164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6331 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  100 
 
 		 293 aa  600  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  77.7 
 
 		 293 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  74.66 
 
 		 293 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  76.71 
 
 		 294 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  75.95 
 
 		 291 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  63.67 
 
 		 269 aa  329  4e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  51.43 
 
 		 312 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  50.68 
 
 		 331 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  46.75 
 
 		 321 aa  301  9e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  54.3 
 
 		 328 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  50.69 
 
 		 349 aa  298  9e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  53.91 
 
 		 332 aa  296  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  52.14 
 
 		 333 aa  297  2e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  53.05 
 
 		 310 aa  296  4e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  48.97 
 
 		 327 aa  288  7e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  52.71 
 
 		 278 aa  286  2.9999999999999996e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  44.69 
 
 		 281 aa  236  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  44.87 
 
 		 270 aa  231  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  43.3 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  44.06 
 
 		 283 aa  225  8e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  40.97 
 
 		 304 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  42.31 
 
 		 267 aa  219  6e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  41.07 
 
 		 302 aa  218  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  41.01 
 
 		 282 aa  218  1e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  42.22 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  40.3 
 
 		 285 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  41.26 
 
 		 271 aa  209  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  40.61 
 
 		 267 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  40.15 
 
 		 269 aa  208  8e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  43.13 
 
 		 284 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  38.33 
 
 		 287 aa  207  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  40.98 
 
 		 275 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  41.51 
 
 		 267 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  39.76 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  39.33 
 
 		 294 aa  202  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  42.91 
 
 		 295 aa  202  6e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  39.02 
 
 		 285 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  38.95 
 
 		 268 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  40.93 
 
 		 284 aa  198  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  38.17 
 
 		 266 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  39.85 
 
 		 270 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  38.02 
 
 		 270 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  39.85 
 
 		 267 aa  194  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  39.55 
 
 		 262 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  37.41 
 
 		 271 aa  191  1e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  39.25 
 
 		 273 aa  189  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  39.33 
 
 		 262 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  39.69 
 
 		 264 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  38.95 
 
 		 267 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  36.86 
 
 		 287 aa  182  8.000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  36.4 
 
 		 285 aa  178  9e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  35.69 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  36.53 
 
 		 268 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  32.89 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  32.75 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  34.75 
 
 		 339 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  34.75 
 
 		 339 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  34.91 
 
 		 335 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  34.91 
 
 		 335 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  33.09 
 
 		 283 aa  152  8e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  32.25 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  34.4 
 
 		 339 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  32.25 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  32.96 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  34.73 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  33.46 
 
 		 335 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  30.94 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  29.93 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  31.5 
 
 		 276 aa  143  3e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  33.83 
 
 		 324 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  32.21 
 
 		 286 aa  142  7e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  31.44 
 
 		 286 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  34.36 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  30.82 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  30.74 
 
 		 346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  30.72 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  32.36 
 
 		 347 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  32.6 
 
 		 368 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  32.6 
 
 		 368 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  34.96 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  32.6 
 
 		 367 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  30.4 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  32.82 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  33.73 
 
 		 284 aa  135  8e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  29.53 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  31.45 
 
 		 330 aa  135  9.999999999999999e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  28.67 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  29.07 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  29.48 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  29.02 
 
 		 278 aa  132  6.999999999999999e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  30.2 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  29.26 
 
 		 273 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  28.72 
 
 		 295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5208  Ku protein  30.19 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.381222 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  29.26 
 
 		 273 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  28.63 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  30.2 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  30.86 
 
 		 343 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  28.81 
 
 		 344 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  30.04 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>