164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3686 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3686  Ku  100 
 
 		 291 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  83.67 
 
 		 294 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  81.57 
 
 		 293 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  78.69 
 
 		 293 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  75.95 
 
 		 293 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  64.64 
 
 		 269 aa  340  2e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  55.19 
 
 		 333 aa  308  5e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  56.3 
 
 		 328 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  54.7 
 
 		 331 aa  304  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  56.69 
 
 		 332 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  53.5 
 
 		 327 aa  303  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  47.81 
 
 		 321 aa  301  9e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  55.13 
 
 		 349 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  50.18 
 
 		 312 aa  298  7e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  53.7 
 
 		 278 aa  293  2e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  51.57 
 
 		 310 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  44.62 
 
 		 270 aa  226  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  41.18 
 
 		 304 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  43.08 
 
 		 283 aa  217  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  39.86 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  41.11 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  42.07 
 
 		 299 aa  212  5.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  41.67 
 
 		 285 aa  210  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  37.94 
 
 		 281 aa  209  5e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  40.47 
 
 		 269 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  40.16 
 
 		 267 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  40.52 
 
 		 271 aa  202  6e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  40.08 
 
 		 266 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  41.57 
 
 		 295 aa  199  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  40.37 
 
 		 275 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  40.67 
 
 		 270 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  40.3 
 
 		 270 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  38.93 
 
 		 282 aa  196  3e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  40 
 
 		 267 aa  197  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  37.85 
 
 		 285 aa  196  5.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  39.62 
 
 		 267 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  36.26 
 
 		 297 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  39.53 
 
 		 262 aa  193  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  38.58 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  37.74 
 
 		 267 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  39.53 
 
 		 262 aa  188  7e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  38.49 
 
 		 273 aa  188  7e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  35.64 
 
 		 287 aa  187  1e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  39.53 
 
 		 284 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  38.08 
 
 		 271 aa  187  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  38.7 
 
 		 264 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  38.11 
 
 		 268 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  36.05 
 
 		 285 aa  182  5.0000000000000004e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  35.32 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  36.61 
 
 		 287 aa  181  9.000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  37.89 
 
 		 284 aa  178  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  36.19 
 
 		 267 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  35.85 
 
 		 268 aa  169  5e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  34.04 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  34.53 
 
 		 335 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  33.44 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  32.45 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  33.45 
 
 		 304 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  35.17 
 
 		 286 aa  157  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  32.57 
 
 		 274 aa  156  4e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  33.58 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  33.58 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  32.76 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  34.73 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  33.21 
 
 		 339 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  33.58 
 
 		 335 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  33.59 
 
 		 324 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  30.79 
 
 		 299 aa  148  8e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  31.4 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  32.2 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  32.81 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  31.74 
 
 		 347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  31.14 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  30.22 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  33.58 
 
 		 286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  31.29 
 
 		 283 aa  145  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5208  Ku protein  31.89 
 
 		 307 aa  142  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.381222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  31.72 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  32.63 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  29.56 
 
 		 301 aa  139  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  29.47 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  34.12 
 
 		 284 aa  139  7e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  30.51 
 
 		 273 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  29.87 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  30.1 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  31.27 
 
 		 344 aa  137  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  30.51 
 
 		 273 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  30.96 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  30.2 
 
 		 312 aa  136  5e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  30.15 
 
 		 282 aa  135  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  31.48 
 
 		 330 aa  135  9e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  29.53 
 
 		 276 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  31.14 
 
 		 368 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  31.14 
 
 		 368 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  31.14 
 
 		 367 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  31.15 
 
 		 273 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  28.76 
 
 		 341 aa  132  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  31.1 
 
 		 331 aa  132  9e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  28.96 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  30.48 
 
 		 347 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>