164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_2238 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  100 
 
 		 287 aa  574  1.0000000000000001e-163  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  54.48 
 
 		 299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  55.81 
 
 		 287 aa  300  1e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  51.69 
 
 		 294 aa  292  4e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  50.76 
 
 		 297 aa  289  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  51.76 
 
 		 302 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  49.83 
 
 		 285 aa  279  3e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  51.42 
 
 		 282 aa  278  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  52.51 
 
 		 295 aa  275  7e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  51.56 
 
 		 284 aa  275  9e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  46.26 
 
 		 281 aa  270  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  48.22 
 
 		 304 aa  269  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  50.98 
 
 		 284 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  51.59 
 
 		 267 aa  256  4e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  50.78 
 
 		 267 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  51.19 
 
 		 267 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  40.74 
 
 		 331 aa  205  7e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  41.73 
 
 		 327 aa  205  8e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  40.62 
 
 		 332 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  41.57 
 
 		 328 aa  202  7e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  40.68 
 
 		 333 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  41.09 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  38.3 
 
 		 293 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  36.18 
 
 		 293 aa  195  7e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  38.24 
 
 		 349 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  40 
 
 		 321 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  37.14 
 
 		 291 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  37.37 
 
 		 294 aa  192  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  35.74 
 
 		 293 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  38.58 
 
 		 278 aa  191  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  36.47 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  36.9 
 
 		 269 aa  176  4e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  39.23 
 
 		 283 aa  176  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  34.62 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  31.8 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  35.29 
 
 		 285 aa  149  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  32.2 
 
 		 267 aa  149  7e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  31.06 
 
 		 270 aa  148  8e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  29.96 
 
 		 271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  31.37 
 
 		 271 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  32.54 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  33.85 
 
 		 285 aa  143  4e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  31.2 
 
 		 275 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  31.15 
 
 		 269 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  29.12 
 
 		 270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  31.66 
 
 		 266 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  27.64 
 
 		 274 aa  134  9.999999999999999e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  27.64 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  32.68 
 
 		 264 aa  133  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  33.2 
 
 		 262 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  32.3 
 
 		 262 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  30.6 
 
 		 346 aa  130  3e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  31.67 
 
 		 273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  30.58 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  28.36 
 
 		 268 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  31.84 
 
 		 268 aa  123  4e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  31.02 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  33.61 
 
 		 396 aa  121  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  30 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  32.07 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  27.8 
 
 		 267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  33.19 
 
 		 330 aa  118  9.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  32.32 
 
 		 347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  27.2 
 
 		 276 aa  115  6e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  30.92 
 
 		 331 aa  115  7.999999999999999e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  31.14 
 
 		 324 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  33.47 
 
 		 299 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  32.03 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  31.89 
 
 		 286 aa  112  5e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  29.5 
 
 		 316 aa  112  6e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5208  Ku protein  32.32 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.381222 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  31.93 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  32.23 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  25.81 
 
 		 257 aa  110  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  31.9 
 
 		 273 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  32.2 
 
 		 278 aa  109  5e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  29.39 
 
 		 335 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  30.7 
 
 		 295 aa  108  9.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2229  Ku protein  30.34 
 
 		 274 aa  108  1e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  29.72 
 
 		 344 aa  108  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  30.71 
 
 		 344 aa  108  1e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  31.01 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  34.51 
 
 		 391 aa  107  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  27.01 
 
 		 273 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  27.73 
 
 		 320 aa  106  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  27.01 
 
 		 273 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  29.3 
 
 		 317 aa  105  6e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  30.47 
 
 		 318 aa  105  7e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  27.86 
 
 		 282 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  25.45 
 
 		 270 aa  104  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  27.66 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  31.9 
 
 		 296 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  29.1 
 
 		 273 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  28.82 
 
 		 264 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  27.99 
 
 		 333 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  26.46 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  26.85 
 
 		 259 aa  103  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  27.21 
 
 		 341 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  28.35 
 
 		 301 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  32.16 
 
 		 343 aa  102  9e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>