164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0921 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  100 
 
 		 318 aa  624  1e-178  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  79.59 
 
 		 396 aa  400  9.999999999999999e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  68.63 
 
 		 286 aa  360  2e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  55.73 
 
 		 344 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  56.25 
 
 		 344 aa  338  5e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8388  Ku family containing protein  58.59 
 
 		 293 aa  331  1e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.97043 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  62.93 
 
 		 273 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  56.49 
 
 		 347 aa  325  4.0000000000000003e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  57.4 
 
 		 330 aa  319  5e-86  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  56.04 
 
 		 343 aa  309  4e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  52.94 
 
 		 331 aa  296  3e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  54.69 
 
 		 317 aa  290  2e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  48.67 
 
 		 391 aa  277  1e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4917  Ku domain-containing protein  47.15 
 
 		 306 aa  260  2e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833698  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1826  Ku domain-containing protein  47.15 
 
 		 328 aa  259  5.0000000000000005e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  46.64 
 
 		 295 aa  258  7e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  50.19 
 
 		 284 aa  254  1.0000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4361  DNA end-binding protein Ku  45.25 
 
 		 315 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.511078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4447  DNA end-binding protein Ku  45.25 
 
 		 315 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28682  normal  0.0562745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4741  DNA end-binding protein Ku  45.25 
 
 		 315 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.079051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  49.22 
 
 		 316 aa  252  5.000000000000001e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13080  DNA end-binding protein Ku  44.66 
 
 		 332 aa  250  2e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.467677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10955  hypothetical protein  45.8 
 
 		 273 aa  247  1e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0295  DNA end-binding protein Ku  46.21 
 
 		 346 aa  246  3e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  42.9 
 
 		 278 aa  246  4.9999999999999997e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0521  Ku protein  40.06 
 
 		 393 aa  243  1.9999999999999999e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2229  Ku protein  47.83 
 
 		 274 aa  243  3e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  42.86 
 
 		 276 aa  236  3e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  42.25 
 
 		 283 aa  231  1e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  43.94 
 
 		 277 aa  229  3e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  43.19 
 
 		 259 aa  229  5e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  42.75 
 
 		 280 aa  228  9e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  41.92 
 
 		 273 aa  226  3e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2952  Ku protein  45.25 
 
 		 274 aa  222  4.9999999999999996e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0023428  hitchhiker  0.000343004 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  40.47 
 
 		 312 aa  222  8e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  37.27 
 
 		 270 aa  218  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19810  DNA end-binding protein Ku  42.79 
 
 		 321 aa  212  7.999999999999999e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.163829  hitchhiker  0.00299301 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  44.02 
 
 		 300 aa  206  5e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0141  Ku protein  42.58 
 
 		 259 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0124  Ku protein  42.58 
 
 		 259 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  38.87 
 
 		 285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  38.03 
 
 		 346 aa  196  5.000000000000001e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3417  Ku domain containing protein  39.31 
 
 		 286 aa  195  8.000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.925538  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  38.31 
 
 		 290 aa  192  9e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  35.27 
 
 		 257 aa  187  3e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07100  DNA end-binding protein Ku  41.05 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  37.5 
 
 		 278 aa  183  4.0000000000000006e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  35.34 
 
 		 264 aa  181  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  36.33 
 
 		 259 aa  179  7e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  38.89 
 
 		 299 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  35.5 
 
 		 259 aa  174  2.9999999999999996e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  38.7 
 
 		 297 aa  169  6e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  36.82 
 
 		 284 aa  168  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  33.99 
 
 		 331 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5208  Ku protein  39.3 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.381222 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  37.28 
 
 		 296 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1650  Ku protein  36.16 
 
 		 274 aa  165  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.475711  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  36.84 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  35.06 
 
 		 334 aa  164  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  37.17 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  35.57 
 
 		 304 aa  162  9e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  31.14 
 
 		 284 aa  161  1e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  35.71 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  34.5 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  33.58 
 
 		 327 aa  160  3e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  32.29 
 
 		 333 aa  159  4e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  36.13 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  35.43 
 
 		 310 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  37.21 
 
 		 286 aa  158  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  33.33 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  30.77 
 
 		 274 aa  158  1e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0972  Ku protein  31.27 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000223662  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  34.51 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4474  Ku protein  30.55 
 
 		 270 aa  156  4e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.232277 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  33.78 
 
 		 349 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  31.74 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0862  Ku protein  30.18 
 
 		 270 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0900  hypothetical protein  30.91 
 
 		 270 aa  155  7e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.116189  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  33.73 
 
 		 328 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0706  hypothetical protein  30.91 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00186853  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0771  hypothetical protein  30.91 
 
 		 270 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.437785  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0808  hypothetical protein  30.91 
 
 		 270 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.813427  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0904  Ku protein  30.91 
 
 		 270 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42744e-43 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0719  hypothetical protein  30.91 
 
 		 270 aa  153  4e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0188133  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  34.77 
 
 		 312 aa  153  4e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  34.27 
 
 		 335 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  35.27 
 
 		 333 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  34.24 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  33.93 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  33.84 
 
 		 347 aa  151  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  33.45 
 
 		 293 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  31.99 
 
 		 375 aa  151  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  33.88 
 
 		 347 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  36.73 
 
 		 282 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1712  Ku protein  31.42 
 
 		 254 aa  150  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.817891  hitchhiker  0.000191736 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  35.84 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  36.61 
 
 		 273 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  34.5 
 
 		 273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1599  Ku protein  35.27 
 
 		 274 aa  148  1.0000000000000001e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000232487 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  33.46 
 
 		 347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>