125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8032 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8032  potential exonuclease  100 
 
 		 266 aa  530  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0349  SMC domain protein  51.42 
 
 		 1248 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.920237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0305  SMC domain-containing protein  50 
 
 		 1248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.447501 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  37.66 
 
 		 1211 aa  125  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  37.17 
 
 		 1214 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  37.23 
 
 		 1211 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0381  SMC domain protein  51.16 
 
 		 1248 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.610563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  37 
 
 		 1213 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  36.61 
 
 		 1214 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  35.71 
 
 		 1214 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  36.56 
 
 		 1214 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  36.16 
 
 		 1214 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  37.17 
 
 		 1214 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  41.86 
 
 		 1083 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  35.48 
 
 		 1226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  34.21 
 
 		 1091 aa  103  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  36.32 
 
 		 1230 aa  102  8e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  32.86 
 
 		 1085 aa  102  8e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  43.5 
 
 		 1155 aa  101  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  48 
 
 		 1101 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  33.81 
 
 		 1346 aa  100  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  35.88 
 
 		 1091 aa  100  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  38.25 
 
 		 1046 aa  99.8  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  31.43 
 
 		 1303 aa  99.8  5e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  38.25 
 
 		 1046 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  38.25 
 
 		 1046 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  38.25 
 
 		 1046 aa  99  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  38.25 
 
 		 1046 aa  99.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  44.26 
 
 		 1223 aa  99  7e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  43.44 
 
 		 1224 aa  99  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  30.95 
 
 		 1307 aa  98.2  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  33.64 
 
 		 1234 aa  98.2  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  40.96 
 
 		 1227 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  32.38 
 
 		 1088 aa  96.3  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4886  SMC domain protein  50.43 
 
 		 1244 aa  96.7  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110633  normal  0.678618 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  39.68 
 
 		 1223 aa  95.9  6e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  42.62 
 
 		 1219 aa  94.4  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1821  SMC domain protein  41.67 
 
 		 1280 aa  92.8  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137398  normal  0.989347 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  44.23 
 
 		 1229 aa  92.8  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3139  nuclease SbcCD, C subunit  44.23 
 
 		 1229 aa  92.4  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.642669  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3289  nuclease SbcCD, C subunit  44.23 
 
 		 1220 aa  92.8  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.267466 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3108  SMC domain protein  38.01 
 
 		 1227 aa  89.4  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.885936  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  40.11 
 
 		 1227 aa  89  7e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2917  SMC domain protein  36.65 
 
 		 1227 aa  88.2  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.605657  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  40.59 
 
 		 1047 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  40.59 
 
 		 1048 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  40.59 
 
 		 1048 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  40.44 
 
 		 1144 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  40.59 
 
 		 1047 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  40.59 
 
 		 1047 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  40.59 
 
 		 1048 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  40.59 
 
 		 1047 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  40.59 
 
 		 1047 aa  87.4  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  40.59 
 
 		 1047 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0894  SMC domain-containing protein  40.41 
 
 		 1165 aa  85.1  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.60496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  41.52 
 
 		 1137 aa  85.1  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0433  exonuclease SbcC  42.27 
 
 		 1245 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0782061  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2451  SMC domain-containing protein  37.09 
 
 		 1232 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  35.78 
 
 		 1226 aa  81.3  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  31.58 
 
 		 1227 aa  79  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  34.95 
 
 		 1182 aa  78.2  0.0000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  45.45 
 
 		 1265 aa  77  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  36.2 
 
 		 1232 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  41.33 
 
 		 1247 aa  76.6  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0772  SMC domain protein  33.14 
 
 		 961 aa  76.3  0.0000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00238509  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  37 
 
 		 1238 aa  76.3  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  42.31 
 
 		 1042 aa  75.1  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  41.21 
 
 		 1164 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0467  exonuclease SbcC  40.72 
 
 		 1245 aa  69.7  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.929503  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  36.9 
 
 		 1308 aa  69.3  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0462  exonuclease SbcC  44.3 
 
 		 1247 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345469  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  29.15 
 
 		 953 aa  62  0.00000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27300  DNA repair ATPase  35.75 
 
 		 1022 aa  59.7  0.00000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0427932  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  36.36 
 
 		 1018 aa  58.5  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1443  ATPase for DNA repair  32.67 
 
 		 1046 aa  57.4  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  37.57 
 
 		 881 aa  57.4  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  42.57 
 
 		 1018 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  40 
 
 		 1018 aa  58.2  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  33.33 
 
 		 906 aa  57  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1364  ATP-dependent dsDNA exonuclease  42 
 
 		 1059 aa  57  0.0000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  39.32 
 
 		 1020 aa  57  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  41.75 
 
 		 1018 aa  56.2  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  41.75 
 
 		 1018 aa  56.2  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  41.75 
 
 		 1018 aa  56.2  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  41.75 
 
 		 1018 aa  56.2  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  43.33 
 
 		 1018 aa  55.8  0.0000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  43.33 
 
 		 1018 aa  55.8  0.0000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  38.95 
 
 		 1018 aa  55.8  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  42.16 
 
 		 1018 aa  55.8  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2199  exonuclease  34.34 
 
 		 1029 aa  55.5  0.0000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2360  exonuclease  34.34 
 
 		 1029 aa  55.5  0.0000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.293135  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  43.33 
 
 		 1018 aa  55.8  0.0000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  33.33 
 
 		 1081 aa  55.5  0.0000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  35.54 
 
 		 1029 aa  55.5  0.0000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2379  putative exonuclease  34.34 
 
 		 1029 aa  55.5  0.0000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2391  exonuclease, putative  34.34 
 
 		 1029 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15331  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  34.34 
 
 		 1029 aa  55.5  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2122  exonuclease  34.34 
 
 		 1029 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.837048  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  30.2 
 
 		 910 aa  54.7  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  34.34 
 
 		 1029 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>