164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0391 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  100 
 
 		 331 aa  673    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  82.23 
 
 		 332 aa  544  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  81.33 
 
 		 328 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  74.41 
 
 		 349 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  69.11 
 
 		 333 aa  454  1e-127  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  70.78 
 
 		 327 aa  441  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  66.87 
 
 		 321 aa  434  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  64.56 
 
 		 312 aa  428  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  63.94 
 
 		 310 aa  428  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  77.65 
 
 		 278 aa  424  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  54.7 
 
 		 291 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  50.68 
 
 		 293 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  52.9 
 
 		 293 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  51.7 
 
 		 293 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  51.54 
 
 		 294 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  50 
 
 		 269 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  44.25 
 
 		 299 aa  229  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  41.81 
 
 		 299 aa  229  5e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  47.1 
 
 		 283 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  42.41 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  41.05 
 
 		 285 aa  223  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  42.48 
 
 		 294 aa  222  8e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  43.48 
 
 		 281 aa  221  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  41.2 
 
 		 270 aa  221  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  41.09 
 
 		 302 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  42.59 
 
 		 269 aa  212  9e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  37.24 
 
 		 287 aa  210  3e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  42.12 
 
 		 285 aa  207  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  42.58 
 
 		 284 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  42.91 
 
 		 270 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  42.42 
 
 		 262 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  40.38 
 
 		 297 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  39.36 
 
 		 282 aa  206  5e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  40.81 
 
 		 271 aa  206  6e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  39.33 
 
 		 271 aa  202  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  43.02 
 
 		 262 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  41.96 
 
 		 284 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  38.75 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  41.09 
 
 		 264 aa  199  6e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  40.39 
 
 		 267 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  41.15 
 
 		 266 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  38.35 
 
 		 275 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  38.93 
 
 		 270 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  41 
 
 		 285 aa  195  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  40.08 
 
 		 287 aa  194  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  39.02 
 
 		 267 aa  194  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  37.8 
 
 		 267 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  38.35 
 
 		 295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  38.31 
 
 		 268 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  40 
 
 		 267 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  37.12 
 
 		 273 aa  181  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  37.02 
 
 		 267 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  36.64 
 
 		 268 aa  172  7.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  34.64 
 
 		 346 aa  169  5e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  33.7 
 
 		 284 aa  168  1e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  33.99 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  33.7 
 
 		 274 aa  168  1e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  34.85 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  35.03 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  34.98 
 
 		 283 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  35.96 
 
 		 304 aa  159  8e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  35.97 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  35.99 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  33.12 
 
 		 343 aa  157  3e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  34.06 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  34.03 
 
 		 335 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  35.52 
 
 		 284 aa  155  1e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  34.88 
 
 		 283 aa  154  1e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  33.82 
 
 		 333 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  33.99 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  32.55 
 
 		 344 aa  153  5e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  33.33 
 
 		 293 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  33.46 
 
 		 277 aa  151  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  32.14 
 
 		 344 aa  150  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  32.14 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  37.79 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  32.97 
 
 		 273 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  34.1 
 
 		 282 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  30.87 
 
 		 320 aa  149  7e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  32.6 
 
 		 273 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  33.45 
 
 		 295 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  36.16 
 
 		 331 aa  149  8e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  35.16 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  33.2 
 
 		 276 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  35.16 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  32.02 
 
 		 312 aa  147  3e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  36.12 
 
 		 391 aa  147  3e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  32.21 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  32.56 
 
 		 278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  35.25 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  32.93 
 
 		 396 aa  146  6e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  31.6 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  34.8 
 
 		 339 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  33.46 
 
 		 273 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  32.21 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  32.99 
 
 		 278 aa  144  3e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  33.93 
 
 		 324 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0521  Ku protein  34.23 
 
 		 393 aa  142  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  33.7 
 
 		 335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  32.56 
 
 		 347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>