164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_2176 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  100 
 
 		 267 aa  537  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  97.75 
 
 		 267 aa  478  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  86.52 
 
 		 267 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  64.66 
 
 		 299 aa  345  4e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  60.62 
 
 		 294 aa  334  9e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  59.64 
 
 		 302 aa  333  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  62.85 
 
 		 297 aa  330  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  57.72 
 
 		 304 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  56.02 
 
 		 281 aa  309  4e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  59.92 
 
 		 285 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  59.47 
 
 		 282 aa  304  8.000000000000001e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  56.08 
 
 		 287 aa  304  8.000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  58.65 
 
 		 295 aa  303  3.0000000000000004e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  55.34 
 
 		 284 aa  286  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  53.91 
 
 		 284 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  51.59 
 
 		 287 aa  260  2e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  42.31 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  41.47 
 
 		 321 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  41.22 
 
 		 310 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  40.94 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  40.16 
 
 		 291 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  41.18 
 
 		 331 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  40.94 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  39.85 
 
 		 349 aa  205  7e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  39.22 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  40.54 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  40 
 
 		 293 aa  202  3e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  40 
 
 		 332 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  39.76 
 
 		 327 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  38.43 
 
 		 270 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  41.34 
 
 		 333 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  40.23 
 
 		 278 aa  195  6e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  39.77 
 
 		 299 aa  185  8e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  38.17 
 
 		 266 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  35.32 
 
 		 269 aa  176  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  35.88 
 
 		 271 aa  175  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  35.52 
 
 		 268 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  38.58 
 
 		 283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  36.43 
 
 		 271 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  37.21 
 
 		 269 aa  171  1e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  36.15 
 
 		 267 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  36.09 
 
 		 267 aa  169  6e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  33.94 
 
 		 275 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  39.3 
 
 		 264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  36.04 
 
 		 270 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  37.74 
 
 		 262 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  35.14 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  34.83 
 
 		 268 aa  154  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  36.03 
 
 		 285 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  36.33 
 
 		 262 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  32.1 
 
 		 270 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  34.84 
 
 		 273 aa  151  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  35.27 
 
 		 285 aa  150  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  28.68 
 
 		 274 aa  136  3.0000000000000003e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  28.31 
 
 		 284 aa  135  5e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  32.84 
 
 		 344 aa  132  5e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  30.97 
 
 		 346 aa  131  1.0000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  33.07 
 
 		 344 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  31.78 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  35 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  34.23 
 
 		 331 aa  127  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  30.88 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  31.62 
 
 		 286 aa  122  5e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  32.09 
 
 		 304 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  28.84 
 
 		 264 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  31.01 
 
 		 284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  34.23 
 
 		 318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  30.15 
 
 		 259 aa  120  3e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  31.72 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  30.62 
 
 		 273 aa  120  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  32.06 
 
 		 273 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  34.94 
 
 		 299 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  30.63 
 
 		 273 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  30.26 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  31.91 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  28.69 
 
 		 320 aa  115  5e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  30.59 
 
 		 276 aa  115  7.999999999999999e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5208  Ku protein  32.95 
 
 		 307 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.381222 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8388  Ku family containing protein  30.92 
 
 		 293 aa  115  8.999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.97043 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  29.64 
 
 		 259 aa  114  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  33.98 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  26.74 
 
 		 270 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  32.89 
 
 		 295 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  31.14 
 
 		 282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  32.46 
 
 		 293 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  33.19 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  30.62 
 
 		 278 aa  112  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  29.13 
 
 		 333 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  31.13 
 
 		 317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  30.5 
 
 		 347 aa  111  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  30.59 
 
 		 335 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  31.56 
 
 		 330 aa  110  3e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  33.91 
 
 		 396 aa  110  3e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  27.76 
 
 		 299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  32.33 
 
 		 296 aa  109  5e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  32.33 
 
 		 296 aa  109  6e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  29.3 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  30.9 
 
 		 324 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  28.52 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  31.14 
 
 		 391 aa  106  5e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>