164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0141 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0141  Ku protein  100 
 
 		 259 aa  527  1e-149  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0124  Ku protein  97.3 
 
 		 259 aa  486  1e-136  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  48.26 
 
 		 259 aa  259  2e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  49.42 
 
 		 284 aa  246  3e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  43.03 
 
 		 264 aa  227  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  45.77 
 
 		 259 aa  226  2e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1712  Ku protein  43.31 
 
 		 254 aa  215  5e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.817891  hitchhiker  0.000191736 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  40.62 
 
 		 278 aa  212  5.999999999999999e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  42.58 
 
 		 318 aa  211  1e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  44.44 
 
 		 286 aa  209  3e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  39.92 
 
 		 276 aa  207  1e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  42.32 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  42.15 
 
 		 277 aa  204  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  41.73 
 
 		 280 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  40.38 
 
 		 283 aa  198  6e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  42.21 
 
 		 396 aa  198  7.999999999999999e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  38.87 
 
 		 304 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  41.1 
 
 		 299 aa  196  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  38.4 
 
 		 304 aa  195  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  39.25 
 
 		 324 aa  195  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  37.89 
 
 		 312 aa  194  8.000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  38.91 
 
 		 300 aa  193  2e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  38.19 
 
 		 273 aa  194  2e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  38.49 
 
 		 330 aa  192  3e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  37.93 
 
 		 343 aa  192  6e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  39.13 
 
 		 259 aa  191  1e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  38.06 
 
 		 375 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  40.36 
 
 		 333 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  36.26 
 
 		 317 aa  188  5.999999999999999e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  36.19 
 
 		 301 aa  187  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  37.79 
 
 		 339 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  39.11 
 
 		 341 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  37.84 
 
 		 270 aa  187  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  37.69 
 
 		 339 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  38.08 
 
 		 293 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  37.69 
 
 		 339 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  36.58 
 
 		 278 aa  186  3e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  34.73 
 
 		 284 aa  186  3e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  41 
 
 		 273 aa  186  4e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  39.46 
 
 		 335 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  37.31 
 
 		 335 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  34.73 
 
 		 274 aa  184  9e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  36.4 
 
 		 347 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  36.78 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  37.02 
 
 		 335 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  36.43 
 
 		 316 aa  182  3e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  38.46 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  36.15 
 
 		 347 aa  182  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  36.78 
 
 		 347 aa  181  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8388  Ku family containing protein  36.4 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.97043 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  36.6 
 
 		 310 aa  180  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  36.84 
 
 		 325 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  37.21 
 
 		 273 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  36.64 
 
 		 273 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  36.64 
 
 		 273 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  39.82 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  39.82 
 
 		 296 aa  178  8e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  37.84 
 
 		 331 aa  177  1e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  38.46 
 
 		 391 aa  178  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  33.72 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  34.22 
 
 		 368 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  34.22 
 
 		 368 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  34.22 
 
 		 367 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  37.25 
 
 		 285 aa  174  9e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  38.94 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  34.6 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1650  Ku protein  37.5 
 
 		 274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.475711  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  38.17 
 
 		 286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  35.5 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  36.05 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  38.35 
 
 		 283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  34.94 
 
 		 290 aa  172  5.999999999999999e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0295  DNA end-binding protein Ku  35.88 
 
 		 346 aa  171  6.999999999999999e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  32.82 
 
 		 320 aa  171  7.999999999999999e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  33.46 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0521  Ku protein  35.5 
 
 		 393 aa  171  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  36.54 
 
 		 344 aa  169  4e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  36.54 
 
 		 344 aa  169  6e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0972  Ku protein  35.11 
 
 		 270 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000223662  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0719  hypothetical protein  35.11 
 
 		 270 aa  165  9e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0188133  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  37.33 
 
 		 301 aa  164  9e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0862  Ku protein  34.73 
 
 		 270 aa  165  9e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0706  hypothetical protein  35.11 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00186853  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1826  Ku domain-containing protein  30.57 
 
 		 328 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4474  Ku protein  34.35 
 
 		 270 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.232277 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10955  hypothetical protein  30.3 
 
 		 273 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0900  hypothetical protein  33.97 
 
 		 270 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.116189  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4361  DNA end-binding protein Ku  30.42 
 
 		 315 aa  162  6e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.511078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4447  DNA end-binding protein Ku  30.42 
 
 		 315 aa  162  6e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28682  normal  0.0562745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4741  DNA end-binding protein Ku  30.42 
 
 		 315 aa  162  6e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.079051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  36.72 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  34.48 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0771  hypothetical protein  34.35 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.437785  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0808  hypothetical protein  34.35 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.813427  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0904  Ku protein  34.35 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42744e-43 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4917  Ku domain-containing protein  29.59 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833698  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2229  Ku protein  36.77 
 
 		 274 aa  156  3e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  35.69 
 
 		 286 aa  155  6e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  33.2 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2952  Ku protein  33.59 
 
 		 274 aa  153  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0023428  hitchhiker  0.000343004 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>