244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_0472 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  98.28 
 
 		 1048 aa  1942    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  97.81 
 
 		 1048 aa  1931    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  70.96 
 
 		 1046 aa  1353    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  70.96 
 
 		 1046 aa  1354    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  99.04 
 
 		 1047 aa  2076    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  97.61 
 
 		 1047 aa  1937    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  70.77 
 
 		 1046 aa  1350    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  43.43 
 
 		 1137 aa  687    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  99.33 
 
 		 1047 aa  2073    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  70.96 
 
 		 1046 aa  1354    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  99.33 
 
 		 1047 aa  2073    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  99.24 
 
 		 1047 aa  2076    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  100 
 
 		 1047 aa  2091    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  98.28 
 
 		 1048 aa  1942    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  64 
 
 		 1042 aa  1162    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  42.67 
 
 		 1144 aa  672    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  70.87 
 
 		 1046 aa  1351    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  29.63 
 
 		 1085 aa  426  1e-117  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2917  SMC domain protein  43.52 
 
 		 1227 aa  402  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.605657  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3108  SMC domain protein  43.07 
 
 		 1227 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.885936  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0894  SMC domain-containing protein  44.11 
 
 		 1165 aa  394  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.60496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  61.36 
 
 		 1227 aa  390  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  64.29 
 
 		 1229 aa  376  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3139  nuclease SbcCD, C subunit  64.29 
 
 		 1229 aa  375  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.642669  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  54.2 
 
 		 1227 aa  371  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3289  nuclease SbcCD, C subunit  64.29 
 
 		 1220 aa  372  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.267466 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2451  SMC domain-containing protein  42.31 
 
 		 1232 aa  358  2.9999999999999997e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  68.17 
 
 		 1083 aa  348  2e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  51.34 
 
 		 1232 aa  328  5e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  56.23 
 
 		 1226 aa  323  9.000000000000001e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  59.62 
 
 		 1308 aa  322  3e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  53.96 
 
 		 1164 aa  313  1e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  56.29 
 
 		 1265 aa  309  2.0000000000000002e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  65.14 
 
 		 1238 aa  305  3.0000000000000004e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  38.92 
 
 		 1155 aa  302  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  51.68 
 
 		 1247 aa  295  3e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  35.08 
 
 		 1088 aa  290  9e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  49.22 
 
 		 1234 aa  286  1.0000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  50.78 
 
 		 1091 aa  280  1e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  50.78 
 
 		 1091 aa  276  1.0000000000000001e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  46.1 
 
 		 1230 aa  261  4e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  40.32 
 
 		 1224 aa  259  3e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  44.65 
 
 		 1227 aa  258  3e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  42.23 
 
 		 1226 aa  257  7e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  43.58 
 
 		 1223 aa  255  3e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  46.93 
 
 		 1223 aa  253  1e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  48.3 
 
 		 1346 aa  248  4.9999999999999997e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  45.38 
 
 		 1219 aa  245  1.9999999999999999e-63  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  39.69 
 
 		 1303 aa  239  2e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  38.46 
 
 		 1307 aa  233  1e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  40.97 
 
 		 1214 aa  217  9e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  34.84 
 
 		 1214 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4886  SMC domain protein  38.51 
 
 		 1244 aa  216  2.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110633  normal  0.678618 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  43.9 
 
 		 1214 aa  209  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  41 
 
 		 1213 aa  206  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  46.56 
 
 		 1211 aa  204  6e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  45.99 
 
 		 1211 aa  202  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  44.4 
 
 		 1214 aa  200  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  46.1 
 
 		 1214 aa  191  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  43.66 
 
 		 1214 aa  189  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04030  Exodeoxyribonuclease I subunit C  22.13 
 
 		 1108 aa  179  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0894457  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  39.76 
 
 		 1182 aa  178  5e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1821  SMC domain protein  38.95 
 
 		 1280 aa  176  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137398  normal  0.989347 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0305  SMC domain-containing protein  36.54 
 
 		 1248 aa  174  6.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.447501 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0772  SMC domain protein  24.37 
 
 		 961 aa  167  8e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00238509  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0349  SMC domain protein  41.3 
 
 		 1248 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.920237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0381  SMC domain protein  41.32 
 
 		 1248 aa  163  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.610563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  45.31 
 
 		 1101 aa  160  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1364  ATP-dependent dsDNA exonuclease  24.17 
 
 		 1059 aa  140  1e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0433  exonuclease SbcC  44.21 
 
 		 1245 aa  134  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0782061  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2951  SMC domain protein  24.06 
 
 		 1031 aa  132  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00128287  unclonable  0.000000102622 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0462  exonuclease SbcC  35.32 
 
 		 1247 aa  130  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345469  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0467  exonuclease SbcC  35.32 
 
 		 1245 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.929503  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  34.4 
 
 		 1013 aa  127  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  28.1 
 
 		 1018 aa  125  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  24.83 
 
 		 1029 aa  123  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  37.1 
 
 		 953 aa  121  7e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  31.01 
 
 		 906 aa  120  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  35.83 
 
 		 1018 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  33.33 
 
 		 1009 aa  120  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  39.05 
 
 		 1291 aa  119  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  35.83 
 
 		 1018 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  35.83 
 
 		 1018 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  32.84 
 
 		 1018 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  35.5 
 
 		 1018 aa  119  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  28.85 
 
 		 1018 aa  119  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  33.53 
 
 		 1018 aa  118  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1488  SMC domain protein  26.57 
 
 		 1114 aa  116  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  45.71 
 
 		 1025 aa  115  3e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1257  SMC domain protein  26.44 
 
 		 1019 aa  114  7.000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.861215  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0205  SMC domain-containing protein  26.13 
 
 		 1180 aa  114  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  30.72 
 
 		 1020 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  40.36 
 
 		 881 aa  112  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  30.23 
 
 		 1039 aa  111  6e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  33.43 
 
 		 1018 aa  111  9.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  33.07 
 
 		 910 aa  111  9.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2199  exonuclease  22.49 
 
 		 1029 aa  110  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2360  exonuclease  22.49 
 
 		 1029 aa  110  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.293135  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  38.83 
 
 		 1009 aa  110  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  38.83 
 
 		 1009 aa  110  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>