164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0997 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  100 
 
 
264 aa  536  9.999999999999999e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  58.33 
 
 
284 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1712  Ku protein  54.18 
 
 
254 aa  299  3e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.817891  hitchhiker  0.000191736 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  54.94 
 
 
259 aa  283  2.0000000000000002e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  51.6 
 
 
259 aa  274  9e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0141  Ku protein  43.03 
 
 
259 aa  228  9e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0124  Ku protein  43.03 
 
 
259 aa  225  7e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  41.15 
 
 
346 aa  208  8e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  39.53 
 
 
300 aa  203  2e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  39.11 
 
 
284 aa  202  4e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  38.38 
 
 
274 aa  199  3e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  41.45 
 
 
301 aa  198  7e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  38.58 
 
 
304 aa  195  6e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  38.58 
 
 
304 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  40.71 
 
 
375 aa  187  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  42.06 
 
 
273 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  38.13 
 
 
278 aa  185  6e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  41.1 
 
 
311 aa  183  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  39.38 
 
 
282 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  40.6 
 
 
320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  40.34 
 
 
341 aa  182  6e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  42.48 
 
 
334 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  38.2 
 
 
293 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  38.29 
 
 
273 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  35.34 
 
 
318 aa  181  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  38.29 
 
 
273 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  39.11 
 
 
299 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  37.55 
 
 
295 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  36.13 
 
 
299 aa  179  4.999999999999999e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  35.47 
 
 
324 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  36.16 
 
 
310 aa  177  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  39.83 
 
 
259 aa  176  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  34.75 
 
 
333 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  33.58 
 
 
335 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  39.65 
 
 
347 aa  176  4e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  37.45 
 
 
312 aa  176  4e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  36.43 
 
 
325 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  40.71 
 
 
296 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  39.65 
 
 
347 aa  176  5e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  40.27 
 
 
296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  40.27 
 
 
296 aa  173  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  37.5 
 
 
299 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  37.01 
 
 
286 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  37.32 
 
 
283 aa  171  9e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  34.13 
 
 
276 aa  171  1e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  39.56 
 
 
301 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  32.32 
 
 
273 aa  168  7e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  41.33 
 
 
286 aa  168  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  37.61 
 
 
396 aa  168  9e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  35.19 
 
 
278 aa  167  1e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  36.19 
 
 
347 aa  168  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  34.5 
 
 
280 aa  168  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  36.61 
 
 
273 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  33.09 
 
 
339 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  32.72 
 
 
339 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  32.72 
 
 
339 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  37.33 
 
 
317 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2229  Ku protein  39.82 
 
 
274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  32.84 
 
 
335 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  36.02 
 
 
277 aa  163  2.0000000000000002e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  36.47 
 
 
284 aa  163  3e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  32.84 
 
 
335 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  39.47 
 
 
295 aa  162  5.0000000000000005e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13080  DNA end-binding protein Ku  38.01 
 
 
332 aa  161  8.000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.467677  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  33.21 
 
 
347 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  32.83 
 
 
343 aa  160  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2952  Ku protein  34.65 
 
 
274 aa  160  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0023428  hitchhiker  0.000343004 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19810  DNA end-binding protein Ku  37.56 
 
 
321 aa  159  4e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.163829  hitchhiker  0.00299301 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  32.32 
 
 
283 aa  159  6e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  36.56 
 
 
330 aa  157  1e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  35.69 
 
 
316 aa  157  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4917  Ku domain-containing protein  34.2 
 
 
306 aa  157  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833698  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  34.67 
 
 
367 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  34.67 
 
 
368 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  34.67 
 
 
368 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  32.7 
 
 
270 aa  156  3e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10955  hypothetical protein  32.84 
 
 
273 aa  155  8e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07100  DNA end-binding protein Ku  36.49 
 
 
320 aa  154  1e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  33.46 
 
 
290 aa  154  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1826  Ku domain-containing protein  32.45 
 
 
328 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0295  DNA end-binding protein Ku  35.75 
 
 
346 aa  151  8.999999999999999e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4361  DNA end-binding protein Ku  32.82 
 
 
315 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.511078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4447  DNA end-binding protein Ku  32.82 
 
 
315 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28682  normal  0.0562745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4741  DNA end-binding protein Ku  32.82 
 
 
315 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.079051  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  32.17 
 
 
297 aa  149  5e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  33.84 
 
 
344 aa  148  7e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  33.08 
 
 
344 aa  148  8e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  34.52 
 
 
257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8388  Ku family containing protein  29.92 
 
 
293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.97043 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  32.97 
 
 
331 aa  146  3e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  32.32 
 
 
285 aa  146  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  35.21 
 
 
299 aa  145  8.000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  35.8 
 
 
301 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0521  Ku protein  33.93 
 
 
393 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3454  Ku domain-containing protein  32.3 
 
 
261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1599  Ku protein  32.93 
 
 
274 aa  139  4.999999999999999e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000232487 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  32.09 
 
 
294 aa  139  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  30.32 
 
 
391 aa  137  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3417  Ku domain containing protein  30.22 
 
 
286 aa  134  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.925538  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  32.43 
 
 
310 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>