164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mkms_4447 on replicon NC_008705
Organism: Mycobacterium sp. KMS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008146  Mmcs_4361  DNA end-binding protein Ku  100 
 
 
315 aa  637    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.511078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4447  DNA end-binding protein Ku  100 
 
 
315 aa  637    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28682  normal  0.0562745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4741  DNA end-binding protein Ku  100 
 
 
315 aa  541  1e-153  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.079051  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4917  Ku domain-containing protein  89.51 
 
 
306 aa  503  1e-141  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833698  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1826  Ku domain-containing protein  89.77 
 
 
328 aa  501  1e-141  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10955  hypothetical protein  82.46 
 
 
273 aa  474  1e-133  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  56.86 
 
 
295 aa  348  6e-95  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  55.94 
 
 
317 aa  342  7e-93  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0521  Ku protein  51.54 
 
 
393 aa  322  4e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0295  DNA end-binding protein Ku  51.24 
 
 
346 aa  319  3.9999999999999996e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13080  DNA end-binding protein Ku  51.05 
 
 
332 aa  316  3e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.467677  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  47.8 
 
 
344 aa  305  6e-82  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  45.91 
 
 
344 aa  295  6e-79  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  55.85 
 
 
278 aa  293  3e-78  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  50 
 
 
330 aa  291  8e-78  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  53.82 
 
 
316 aa  290  1e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  49.47 
 
 
331 aa  288  7e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2229  Ku protein  53.21 
 
 
274 aa  288  1e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  45.66 
 
 
343 aa  285  5e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  49.15 
 
 
391 aa  279  5e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19810  DNA end-binding protein Ku  49.28 
 
 
321 aa  276  3e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.163829  hitchhiker  0.00299301 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  42.72 
 
 
318 aa  265  5.999999999999999e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  45.7 
 
 
286 aa  265  7e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  46.03 
 
 
396 aa  251  9.000000000000001e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  44.33 
 
 
273 aa  251  1e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  45.45 
 
 
347 aa  250  3e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07100  DNA end-binding protein Ku  49.26 
 
 
320 aa  249  6e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8388  Ku family containing protein  42.81 
 
 
293 aa  246  3e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.97043 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  40.77 
 
 
280 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  38.4 
 
 
276 aa  212  4.9999999999999996e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  42.05 
 
 
284 aa  208  8e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  34.94 
 
 
312 aa  207  2e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  39.62 
 
 
259 aa  206  3e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  35.99 
 
 
270 aa  203  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2952  Ku protein  40.44 
 
 
274 aa  199  6e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0023428  hitchhiker  0.000343004 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  36.23 
 
 
277 aa  197  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  40.52 
 
 
300 aa  195  7e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  36.3 
 
 
285 aa  191  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  36.27 
 
 
283 aa  190  2e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  34.85 
 
 
273 aa  187  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  34.87 
 
 
346 aa  181  1e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  31.76 
 
 
290 aa  179  5.999999999999999e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3417  Ku domain containing protein  36.68 
 
 
286 aa  172  7.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.925538  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  33.09 
 
 
284 aa  172  9e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  32.73 
 
 
274 aa  169  5e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  35.02 
 
 
257 aa  169  8e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  34.09 
 
 
320 aa  168  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  37.5 
 
 
299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1650  Ku protein  32.06 
 
 
274 aa  162  8.000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.475711  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4474  Ku protein  32.45 
 
 
270 aa  161  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.232277 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0972  Ku protein  32.45 
 
 
270 aa  161  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000223662  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  32.99 
 
 
301 aa  161  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  29.12 
 
 
334 aa  159  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0900  hypothetical protein  32.08 
 
 
270 aa  158  9e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.116189  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  31.09 
 
 
304 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0141  Ku protein  29.66 
 
 
259 aa  158  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0862  Ku protein  30.94 
 
 
270 aa  157  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0706  hypothetical protein  31.95 
 
 
270 aa  156  4e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00186853  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0124  Ku protein  29.66 
 
 
259 aa  156  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  32.46 
 
 
264 aa  155  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  34.65 
 
 
296 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  32.78 
 
 
293 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0719  hypothetical protein  31.58 
 
 
270 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0188133  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  34.65 
 
 
296 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  32.47 
 
 
299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0771  hypothetical protein  31.2 
 
 
270 aa  152  5e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.437785  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0808  hypothetical protein  31.2 
 
 
270 aa  152  5e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.813427  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0904  Ku protein  31.2 
 
 
270 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42744e-43 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5208  Ku protein  33.12 
 
 
307 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.381222 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  32.06 
 
 
375 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  31.79 
 
 
335 aa  152  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  34.65 
 
 
296 aa  152  8e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  33.1 
 
 
295 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  31.94 
 
 
278 aa  151  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  31.27 
 
 
304 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  33.59 
 
 
282 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  29.21 
 
 
259 aa  149  7e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  33.71 
 
 
347 aa  148  9e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  33.46 
 
 
273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  32.23 
 
 
333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  31.93 
 
 
283 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  32.46 
 
 
341 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  32.74 
 
 
284 aa  145  6e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  32.71 
 
 
297 aa  146  6e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  33.33 
 
 
347 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  32.71 
 
 
273 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  31.05 
 
 
325 aa  145  7.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  30.4 
 
 
335 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  31.13 
 
 
347 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  33.76 
 
 
273 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1712  Ku protein  30.16 
 
 
254 aa  142  5e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.817891  hitchhiker  0.000191736 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  30.77 
 
 
310 aa  142  7e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  32 
 
 
299 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  30.72 
 
 
286 aa  142  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  28.29 
 
 
301 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  31.64 
 
 
335 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  31.92 
 
 
301 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  32.34 
 
 
286 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  31.32 
 
 
339 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  32.18 
 
 
331 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>