165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4108 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  100 
 
 		 391 aa  761    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  64.06 
 
 		 330 aa  356  5e-97  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  49.86 
 
 		 344 aa  323  3e-87  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  52.62 
 
 		 344 aa  323  3e-87  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0521  Ku protein  44.36 
 
 		 393 aa  321  9.999999999999999e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  51.35 
 
 		 295 aa  313  2.9999999999999996e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  50 
 
 		 317 aa  311  2e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13080  DNA end-binding protein Ku  48.53 
 
 		 332 aa  298  1e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.467677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0295  DNA end-binding protein Ku  50 
 
 		 346 aa  297  2e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  55.27 
 
 		 331 aa  296  6e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  48.9 
 
 		 343 aa  292  7e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  48.38 
 
 		 318 aa  292  8e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  52.9 
 
 		 286 aa  283  5.000000000000001e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4361  DNA end-binding protein Ku  50.96 
 
 		 315 aa  276  3e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.511078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4447  DNA end-binding protein Ku  50.96 
 
 		 315 aa  276  3e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28682  normal  0.0562745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4741  DNA end-binding protein Ku  50.96 
 
 		 315 aa  276  3e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.079051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  54.13 
 
 		 396 aa  274  2.0000000000000002e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  53.26 
 
 		 273 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1826  Ku domain-containing protein  49.43 
 
 		 328 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4917  Ku domain-containing protein  47.58 
 
 		 306 aa  268  2e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833698  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8388  Ku family containing protein  52.63 
 
 		 293 aa  266  4e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.97043 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  47.55 
 
 		 347 aa  263  4e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19810  DNA end-binding protein Ku  46.74 
 
 		 321 aa  259  5.0000000000000005e-68  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.163829  hitchhiker  0.00299301 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2229  Ku protein  51.5 
 
 		 274 aa  257  3e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10955  hypothetical protein  45.42 
 
 		 273 aa  255  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  45.26 
 
 		 278 aa  240  2e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  48.25 
 
 		 316 aa  241  2e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  47.71 
 
 		 284 aa  239  9e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07100  DNA end-binding protein Ku  46.57 
 
 		 320 aa  237  3e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  42.7 
 
 		 283 aa  210  3e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  37.08 
 
 		 259 aa  209  7e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  38.4 
 
 		 276 aa  209  8e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2952  Ku protein  43.28 
 
 		 274 aa  206  5e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0023428  hitchhiker  0.000343004 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  38.4 
 
 		 277 aa  204  2e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  37.17 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  33.71 
 
 		 270 aa  200  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  36.5 
 
 		 273 aa  199  6e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3417  Ku domain containing protein  41.87 
 
 		 286 aa  196  7e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.925538  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  38.26 
 
 		 280 aa  196  9e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  41.2 
 
 		 300 aa  189  5e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  38.22 
 
 		 290 aa  181  2.9999999999999997e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  36.72 
 
 		 285 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0141  Ku protein  38.46 
 
 		 259 aa  178  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0124  Ku protein  38.91 
 
 		 259 aa  179  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  33.88 
 
 		 346 aa  178  2e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  37.28 
 
 		 375 aa  178  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1650  Ku protein  36.57 
 
 		 274 aa  171  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.475711  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  36.55 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  40.91 
 
 		 299 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  35.41 
 
 		 331 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  35.16 
 
 		 304 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  38.98 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  37.68 
 
 		 295 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  30.62 
 
 		 257 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  37.69 
 
 		 347 aa  164  3e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  37.69 
 
 		 347 aa  162  8.000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  37.79 
 
 		 273 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  37.4 
 
 		 273 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  37.4 
 
 		 273 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  35.4 
 
 		 283 aa  162  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  36.6 
 
 		 286 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  34.46 
 
 		 320 aa  160  5e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  36.26 
 
 		 282 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  34.39 
 
 		 259 aa  159  8e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  34.08 
 
 		 349 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  34.34 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  31.59 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  35.06 
 
 		 333 aa  156  6e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  33.11 
 
 		 325 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  36.19 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  34.06 
 
 		 304 aa  153  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  35.11 
 
 		 332 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  34.35 
 
 		 328 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  33.33 
 
 		 301 aa  152  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  38.12 
 
 		 296 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  30.53 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  38.12 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  33.95 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  32.94 
 
 		 335 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  32.84 
 
 		 299 aa  150  6e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  29.39 
 
 		 284 aa  149  7e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  29.39 
 
 		 274 aa  149  7e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  33.94 
 
 		 284 aa  149  9e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  38.12 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  34.35 
 
 		 301 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4474  Ku protein  27.68 
 
 		 270 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.232277 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  33.09 
 
 		 339 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0900  hypothetical protein  28.04 
 
 		 270 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.116189  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0719  hypothetical protein  27.44 
 
 		 270 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0188133  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  30.55 
 
 		 294 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  33.45 
 
 		 335 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0706  hypothetical protein  27.82 
 
 		 270 aa  145  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00186853  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0771  hypothetical protein  27.44 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.437785  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0808  hypothetical protein  27.44 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.813427  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  33.09 
 
 		 339 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0904  Ku protein  27.44 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42744e-43 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  33.09 
 
 		 339 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0972  Ku protein  27.31 
 
 		 270 aa  144  4e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000223662  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0862  Ku protein  26.94 
 
 		 270 aa  143  6e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  31.25 
 
 		 259 aa  142  9e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>