164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1728 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  100 
 
 		 257 aa  524  1e-148  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1599  Ku protein  47.27 
 
 		 274 aa  257  1e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000232487 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  41.6 
 
 		 276 aa  216  2e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  41.7 
 
 		 312 aa  209  3e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  38.43 
 
 		 283 aa  209  3e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  40.47 
 
 		 280 aa  209  4e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  39.92 
 
 		 277 aa  205  4e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  40.89 
 
 		 300 aa  204  8e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  39.92 
 
 		 285 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  41.5 
 
 		 270 aa  194  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  37.94 
 
 		 347 aa  190  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  38.46 
 
 		 259 aa  190  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  37.45 
 
 		 343 aa  188  7e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  37.8 
 
 		 286 aa  187  1e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  35.27 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  41.04 
 
 		 273 aa  186  4e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  35.89 
 
 		 290 aa  183  3e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  33.33 
 
 		 273 aa  180  2e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  35.16 
 
 		 295 aa  179  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  36.43 
 
 		 344 aa  178  9e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  35.46 
 
 		 344 aa  176  3e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  38.36 
 
 		 299 aa  175  6e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8388  Ku family containing protein  34.39 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.97043 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  34.73 
 
 		 396 aa  174  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  35.69 
 
 		 317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  33.2 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4361  DNA end-binding protein Ku  35.11 
 
 		 315 aa  169  5e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.511078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4447  DNA end-binding protein Ku  35.11 
 
 		 315 aa  169  5e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28682  normal  0.0562745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4741  DNA end-binding protein Ku  35.11 
 
 		 315 aa  169  5e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.079051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  32.82 
 
 		 331 aa  168  1e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4917  Ku domain-containing protein  35.5 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833698  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0295  DNA end-binding protein Ku  35.94 
 
 		 346 aa  165  5.9999999999999996e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1826  Ku domain-containing protein  34.36 
 
 		 328 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  37.05 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  35.29 
 
 		 346 aa  160  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2952  Ku protein  34.66 
 
 		 274 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0023428  hitchhiker  0.000343004 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10955  hypothetical protein  33.33 
 
 		 273 aa  159  3e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  31.05 
 
 		 391 aa  160  3e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  36.61 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19810  DNA end-binding protein Ku  32.31 
 
 		 321 aa  159  5e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.163829  hitchhiker  0.00299301 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  36.49 
 
 		 296 aa  158  8e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  31.56 
 
 		 284 aa  157  1e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  34.66 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  31.91 
 
 		 286 aa  156  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  31.54 
 
 		 375 aa  156  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  33.07 
 
 		 301 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13080  DNA end-binding protein Ku  31.32 
 
 		 332 aa  155  6e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.467677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  33.07 
 
 		 278 aa  155  8e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  33.2 
 
 		 341 aa  155  9e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2229  Ku protein  31.82 
 
 		 274 aa  154  1e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  30.8 
 
 		 274 aa  154  1e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  34.63 
 
 		 283 aa  153  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  33.08 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  30.71 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0521  Ku protein  32.55 
 
 		 393 aa  153  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  32.08 
 
 		 311 aa  152  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1650  Ku protein  30.47 
 
 		 274 aa  152  4e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.475711  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  31.06 
 
 		 304 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  32.94 
 
 		 299 aa  149  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5208  Ku protein  31.98 
 
 		 307 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.381222 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  29.01 
 
 		 310 aa  149  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  32.69 
 
 		 335 aa  148  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  33.08 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  34.52 
 
 		 264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4474  Ku protein  34.35 
 
 		 270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.232277 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  33.08 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0862  Ku protein  33.97 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  31.4 
 
 		 301 aa  146  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07100  DNA end-binding protein Ku  32.94 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0141  Ku protein  33.99 
 
 		 259 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0124  Ku protein  34.78 
 
 		 259 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  35.46 
 
 		 259 aa  145  5e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  30.97 
 
 		 347 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  30.23 
 
 		 320 aa  144  9e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0900  hypothetical protein  34.25 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.116189  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0771  hypothetical protein  35.04 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.437785  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0719  hypothetical protein  35.41 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0188133  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0706  hypothetical protein  35.04 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00186853  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0808  hypothetical protein  35.04 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.813427  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  30.97 
 
 		 347 aa  144  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0904  Ku protein  35.04 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42744e-43 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  32.81 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  31.54 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  31.1 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  32.45 
 
 		 347 aa  142  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  33.59 
 
 		 335 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  32.43 
 
 		 367 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0972  Ku protein  33.85 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000223662  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  31.1 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  29.92 
 
 		 273 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  32.03 
 
 		 339 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  33.2 
 
 		 335 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  32.03 
 
 		 339 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  32.43 
 
 		 368 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  32.43 
 
 		 368 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  32.03 
 
 		 339 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  31.5 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  33.73 
 
 		 285 aa  139  4.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  36.49 
 
 		 284 aa  139  4.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  32.57 
 
 		 285 aa  138  7.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>