164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0489 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  100 
 
 		 304 aa  613  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  95.39 
 
 		 304 aa  588  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  62.84 
 
 		 335 aa  385  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  65.43 
 
 		 333 aa  382  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  65.06 
 
 		 324 aa  378  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  65.19 
 
 		 335 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  64.94 
 
 		 335 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  64.68 
 
 		 339 aa  350  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  62.32 
 
 		 339 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  62.32 
 
 		 339 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  62.45 
 
 		 347 aa  347  1e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  64.07 
 
 		 367 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  64.07 
 
 		 368 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  64.07 
 
 		 368 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  59.85 
 
 		 341 aa  326  3e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  52.7 
 
 		 299 aa  326  4.0000000000000003e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  56.11 
 
 		 311 aa  324  1e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  54.13 
 
 		 299 aa  322  5e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  54.55 
 
 		 283 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  54.75 
 
 		 301 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  49.67 
 
 		 310 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  51.64 
 
 		 320 aa  311  1e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  55.64 
 
 		 286 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  52.35 
 
 		 293 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  53.58 
 
 		 325 aa  301  8.000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  52.82 
 
 		 295 aa  299  4e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  54.23 
 
 		 375 aa  297  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  51.7 
 
 		 273 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  53.23 
 
 		 282 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  50.94 
 
 		 273 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  51.79 
 
 		 334 aa  289  4e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  51.91 
 
 		 273 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  52.31 
 
 		 347 aa  280  3e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  51.54 
 
 		 347 aa  278  1e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  40.22 
 
 		 284 aa  240  2e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  40.22 
 
 		 274 aa  238  1e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  41.83 
 
 		 278 aa  218  7.999999999999999e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  40.6 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  40.77 
 
 		 259 aa  200  3e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  38.58 
 
 		 264 aa  194  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  39.66 
 
 		 283 aa  194  2e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0141  Ku protein  38.11 
 
 		 259 aa  192  8e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  40.09 
 
 		 284 aa  191  9e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0124  Ku protein  37.36 
 
 		 259 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  37.17 
 
 		 312 aa  188  8e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  38.49 
 
 		 259 aa  188  9e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  36.71 
 
 		 277 aa  186  4e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  37.4 
 
 		 276 aa  185  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  37.13 
 
 		 346 aa  182  4.0000000000000006e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1712  Ku protein  35.23 
 
 		 254 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.817891  hitchhiker  0.000191736 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  38.64 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  33.22 
 
 		 285 aa  176  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  32.21 
 
 		 290 aa  170  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  34.33 
 
 		 259 aa  168  8e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  38.03 
 
 		 296 aa  167  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  35.36 
 
 		 280 aa  168  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  37.61 
 
 		 296 aa  166  4e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  32.18 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  38.24 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  37.16 
 
 		 286 aa  165  9e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  37.28 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  33.57 
 
 		 312 aa  164  3e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  35.29 
 
 		 331 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  33.55 
 
 		 291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  36.07 
 
 		 343 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  35.57 
 
 		 318 aa  162  7e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  36.6 
 
 		 285 aa  161  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  33.11 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  33.44 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  34.58 
 
 		 285 aa  161  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  33.45 
 
 		 331 aa  160  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1650  Ku protein  35.17 
 
 		 274 aa  160  3e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.475711  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  33.22 
 
 		 293 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  35.74 
 
 		 344 aa  158  1e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  33.59 
 
 		 273 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  33.45 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  37.31 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  32.21 
 
 		 328 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  35.96 
 
 		 283 aa  156  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  31.37 
 
 		 293 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  34.56 
 
 		 349 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  35.05 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  33.44 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  32.63 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  37.46 
 
 		 344 aa  153  4e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  34.34 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  33.71 
 
 		 332 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  31.06 
 
 		 257 aa  152  8e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  33.9 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  32.73 
 
 		 321 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  33.78 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1599  Ku protein  33.08 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000232487 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  34.51 
 
 		 273 aa  151  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0295  DNA end-binding protein Ku  31.97 
 
 		 346 aa  150  4e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  32.44 
 
 		 299 aa  148  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  34.06 
 
 		 391 aa  148  1.0000000000000001e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  33.84 
 
 		 278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  33.55 
 
 		 286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07100  DNA end-binding protein Ku  34.06 
 
 		 320 aa  145  7.0000000000000006e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  37.12 
 
 		 396 aa  145  9e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>