164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_01770 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  100 
 
 		 346 aa  700    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  44.06 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  41.48 
 
 		 347 aa  209  8e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  41.15 
 
 		 264 aa  208  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  39.48 
 
 		 284 aa  205  9e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  41.95 
 
 		 277 aa  203  4e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  37.76 
 
 		 285 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  38.75 
 
 		 274 aa  201  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  40.14 
 
 		 283 aa  201  9.999999999999999e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  38.98 
 
 		 276 aa  198  1.0000000000000001e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  43.27 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  41.5 
 
 		 286 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  38.03 
 
 		 318 aa  196  6e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  41.54 
 
 		 343 aa  194  2e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  37.96 
 
 		 270 aa  192  5e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  38.93 
 
 		 344 aa  192  6e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  38.38 
 
 		 335 aa  192  9e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  38.19 
 
 		 344 aa  192  1e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  39.47 
 
 		 317 aa  191  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2246  Ku protein  40.58 
 
 		 340 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.362635 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  36.92 
 
 		 280 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  38.52 
 
 		 333 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2952  Ku protein  41.42 
 
 		 274 aa  186  6e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0023428  hitchhiker  0.000343004 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  35.02 
 
 		 312 aa  185  1.0000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  37.01 
 
 		 259 aa  184  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  34.96 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  41.63 
 
 		 296 aa  182  6e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  39.85 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  38.93 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  36.69 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  38.27 
 
 		 278 aa  181  2e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  41.63 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  39.42 
 
 		 396 aa  181  2e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  38.77 
 
 		 273 aa  179  7e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  41.56 
 
 		 296 aa  179  7e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  38.46 
 
 		 316 aa  179  8e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  37.5 
 
 		 278 aa  179  8e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  36.52 
 
 		 295 aa  178  1e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  36.91 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  37.6 
 
 		 273 aa  177  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4917  Ku domain-containing protein  36.16 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833698  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  36.52 
 
 		 375 aa  177  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1826  Ku domain-containing protein  36.98 
 
 		 328 aa  176  5e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10955  hypothetical protein  35.79 
 
 		 273 aa  175  9e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13080  DNA end-binding protein Ku  38.08 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.467677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  35.41 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  37.37 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  36.86 
 
 		 349 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1712  Ku protein  30.86 
 
 		 254 aa  173  5e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.817891  hitchhiker  0.000191736 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4361  DNA end-binding protein Ku  36.6 
 
 		 315 aa  172  5e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.511078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4447  DNA end-binding protein Ku  36.6 
 
 		 315 aa  172  5e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28682  normal  0.0562745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4741  DNA end-binding protein Ku  36.6 
 
 		 315 aa  172  5e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.079051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0141  Ku protein  34.88 
 
 		 259 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  37.36 
 
 		 297 aa  172  9e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  37.96 
 
 		 324 aa  172  9e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  36.43 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  34.77 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2229  Ku protein  37.18 
 
 		 274 aa  171  3e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  34.75 
 
 		 259 aa  170  3e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  37.64 
 
 		 368 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  37.64 
 
 		 368 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  37.8 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  37.64 
 
 		 367 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8388  Ku family containing protein  34.59 
 
 		 293 aa  170  4e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.97043 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  34.64 
 
 		 331 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0124  Ku protein  34.11 
 
 		 259 aa  169  7e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  36.84 
 
 		 331 aa  169  8e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  36.36 
 
 		 335 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  34.43 
 
 		 293 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0295  DNA end-binding protein Ku  37.97 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  33.22 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  34.04 
 
 		 391 aa  167  2.9999999999999998e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  35.11 
 
 		 339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  36.36 
 
 		 335 aa  167  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  35.61 
 
 		 283 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  34.97 
 
 		 339 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  34.97 
 
 		 339 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  36.74 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  34.01 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  33.21 
 
 		 295 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  35.27 
 
 		 284 aa  165  1.0000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  36.09 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  33.65 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  36.74 
 
 		 347 aa  164  3e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  35.25 
 
 		 273 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  37.4 
 
 		 286 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  35.09 
 
 		 310 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  37.56 
 
 		 284 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  34.72 
 
 		 311 aa  163  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1650  Ku protein  37.68 
 
 		 274 aa  162  6e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.475711  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  36.36 
 
 		 347 aa  162  7e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0521  Ku protein  36.36 
 
 		 393 aa  162  8.000000000000001e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  35.38 
 
 		 259 aa  162  9e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07100  DNA end-binding protein Ku  37.23 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  37.01 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  35.29 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  33.58 
 
 		 273 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  33.58 
 
 		 273 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  34.38 
 
 		 321 aa  160  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19810  DNA end-binding protein Ku  34.53 
 
 		 321 aa  159  5e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.163829  hitchhiker  0.00299301 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>