216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2451 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  41.33 
 
 
1227 aa  698    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  47.35 
 
 
1265 aa  916    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3108  SMC domain protein  41.36 
 
 
1227 aa  694    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.885936  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2451  SMC domain-containing protein  100 
 
 
1232 aa  2435    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  40.59 
 
 
1229 aa  653    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2917  SMC domain protein  40.74 
 
 
1227 aa  692    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.605657  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  40.82 
 
 
1227 aa  713    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  41.24 
 
 
1226 aa  721    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  37.73 
 
 
1238 aa  706    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3139  nuclease SbcCD, C subunit  40.45 
 
 
1229 aa  654    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.642669  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  36.97 
 
 
1137 aa  635  1e-180  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  34.54 
 
 
1247 aa  514  1e-144  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  28.46 
 
 
1224 aa  405  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  40.21 
 
 
1232 aa  387  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  32.39 
 
 
1214 aa  365  2e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  31.63 
 
 
1214 aa  365  4e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  52.94 
 
 
1048 aa  343  1e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  52.92 
 
 
1047 aa  343  1e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  53.53 
 
 
1047 aa  343  1e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  52.92 
 
 
1047 aa  343  1e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  52.92 
 
 
1047 aa  343  1e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  52.92 
 
 
1047 aa  343  1e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  52.92 
 
 
1048 aa  343  2e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  52.92 
 
 
1048 aa  343  2e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  52.63 
 
 
1047 aa  342  4e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  56.38 
 
 
1144 aa  340  9.999999999999999e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  47.96 
 
 
1083 aa  330  9e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  50.87 
 
 
1046 aa  328  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  50.87 
 
 
1046 aa  328  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  50.87 
 
 
1046 aa  328  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  50.87 
 
 
1046 aa  328  5e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  50.72 
 
 
1046 aa  327  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0894  SMC domain-containing protein  53.57 
 
 
1165 aa  325  3e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.60496  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  47.83 
 
 
1042 aa  324  7e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  35.95 
 
 
1155 aa  315  2.9999999999999996e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  51.83 
 
 
1164 aa  310  8e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3289  nuclease SbcCD, C subunit  53.24 
 
 
1220 aa  287  7e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.267466 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  54.05 
 
 
1308 aa  265  6e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  45.3 
 
 
1088 aa  259  3e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  32.06 
 
 
1303 aa  257  8e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  40.86 
 
 
1226 aa  255  3e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  42.02 
 
 
1223 aa  256  3e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  41.95 
 
 
1091 aa  254  7e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  48.11 
 
 
1091 aa  254  9.000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  29.68 
 
 
1085 aa  248  3e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  52.58 
 
 
1227 aa  248  4e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  32.01 
 
 
1307 aa  247  9e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  50.69 
 
 
1230 aa  246  1.9999999999999999e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  29.95 
 
 
1223 aa  244  5e-63  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  44.92 
 
 
1219 aa  239  2e-61  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  45.74 
 
 
1234 aa  225  3e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4886  SMC domain protein  38.71 
 
 
1244 aa  218  5e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110633  normal  0.678618 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  32.29 
 
 
1346 aa  203  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0305  SMC domain-containing protein  34.19 
 
 
1248 aa  183  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.447501 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0381  SMC domain protein  35.77 
 
 
1248 aa  181  5.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.610563  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  36.94 
 
 
1211 aa  180  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  50 
 
 
1211 aa  179  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0349  SMC domain protein  38.4 
 
 
1248 aa  177  9e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.920237  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1821  SMC domain protein  42.22 
 
 
1280 aa  174  1e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137398  normal  0.989347 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  44.89 
 
 
1101 aa  174  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  38.51 
 
 
1214 aa  172  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  37.94 
 
 
1214 aa  171  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  30.18 
 
 
1213 aa  170  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  35.77 
 
 
1214 aa  168  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  51.96 
 
 
1214 aa  165  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  55.35 
 
 
1182 aa  145  4e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0467  exonuclease SbcC  31.74 
 
 
1245 aa  137  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.929503  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0462  exonuclease SbcC  35.19 
 
 
1247 aa  135  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345469  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0433  exonuclease SbcC  35.06 
 
 
1245 aa  131  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0782061  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  32.59 
 
 
1018 aa  125  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  36.72 
 
 
953 aa  124  8e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  40.24 
 
 
1291 aa  120  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  30.06 
 
 
1029 aa  120  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  28.18 
 
 
1018 aa  120  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  36.87 
 
 
1009 aa  119  5e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  38.86 
 
 
1020 aa  119  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  39.89 
 
 
1018 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  45.19 
 
 
1025 aa  116  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  29.82 
 
 
1013 aa  116  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  28.44 
 
 
1039 aa  117  2.0000000000000002e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  30.37 
 
 
1029 aa  116  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2122  exonuclease  29.19 
 
 
1029 aa  116  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.837048  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  26.73 
 
 
1018 aa  116  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  26.73 
 
 
1018 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2461  putative exonuclease  29.81 
 
 
1029 aa  115  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000696116  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  28.88 
 
 
1029 aa  115  5e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  31.46 
 
 
1018 aa  115  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2379  putative exonuclease  29.5 
 
 
1029 aa  114  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0052  SMC domain protein  35.06 
 
 
1049 aa  114  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2998  putative exonuclease  28.88 
 
 
1029 aa  114  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000658197  decreased coverage  0.00861967 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  45 
 
 
881 aa  114  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  46.83 
 
 
1018 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  44.8 
 
 
910 aa  113  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  46.83 
 
 
1018 aa  114  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  46.83 
 
 
1018 aa  114  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  46.83 
 
 
1018 aa  114  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  42.36 
 
 
995 aa  113  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0171  nuclease SbcCD, C subunit, putative  28.74 
 
 
1030 aa  112  3e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  26.43 
 
 
1018 aa  112  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  46.83 
 
 
1018 aa  112  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>