165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_2175 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  100 
 
 
262 aa  527  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  98.47 
 
 
262 aa  520  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  85.88 
 
 
264 aa  447  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  57.63 
 
 
270 aa  312  2.9999999999999996e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  57.95 
 
 
271 aa  312  2.9999999999999996e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  58.78 
 
 
267 aa  308  5.9999999999999995e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  60.15 
 
 
271 aa  305  4.0000000000000004e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  58.87 
 
 
270 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  57.69 
 
 
269 aa  301  6.000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  56.87 
 
 
266 aa  298  7e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  54.51 
 
 
275 aa  295  6e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  53.23 
 
 
270 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  55.77 
 
 
267 aa  279  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  55.43 
 
 
268 aa  278  8e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  53.96 
 
 
268 aa  278  9e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  55.3 
 
 
273 aa  277  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  44.15 
 
 
327 aa  224  1e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  43.89 
 
 
312 aa  222  4.9999999999999996e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  44.19 
 
 
332 aa  221  8e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  44.44 
 
 
328 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  43.85 
 
 
321 aa  215  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  43.08 
 
 
349 aa  211  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  42.42 
 
 
331 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  42.64 
 
 
299 aa  208  7e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  42.47 
 
 
333 aa  203  3e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  39.77 
 
 
293 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  39.55 
 
 
293 aa  202  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  39.53 
 
 
291 aa  201  7e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  39.38 
 
 
294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  41.09 
 
 
310 aa  199  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  40.77 
 
 
278 aa  198  6e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  39.93 
 
 
293 aa  198  7e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  40.46 
 
 
285 aa  190  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  38.85 
 
 
282 aa  186  3e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  38.13 
 
 
281 aa  178  7e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  38.13 
 
 
287 aa  178  8e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  38.64 
 
 
269 aa  170  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  36.26 
 
 
284 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  36.08 
 
 
307 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  35.11 
 
 
284 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  35.74 
 
 
285 aa  166  5e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  37.5 
 
 
267 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  36.78 
 
 
283 aa  165  8e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  34.8 
 
 
297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  35.66 
 
 
294 aa  163  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  35.71 
 
 
302 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  35.71 
 
 
304 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  37.78 
 
 
267 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  35.43 
 
 
299 aa  156  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  35.27 
 
 
285 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  35.21 
 
 
295 aa  149  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  34.55 
 
 
335 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  34.18 
 
 
335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  33.08 
 
 
339 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  33.08 
 
 
339 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  33.08 
 
 
339 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  33.33 
 
 
310 aa  142  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  37.33 
 
 
267 aa  142  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  32.3 
 
 
287 aa  141  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  36.16 
 
 
324 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  31.2 
 
 
284 aa  139  6e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  33.09 
 
 
304 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  32.09 
 
 
347 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  32.83 
 
 
335 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  31.6 
 
 
333 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  30.83 
 
 
274 aa  136  4e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  29.7 
 
 
320 aa  135  5e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  32.61 
 
 
299 aa  134  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  29.85 
 
 
311 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  35.09 
 
 
283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  31.94 
 
 
282 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  32.35 
 
 
304 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  32.18 
 
 
273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  31.56 
 
 
273 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  29.63 
 
 
375 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  31.56 
 
 
273 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  28.04 
 
 
341 aa  125  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  31.8 
 
 
297 aa  125  6e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  31.72 
 
 
347 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  31.34 
 
 
347 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  30.12 
 
 
295 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  31.74 
 
 
325 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  28.12 
 
 
278 aa  124  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  31.66 
 
 
346 aa  122  4e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  30.71 
 
 
299 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  29.1 
 
 
334 aa  122  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  29.96 
 
 
293 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  33.85 
 
 
283 aa  122  6e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  31.3 
 
 
367 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  32.83 
 
 
286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  31.3 
 
 
368 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  31.3 
 
 
368 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3454  Ku domain-containing protein  33.05 
 
 
261 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  29.32 
 
 
301 aa  119  7e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  30.31 
 
 
290 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  31.92 
 
 
286 aa  116  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  30 
 
 
301 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  27.34 
 
 
276 aa  115  7.999999999999999e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  27.91 
 
 
270 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  29.96 
 
 
347 aa  113  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>