190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4886 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4886  SMC domain protein  100 
 
 		 1244 aa  2520    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110633  normal  0.678618 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  33.36 
 
 		 1213 aa  490  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  29.38 
 
 		 1238 aa  351  6e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  32.34 
 
 		 1214 aa  268  5e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  32.11 
 
 		 1211 aa  258  7e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  36.88 
 
 		 1182 aa  248  6e-64  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1821  SMC domain protein  50.37 
 
 		 1280 aa  248  6e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137398  normal  0.989347 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  48.74 
 
 		 1214 aa  236  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  40.57 
 
 		 1214 aa  236  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  47.66 
 
 		 1211 aa  235  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  47.46 
 
 		 1214 aa  233  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  66.27 
 
 		 1214 aa  229  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  51.28 
 
 		 1214 aa  228  7e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  45.3 
 
 		 1101 aa  224  8e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  32.15 
 
 		 1137 aa  219  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  29.97 
 
 		 1091 aa  218  8e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2451  SMC domain-containing protein  42.26 
 
 		 1232 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  40.25 
 
 		 1226 aa  216  2.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3108  SMC domain protein  43.98 
 
 		 1227 aa  215  3.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.885936  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  38.51 
 
 		 1048 aa  215  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  38.95 
 
 		 1047 aa  215  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  38.51 
 
 		 1048 aa  215  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  38.51 
 
 		 1047 aa  215  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  38.51 
 
 		 1047 aa  215  4.9999999999999996e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  38.51 
 
 		 1047 aa  214  5.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  38.51 
 
 		 1047 aa  214  5.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  39.09 
 
 		 1232 aa  214  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  44.61 
 
 		 1227 aa  213  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3289  nuclease SbcCD, C subunit  48.56 
 
 		 1220 aa  213  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.267466 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  48.56 
 
 		 1229 aa  213  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3139  nuclease SbcCD, C subunit  48.56 
 
 		 1229 aa  213  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.642669  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  38.22 
 
 		 1047 aa  213  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  47.5 
 
 		 1046 aa  212  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  38.66 
 
 		 1048 aa  212  4e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  30.65 
 
 		 1265 aa  212  4e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  47.08 
 
 		 1046 aa  209  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  47.08 
 
 		 1046 aa  210  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  47.08 
 
 		 1046 aa  209  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  47.08 
 
 		 1046 aa  209  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0381  SMC domain protein  49.53 
 
 		 1248 aa  208  5e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.610563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0305  SMC domain-containing protein  49.53 
 
 		 1248 aa  204  6e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.447501 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  28.97 
 
 		 1088 aa  204  8e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  28.04 
 
 		 1085 aa  204  8e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  45.16 
 
 		 1083 aa  204  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0894  SMC domain-containing protein  45.71 
 
 		 1165 aa  203  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.60496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0349  SMC domain protein  49.06 
 
 		 1248 aa  202  3e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.920237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  44.75 
 
 		 1042 aa  202  3.9999999999999996e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2917  SMC domain protein  41.26 
 
 		 1227 aa  200  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.605657  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  28.47 
 
 		 1223 aa  199  3e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  26.92 
 
 		 1219 aa  198  5.000000000000001e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  30.95 
 
 		 1223 aa  194  9e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  31.35 
 
 		 1091 aa  192  2.9999999999999997e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  42.28 
 
 		 1308 aa  192  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  27.16 
 
 		 1303 aa  186  3e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  28.61 
 
 		 1346 aa  177  9.999999999999999e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  36.2 
 
 		 1307 aa  174  9e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  40 
 
 		 1224 aa  172  4e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0467  exonuclease SbcC  39.36 
 
 		 1245 aa  171  7e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.929503  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0462  exonuclease SbcC  40.28 
 
 		 1247 aa  171  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345469  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  57.52 
 
 		 1234 aa  166  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  49.4 
 
 		 1226 aa  164  7e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0433  exonuclease SbcC  43.66 
 
 		 1245 aa  164  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0782061  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  32.66 
 
 		 1230 aa  154  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  49.74 
 
 		 1155 aa  151  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  55.35 
 
 		 1227 aa  151  9e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  48.19 
 
 		 1144 aa  149  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  53.95 
 
 		 1247 aa  149  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  48.65 
 
 		 1164 aa  145  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04030  Exodeoxyribonuclease I subunit C  23.6 
 
 		 1108 aa  143  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0894457  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  45.24 
 
 		 1227 aa  137  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27300  DNA repair ATPase  40.72 
 
 		 1022 aa  111  8.000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0427932  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  47.11 
 
 		 995 aa  109  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4031  SMC domain-containing protein  29.84 
 
 		 810 aa  109  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.515725  normal  0.378288 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  39.25 
 
 		 1020 aa  107  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  36.11 
 
 		 881 aa  107  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  35.94 
 
 		 1009 aa  105  5e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  43.57 
 
 		 1018 aa  104  8e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1443  ATPase for DNA repair  37.29 
 
 		 1046 aa  104  8e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  43.57 
 
 		 1018 aa  104  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  48.65 
 
 		 1025 aa  104  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  43.57 
 
 		 1018 aa  104  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  44.6 
 
 		 1009 aa  104  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  44.6 
 
 		 1009 aa  104  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  42.34 
 
 		 1018 aa  104  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  43.07 
 
 		 1018 aa  103  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  42.34 
 
 		 1018 aa  103  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  42.36 
 
 		 1018 aa  103  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  43.57 
 
 		 1018 aa  103  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  35.16 
 
 		 953 aa  103  3e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  44.03 
 
 		 1018 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  44.03 
 
 		 1018 aa  103  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  44.03 
 
 		 1018 aa  103  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  44.03 
 
 		 1018 aa  103  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  44.03 
 
 		 1018 aa  102  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8032  potential exonuclease  50.43 
 
 		 266 aa  100  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1364  ATP-dependent dsDNA exonuclease  40.27 
 
 		 1059 aa  99.4  4e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0205  exonuclease SbcC  23.86 
 
 		 1172 aa  96.7  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305096  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0760  SMC domain protein  28.99 
 
 		 1165 aa  96.7  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000289262  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1246  SMC domain-containing protein  34.22 
 
 		 1038 aa  97.4  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  41.46 
 
 		 910 aa  96.3  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>