164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0154 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  100 
 
 		 328 aa  668    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  85.59 
 
 		 332 aa  557  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  81.33 
 
 		 331 aa  547  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  77.48 
 
 		 349 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  71.12 
 
 		 333 aa  478  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  72.96 
 
 		 327 aa  454  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  67.08 
 
 		 312 aa  440  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  67.38 
 
 		 321 aa  434  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  77.25 
 
 		 278 aa  430  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  65.31 
 
 		 310 aa  430  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  53.79 
 
 		 293 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  53.31 
 
 		 291 aa  311  9e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  52.3 
 
 		 293 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  52.43 
 
 		 293 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  51.21 
 
 		 294 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  50.56 
 
 		 269 aa  248  1e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  44.41 
 
 		 299 aa  241  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  48.25 
 
 		 283 aa  236  4e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  41.96 
 
 		 285 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  42.86 
 
 		 294 aa  228  9e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  41.11 
 
 		 299 aa  228  9e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  41.35 
 
 		 270 aa  222  7e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  42.18 
 
 		 281 aa  221  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  39.92 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  44.49 
 
 		 262 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  44.23 
 
 		 264 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  39.71 
 
 		 282 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  42.27 
 
 		 285 aa  212  5.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  40.51 
 
 		 271 aa  210  3e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  44.62 
 
 		 262 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  41.29 
 
 		 269 aa  207  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  38.76 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  40.54 
 
 		 271 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  41.76 
 
 		 270 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  38.19 
 
 		 287 aa  206  5e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  41.02 
 
 		 284 aa  205  7e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  41.76 
 
 		 266 aa  205  9e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  39.16 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  40.46 
 
 		 287 aa  202  8e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  38.93 
 
 		 270 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  40.78 
 
 		 284 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  40.23 
 
 		 267 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  38.01 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  37.88 
 
 		 275 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  39.85 
 
 		 285 aa  195  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  39.47 
 
 		 267 aa  195  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  36.52 
 
 		 295 aa  192  9e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  37.21 
 
 		 267 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  38.43 
 
 		 268 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  36.86 
 
 		 273 aa  183  3e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  39.53 
 
 		 267 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  36.43 
 
 		 267 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  34.73 
 
 		 268 aa  171  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  35.09 
 
 		 283 aa  169  7e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  34.35 
 
 		 274 aa  166  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  33.97 
 
 		 346 aa  166  6.9999999999999995e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  33.97 
 
 		 284 aa  165  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  32.34 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  34.68 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  33.45 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  33.9 
 
 		 335 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  36.01 
 
 		 330 aa  158  1e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  34.01 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  32.97 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  35.53 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  35.53 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  32.73 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  33.33 
 
 		 273 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  35.16 
 
 		 339 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  32.97 
 
 		 273 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  33.78 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  33.59 
 
 		 282 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  30.41 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  32.65 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  33.1 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  32.53 
 
 		 290 aa  154  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  35.14 
 
 		 284 aa  153  4e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  34.43 
 
 		 335 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  33.58 
 
 		 343 aa  153  5e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  32.12 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  34.13 
 
 		 347 aa  152  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  34.07 
 
 		 335 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  32.17 
 
 		 344 aa  151  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  31.82 
 
 		 344 aa  150  3e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  31.7 
 
 		 341 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  35.88 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  33.6 
 
 		 286 aa  149  8e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  32.84 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  30.43 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  34.01 
 
 		 331 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  32.31 
 
 		 295 aa  148  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  32.45 
 
 		 286 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  32.58 
 
 		 324 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  34.22 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  32.69 
 
 		 273 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  34.96 
 
 		 391 aa  143  4e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  32.06 
 
 		 283 aa  143  4e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  31.72 
 
 		 278 aa  142  7e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0521  Ku protein  30.03 
 
 		 393 aa  142  7e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  31.3 
 
 		 396 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>