164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3255 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  100 
 
 		 273 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  98.9 
 
 		 273 aa  544  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  93.85 
 
 		 273 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  89.69 
 
 		 282 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  73.13 
 
 		 293 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  71.1 
 
 		 283 aa  393  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  70.5 
 
 		 295 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  69.06 
 
 		 286 aa  374  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  65.57 
 
 		 299 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  66.92 
 
 		 301 aa  360  1e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  55.51 
 
 		 324 aa  301  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  54.18 
 
 		 333 aa  297  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  53.74 
 
 		 320 aa  296  2e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  53.82 
 
 		 335 aa  295  4e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  55.3 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  51.7 
 
 		 304 aa  293  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  51.32 
 
 		 304 aa  293  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  54.17 
 
 		 347 aa  289  4e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  54.37 
 
 		 335 aa  288  7e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  53.99 
 
 		 335 aa  287  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  52.83 
 
 		 367 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  52.83 
 
 		 368 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  52.83 
 
 		 368 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  52.87 
 
 		 339 aa  285  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  54.75 
 
 		 311 aa  285  7e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  52.87 
 
 		 339 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  52.87 
 
 		 339 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  54.17 
 
 		 325 aa  276  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  51.27 
 
 		 347 aa  275  5e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  51.27 
 
 		 347 aa  275  5e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  52.85 
 
 		 341 aa  273  2.0000000000000002e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  51.14 
 
 		 375 aa  271  8.000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  50.74 
 
 		 310 aa  271  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  50.76 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  41.03 
 
 		 284 aa  213  1.9999999999999998e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  41.03 
 
 		 274 aa  212  5.999999999999999e-54  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  39.19 
 
 		 301 aa  205  6e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  41.06 
 
 		 278 aa  203  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  38.76 
 
 		 276 aa  193  3e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  44.49 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  37.45 
 
 		 280 aa  188  8e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  37.79 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  38.29 
 
 		 264 aa  181  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  33.95 
 
 		 270 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  38.35 
 
 		 259 aa  179  4e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  39.82 
 
 		 284 aa  178  7e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0141  Ku protein  36.64 
 
 		 259 aa  177  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  36.29 
 
 		 277 aa  176  3e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  34.7 
 
 		 290 aa  176  4e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0124  Ku protein  35.88 
 
 		 259 aa  176  5e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  36.15 
 
 		 259 aa  175  8e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  42.11 
 
 		 296 aa  174  9e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  42.11 
 
 		 296 aa  175  9e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  34.11 
 
 		 285 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  41.67 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  37.64 
 
 		 283 aa  173  1.9999999999999998e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  35.63 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  36.43 
 
 		 273 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  38.01 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  35.52 
 
 		 317 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  31.97 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  33.72 
 
 		 343 aa  163  3e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  33.58 
 
 		 346 aa  160  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1712  Ku protein  35.14 
 
 		 254 aa  160  2e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.817891  hitchhiker  0.000191736 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  34.35 
 
 		 259 aa  159  4e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  34.67 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  36.92 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  33.21 
 
 		 295 aa  155  6e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  34.36 
 
 		 330 aa  155  9e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  34.46 
 
 		 349 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0521  Ku protein  34.96 
 
 		 393 aa  152  4e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  36.43 
 
 		 286 aa  152  4e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  34.1 
 
 		 332 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  33.59 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  36.89 
 
 		 391 aa  152  7e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  33.08 
 
 		 333 aa  150  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1650  Ku protein  32.62 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.475711  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  34.21 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  32.97 
 
 		 331 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  32.85 
 
 		 278 aa  149  5e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  35.69 
 
 		 307 aa  149  7e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  34.5 
 
 		 318 aa  148  9e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4361  DNA end-binding protein Ku  33.46 
 
 		 315 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.511078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4447  DNA end-binding protein Ku  33.46 
 
 		 315 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28682  normal  0.0562745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4741  DNA end-binding protein Ku  33.46 
 
 		 315 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.079051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  32.12 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  35.65 
 
 		 273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0862  Ku protein  30.51 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  32.69 
 
 		 328 aa  145  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1599  Ku protein  32.68 
 
 		 274 aa  145  6e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000232487 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4917  Ku domain-containing protein  32 
 
 		 306 aa  145  9e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833698  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  33.21 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  34.1 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4474  Ku protein  30.51 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.232277 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  32.61 
 
 		 285 aa  143  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  31.27 
 
 		 331 aa  142  7e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  33.85 
 
 		 284 aa  142  8e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  33.47 
 
 		 396 aa  142  9e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  33.46 
 
 		 278 aa  142  9e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1826  Ku domain-containing protein  31.2 
 
 		 328 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>