164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_2524 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  100 
 
 		 347 aa  699    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  98.27 
 
 		 347 aa  687    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  75.52 
 
 		 375 aa  456  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  72.24 
 
 		 325 aa  446  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  58.75 
 
 		 310 aa  364  1e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  57.1 
 
 		 320 aa  361  1e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  56.82 
 
 		 299 aa  351  8.999999999999999e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  62.5 
 
 		 311 aa  351  1e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  62.08 
 
 		 341 aa  350  2e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  55.34 
 
 		 283 aa  292  7e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  52.3 
 
 		 293 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  49.18 
 
 		 304 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  55.77 
 
 		 295 aa  286  4e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  46.98 
 
 		 301 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  47.88 
 
 		 299 aa  281  9e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  48.67 
 
 		 335 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  52.31 
 
 		 304 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  50 
 
 		 324 aa  280  3e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  54.2 
 
 		 286 aa  279  5e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  49.63 
 
 		 333 aa  277  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  51.32 
 
 		 335 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  50.94 
 
 		 335 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  49.81 
 
 		 339 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  51.27 
 
 		 273 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  49.81 
 
 		 339 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  49.81 
 
 		 339 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  51.27 
 
 		 273 aa  275  8e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  52.31 
 
 		 273 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  50.57 
 
 		 347 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  51.53 
 
 		 282 aa  269  5e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  48.89 
 
 		 367 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  48.89 
 
 		 368 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  48.89 
 
 		 368 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  40.06 
 
 		 334 aa  226  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  41.35 
 
 		 284 aa  222  9e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  40.98 
 
 		 274 aa  218  1e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  42.15 
 
 		 259 aa  196  5.000000000000001e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  35.93 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  37.69 
 
 		 278 aa  182  7e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  40.62 
 
 		 284 aa  181  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0141  Ku protein  36.92 
 
 		 259 aa  179  7e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0124  Ku protein  36.92 
 
 		 259 aa  177  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  39.47 
 
 		 264 aa  176  5e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  38.29 
 
 		 259 aa  174  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  39.54 
 
 		 283 aa  171  2e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  35.36 
 
 		 277 aa  170  3e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  36.09 
 
 		 276 aa  167  2.9999999999999998e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  31.9 
 
 		 317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  34.81 
 
 		 312 aa  167  4e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  33.96 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1712  Ku protein  37.28 
 
 		 254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.817891  hitchhiker  0.000191736 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  33.75 
 
 		 346 aa  164  2.0000000000000002e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  33.33 
 
 		 295 aa  164  3e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  33.84 
 
 		 280 aa  160  4e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  37.12 
 
 		 300 aa  159  6e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  33.33 
 
 		 331 aa  159  7e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  34.36 
 
 		 290 aa  156  4e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  36.48 
 
 		 391 aa  157  4e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  34.38 
 
 		 343 aa  155  7e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  34.6 
 
 		 273 aa  155  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  34.59 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  32.79 
 
 		 318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13080  DNA end-binding protein Ku  32.22 
 
 		 332 aa  149  7e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.467677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  34.01 
 
 		 285 aa  149  8e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  34.87 
 
 		 286 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  30.45 
 
 		 285 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4917  Ku domain-containing protein  32.13 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833698  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  32.95 
 
 		 259 aa  148  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  32.84 
 
 		 347 aa  147  3e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  34.38 
 
 		 344 aa  146  6e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0521  Ku protein  31.5 
 
 		 393 aa  146  6e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  33.86 
 
 		 344 aa  146  6e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1599  Ku protein  33.19 
 
 		 274 aa  145  1e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000232487 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  32.36 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1650  Ku protein  34.55 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.475711  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  33.2 
 
 		 396 aa  143  5e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  30.97 
 
 		 257 aa  143  5e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4361  DNA end-binding protein Ku  33.58 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.511078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4447  DNA end-binding protein Ku  33.58 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28682  normal  0.0562745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4741  DNA end-binding protein Ku  33.58 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.079051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  31.37 
 
 		 331 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1826  Ku domain-containing protein  31.85 
 
 		 328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  35.04 
 
 		 307 aa  139  7.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  33.58 
 
 		 285 aa  139  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0295  DNA end-binding protein Ku  32.2 
 
 		 346 aa  138  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  32.83 
 
 		 273 aa  138  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  31.61 
 
 		 328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  33.88 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  33.19 
 
 		 294 aa  136  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  31.56 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0900  hypothetical protein  30.83 
 
 		 270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.116189  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2952  Ku protein  33.58 
 
 		 274 aa  134  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0023428  hitchhiker  0.000343004 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  35.34 
 
 		 299 aa  133  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  30.97 
 
 		 271 aa  132  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  31.68 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  29.85 
 
 		 278 aa  132  1.0000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0862  Ku protein  30.6 
 
 		 270 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  29.86 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4474  Ku protein  30.22 
 
 		 270 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.232277 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0706  hypothetical protein  29.7 
 
 		 270 aa  130  3e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00186853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>