  36.09 
 
 		 294 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  35.5 
 
 		 282 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  36.53 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  34.85 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  35.58 
 
 		 293 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  34.7 
 
 		 281 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  34.62 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  34.87 
 
 		 294 aa  155  6e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  35.71 
 
 		 299 aa  155  9e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  32.2 
 
 		 287 aa  149  6e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  30.19 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  31.72 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  34.83 
 
 		 267 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  34.21 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  31.14 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  31.6 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  34.03 
 
 		 267 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  30.66 
 
 		 284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  34.47 
 
 		 269 aa  138  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  37.36 
 
 		 295 aa  134  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  31.3 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  33.96 
 
 		 285 aa  132  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  31.84 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  32.2 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  28.68 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  28.3 
 
 		 274 aa  128  9.000000000000001e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  33.61 
 
 		 267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  29.66 
 
 		 335 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  29.55 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  33.08 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  30.57 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  29.18 
 
 		 290 aa  118  9e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  28.24 
 
 		 324 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  29.48 
 
 		 299 aa  115  6e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  32.18 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  30.47 
 
 		 259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  28.88 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  27.09 
 
 		 257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  26.15 
 
 		 270 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  27.63 
 
 		 320 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  29.3 
 
 		 347 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  29.78 
 
 		 335 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  29.78 
 
 		 335 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  29.3 
 
 		 259 aa  109  5e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  28.41 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  26.92 
 
 		 264 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  28.08 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  28.82 
 
 		 341 aa  106  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  26.82 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  28.89 
 
 		 339 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  28.89 
 
 		 339 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  28.89 
 
 		 339 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  30.15 
 
 		 346 aa  105  5e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  27.76 
 
 		 273 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  28.46 
 
 		 285 aa  105  9e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  27.1 
 
 		 273 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  27.19 
 
 		 284 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  26.25 
 
 		 276 aa  103  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  27.76 
 
 		 273 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  29.66 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  29.12 
 
 		 283 aa  102  6e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  27.38 
 
 		 367 aa  102  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  27.38 
 
 		 368 aa  102  7e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  27.38 
 
 		 368 aa  102  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  29.62 
 
 		 318 aa  102  7e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  30.04 
 
 		 347 aa  102  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  28.38 
 
 		 375 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  29.92 
 
 		 283 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  27.83 
 
 		 325 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  29.55 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  29.67 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>