164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3871 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  100 
 
 		 312 aa  636    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  67.68 
 
 		 328 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  64.97 
 
 		 331 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  67.91 
 
 		 321 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  65.18 
 
 		 332 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  65.54 
 
 		 349 aa  427  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  66.88 
 
 		 333 aa  429  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  65.17 
 
 		 327 aa  427  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  73.44 
 
 		 278 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  63.84 
 
 		 310 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  49.36 
 
 		 293 aa  306  3e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  50.18 
 
 		 291 aa  298  6e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  47.74 
 
 		 293 aa  294  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  48.87 
 
 		 294 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  50.73 
 
 		 293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  48.9 
 
 		 269 aa  251  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  45.7 
 
 		 283 aa  229  5e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  40.91 
 
 		 299 aa  228  7e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  43.12 
 
 		 270 aa  227  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  43.28 
 
 		 269 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  39.86 
 
 		 281 aa  221  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  38.89 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  44.87 
 
 		 264 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  43.89 
 
 		 262 aa  216  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  43.45 
 
 		 266 aa  215  8e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  41.7 
 
 		 271 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  40.51 
 
 		 294 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  40.07 
 
 		 285 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  39.5 
 
 		 299 aa  213  4.9999999999999996e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  44.27 
 
 		 262 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  38.99 
 
 		 282 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  42.11 
 
 		 271 aa  211  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  40.08 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  42.11 
 
 		 270 aa  205  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  41.67 
 
 		 268 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  40.68 
 
 		 267 aa  204  1e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  39.06 
 
 		 267 aa  201  9e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  40.61 
 
 		 285 aa  201  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  40.15 
 
 		 275 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  39.69 
 
 		 284 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  39.37 
 
 		 285 aa  200  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  39.85 
 
 		 270 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  38.04 
 
 		 287 aa  200  3e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  41.48 
 
 		 273 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  41.13 
 
 		 267 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  37.8 
 
 		 297 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  37.89 
 
 		 267 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  38.15 
 
 		 307 aa  193  4e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  38.55 
 
 		 284 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  37.92 
 
 		 268 aa  192  6e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  38.67 
 
 		 267 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  38.25 
 
 		 295 aa  186  6e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  36.47 
 
 		 287 aa  179  4.999999999999999e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  36.04 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  36.36 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  33.57 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  34.41 
 
 		 283 aa  162  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  33.22 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  33.22 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  33.22 
 
 		 274 aa  161  1e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  32.97 
 
 		 333 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  35.61 
 
 		 339 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  35.61 
 
 		 339 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  35.23 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  32.73 
 
 		 335 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  32.26 
 
 		 318 aa  156  4e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  30.26 
 
 		 346 aa  156  5.0000000000000005e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  33.97 
 
 		 320 aa  155  6e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  36.36 
 
 		 396 aa  154  1e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  34.7 
 
 		 335 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  34.06 
 
 		 347 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  32.82 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  37.31 
 
 		 286 aa  153  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  33.1 
 
 		 285 aa  152  5e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  30.69 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  32.94 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  33.2 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  32.01 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  35.91 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  31.72 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  31.37 
 
 		 311 aa  148  9e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  31.2 
 
 		 276 aa  148  9e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  33.85 
 
 		 297 aa  148  9e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  34.5 
 
 		 331 aa  147  3e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  34.77 
 
 		 284 aa  147  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  29.3 
 
 		 270 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  33.46 
 
 		 273 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  34.1 
 
 		 273 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  33.08 
 
 		 282 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  29.84 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  30.88 
 
 		 277 aa  142  5e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  32 
 
 		 312 aa  142  6e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  34.23 
 
 		 330 aa  142  7e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  33.72 
 
 		 273 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  32.41 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  32.14 
 
 		 283 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  35.46 
 
 		 259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  31.5 
 
 		 278 aa  141  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  34.1 
 
 		 347 aa  139  4.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  30.35 
 
 		 344 aa  139  4.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>