164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0381 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  100 
 
 		 287 aa  588  1e-167  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  59.93 
 
 		 282 aa  340  2e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  61.69 
 
 		 294 aa  332  3e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  55.48 
 
 		 299 aa  329  3e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  56.89 
 
 		 302 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  55.13 
 
 		 297 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  52.26 
 
 		 281 aa  312  4.999999999999999e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  53.14 
 
 		 304 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  56.03 
 
 		 284 aa  309  4e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  56.54 
 
 		 284 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  50.52 
 
 		 285 aa  304  9.000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  56.08 
 
 		 267 aa  297  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  56.86 
 
 		 267 aa  296  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  55.81 
 
 		 287 aa  296  3e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  55.51 
 
 		 295 aa  290  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  55.69 
 
 		 267 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  38.01 
 
 		 331 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  38.33 
 
 		 293 aa  214  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  38.19 
 
 		 332 aa  209  5e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  38.6 
 
 		 349 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  36.21 
 
 		 328 aa  208  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  37.54 
 
 		 327 aa  208  9e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  38.19 
 
 		 278 aa  207  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  36.59 
 
 		 312 aa  205  7e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  39 
 
 		 310 aa  202  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  38.19 
 
 		 333 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  38.31 
 
 		 293 aa  198  7e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  38.91 
 
 		 321 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  36.61 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  38.08 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  36.99 
 
 		 291 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  35.4 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  37.93 
 
 		 270 aa  187  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  38.2 
 
 		 271 aa  185  9e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  37.26 
 
 		 267 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  39 
 
 		 266 aa  175  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  38.13 
 
 		 262 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  37.65 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  37.74 
 
 		 269 aa  171  9e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  37.05 
 
 		 270 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  38.13 
 
 		 262 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  35.99 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  37.35 
 
 		 264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  34.48 
 
 		 269 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  34.87 
 
 		 268 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  32.47 
 
 		 271 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  36.54 
 
 		 285 aa  163  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  35.25 
 
 		 267 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  34.67 
 
 		 270 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  33.94 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  33.57 
 
 		 273 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  32.2 
 
 		 268 aa  149  5e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  32.52 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  32.25 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  30.28 
 
 		 286 aa  127  3e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  29.47 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  29.81 
 
 		 274 aa  123  3e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  32.27 
 
 		 347 aa  123  5e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  29.43 
 
 		 284 aa  122  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  27.74 
 
 		 346 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  29.64 
 
 		 276 aa  120  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  30.43 
 
 		 343 aa  117  3e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  30.36 
 
 		 330 aa  116  3e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  29.45 
 
 		 286 aa  117  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  30.57 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  29.76 
 
 		 331 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  32.64 
 
 		 299 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  29.58 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  30.47 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  27.97 
 
 		 259 aa  113  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  30.98 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  30.82 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  28.67 
 
 		 347 aa  112  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  31.33 
 
 		 396 aa  112  8.000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  31.27 
 
 		 273 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  28.96 
 
 		 334 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  28.32 
 
 		 347 aa  110  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  30.89 
 
 		 273 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  27.78 
 
 		 317 aa  108  7.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  29.08 
 
 		 318 aa  108  8.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  27.4 
 
 		 375 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  30.58 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  28.91 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  30.12 
 
 		 282 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  25.91 
 
 		 270 aa  105  6e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  27.84 
 
 		 273 aa  105  7e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  29.15 
 
 		 293 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  28.93 
 
 		 273 aa  104  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  26.15 
 
 		 285 aa  105  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  29.67 
 
 		 264 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  27.48 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  28.57 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  29.07 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5208  Ku protein  29.48 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.381222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  29.29 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8388  Ku family containing protein  29.76 
 
 		 293 aa  102  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.97043 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  27.78 
 
 		 344 aa  102  5e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  29.28 
 
 		 335 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  29.28 
 
 		 335 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  28.12 
 
 		 344 aa  102  9e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>