164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3917 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  100 
 
 		 278 aa  568  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  79.22 
 
 		 332 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  72.18 
 
 		 328 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  74.73 
 
 		 327 aa  432  1e-120  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  69.46 
 
 		 349 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  78.16 
 
 		 333 aa  431  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  72.22 
 
 		 331 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  70.44 
 
 		 312 aa  410  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  72.09 
 
 		 321 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  68.24 
 
 		 310 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  51.03 
 
 		 293 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  49.83 
 
 		 293 aa  296  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  51.99 
 
 		 291 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  52.75 
 
 		 293 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  51.82 
 
 		 294 aa  285  4e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  48.05 
 
 		 283 aa  241  6e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  49.45 
 
 		 269 aa  241  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  41.61 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  42.61 
 
 		 285 aa  223  4e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  40.37 
 
 		 270 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  41.26 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  40.57 
 
 		 281 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  41.76 
 
 		 269 aa  215  5.9999999999999996e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  39.27 
 
 		 282 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  38.32 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  40.74 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  41.48 
 
 		 270 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  38.01 
 
 		 302 aa  209  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  38.19 
 
 		 287 aa  206  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  42.64 
 
 		 267 aa  206  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  40.07 
 
 		 285 aa  206  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  40.44 
 
 		 275 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  40.3 
 
 		 271 aa  205  7e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  40 
 
 		 271 aa  204  1e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  41.86 
 
 		 266 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  39.63 
 
 		 270 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  38.49 
 
 		 297 aa  198  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  38.18 
 
 		 307 aa  198  9e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  40.23 
 
 		 285 aa  197  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  40.16 
 
 		 284 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  41.44 
 
 		 264 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  40.77 
 
 		 262 aa  195  9e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  41.15 
 
 		 262 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  39.76 
 
 		 284 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  39.25 
 
 		 267 aa  192  6e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  37.12 
 
 		 295 aa  188  8e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  37.79 
 
 		 268 aa  188  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  38.58 
 
 		 287 aa  188  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  39.33 
 
 		 268 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  38.85 
 
 		 267 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  36.93 
 
 		 273 aa  180  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  37.84 
 
 		 267 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  38.27 
 
 		 267 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  34.81 
 
 		 284 aa  171  1e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  34.44 
 
 		 274 aa  169  6e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  33.45 
 
 		 318 aa  162  8.000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  33.21 
 
 		 346 aa  158  8e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  36.67 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  36.67 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  33.09 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  36.3 
 
 		 339 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  34.4 
 
 		 283 aa  155  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  33.09 
 
 		 333 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  34.72 
 
 		 324 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  33.1 
 
 		 335 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  34.4 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  32.41 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  33.45 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  34 
 
 		 276 aa  149  4e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  34.8 
 
 		 335 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  34.8 
 
 		 335 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  32.75 
 
 		 304 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  34.13 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  29.86 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  34.38 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  32.55 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  33.2 
 
 		 277 aa  146  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  33.46 
 
 		 343 aa  146  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  33.98 
 
 		 297 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  33.21 
 
 		 273 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  29.87 
 
 		 320 aa  144  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  32.28 
 
 		 286 aa  143  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  32.76 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  29.67 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  32.11 
 
 		 396 aa  143  3e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  32.85 
 
 		 273 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  30.71 
 
 		 311 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  32.81 
 
 		 280 aa  142  7e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  32.31 
 
 		 282 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  32.05 
 
 		 347 aa  141  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  30.51 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  29.6 
 
 		 270 aa  140  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  34.21 
 
 		 286 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  32.06 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  33.71 
 
 		 330 aa  139  4.999999999999999e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  33.46 
 
 		 273 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  34.17 
 
 		 331 aa  138  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  32.38 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  34.11 
 
 		 284 aa  136  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  30 
 
 		 312 aa  136  5e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>