164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1263 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  100 
 
 		 267 aa  540  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  86.52 
 
 		 267 aa  454  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  86.52 
 
 		 267 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  62.5 
 
 		 299 aa  336  2.9999999999999997e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  58.58 
 
 		 302 aa  332  3e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  59.85 
 
 		 294 aa  330  2e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  60.47 
 
 		 297 aa  324  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  55.56 
 
 		 304 aa  318  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  56.86 
 
 		 287 aa  309  2e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  54.51 
 
 		 281 aa  303  2.0000000000000002e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  56.13 
 
 		 282 aa  300  2e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  58.73 
 
 		 285 aa  300  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  57.41 
 
 		 295 aa  297  1e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  53.85 
 
 		 284 aa  282  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  53.46 
 
 		 284 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  50.79 
 
 		 287 aa  260  1e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  40.61 
 
 		 293 aa  218  7e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  38.76 
 
 		 321 aa  208  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  39.37 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  39.23 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  37.74 
 
 		 291 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  37.89 
 
 		 312 aa  202  5e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  37.65 
 
 		 293 aa  201  8e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  38.55 
 
 		 327 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  38.04 
 
 		 293 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  37.8 
 
 		 328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  37.8 
 
 		 331 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  36.94 
 
 		 270 aa  196  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  37.22 
 
 		 349 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  38.98 
 
 		 333 aa  192  3e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  36.86 
 
 		 332 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  38.28 
 
 		 278 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  39.39 
 
 		 299 aa  184  9e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  36.26 
 
 		 271 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  34.57 
 
 		 269 aa  175  6e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  36.64 
 
 		 266 aa  175  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  37.25 
 
 		 269 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  37.17 
 
 		 271 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  37.12 
 
 		 267 aa  172  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  35.58 
 
 		 268 aa  171  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  35.88 
 
 		 267 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  33.21 
 
 		 275 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  37.5 
 
 		 262 aa  169  5e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  36.04 
 
 		 270 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  38.13 
 
 		 264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  37.01 
 
 		 283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  35.52 
 
 		 290 aa  163  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  37.5 
 
 		 262 aa  159  7e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  36.67 
 
 		 285 aa  158  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  36.29 
 
 		 285 aa  155  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  34.83 
 
 		 268 aa  154  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  33.18 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  34.68 
 
 		 273 aa  149  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  29.78 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  29.41 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  31.34 
 
 		 346 aa  132  6e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  32.58 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  32.47 
 
 		 344 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  32.56 
 
 		 284 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  34.75 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  32.1 
 
 		 307 aa  126  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  33.58 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  33.09 
 
 		 331 aa  125  5e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  29.34 
 
 		 320 aa  125  7e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  32.69 
 
 		 273 aa  124  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  33.58 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  32.81 
 
 		 259 aa  123  3e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  29.92 
 
 		 264 aa  123  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  33.07 
 
 		 286 aa  122  5e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  32.2 
 
 		 273 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8388  Ku family containing protein  32.06 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.97043 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  30.65 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  29.92 
 
 		 259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  29.37 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  34.09 
 
 		 318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  32.06 
 
 		 347 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  32.44 
 
 		 273 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  32.62 
 
 		 324 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  34.93 
 
 		 396 aa  119  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  31.82 
 
 		 273 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  32.36 
 
 		 330 aa  119  6e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  31.52 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  32.83 
 
 		 295 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  32.84 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  29.64 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  32.95 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  28.02 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  29.09 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  30.31 
 
 		 335 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  29.69 
 
 		 333 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  25.47 
 
 		 270 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  29.69 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  32.89 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  32.02 
 
 		 282 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  33.91 
 
 		 335 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5208  Ku protein  31.52 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.381222 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  33.62 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  26.95 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  27.38 
 
 		 259 aa  113  4.0000000000000004e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  33.91 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>