177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_1821 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_1821  SMC domain protein  100 
 
 
1280 aa  2434    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137398  normal  0.989347 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  30.7 
 
 
1224 aa  352  2e-95  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  26.62 
 
 
1219 aa  325  3e-87  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4886  SMC domain protein  34.6 
 
 
1244 aa  272  2.9999999999999997e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110633  normal  0.678618 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  34.4 
 
 
1213 aa  244  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  46.52 
 
 
1214 aa  235  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  34.72 
 
 
1214 aa  234  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  44.79 
 
 
1214 aa  231  6e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  49.01 
 
 
1214 aa  225  4e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  41.69 
 
 
1182 aa  211  7e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  45.49 
 
 
1214 aa  206  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  44.67 
 
 
1211 aa  200  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  44.64 
 
 
1211 aa  198  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  48.51 
 
 
1101 aa  195  4e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  45.3 
 
 
1214 aa  190  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  32.1 
 
 
1085 aa  189  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  40.47 
 
 
1046 aa  188  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  40.13 
 
 
1046 aa  188  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  40.13 
 
 
1046 aa  188  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  40.13 
 
 
1046 aa  188  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  40.47 
 
 
1046 aa  187  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  31.75 
 
 
1091 aa  187  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  36.89 
 
 
1227 aa  185  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  53.12 
 
 
1091 aa  185  5.0000000000000004e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  40.67 
 
 
1137 aa  185  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  53.75 
 
 
1088 aa  183  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  36.92 
 
 
1083 aa  181  9e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0462  exonuclease SbcC  44.44 
 
 
1247 aa  181  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345469  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  37.42 
 
 
1048 aa  179  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  36.61 
 
 
1048 aa  180  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  37.42 
 
 
1048 aa  179  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  34.42 
 
 
1234 aa  180  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  37.42 
 
 
1047 aa  179  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  37.42 
 
 
1047 aa  180  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0349  SMC domain protein  42.97 
 
 
1248 aa  179  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.920237  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  37.42 
 
 
1047 aa  180  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  37.42 
 
 
1047 aa  179  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  37.42 
 
 
1047 aa  179  3e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  37.12 
 
 
1047 aa  178  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  51.06 
 
 
1226 aa  178  5e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  51.12 
 
 
1223 aa  178  6e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  38.54 
 
 
1247 aa  177  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  36.45 
 
 
1230 aa  176  2.9999999999999996e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0305  SMC domain-containing protein  42.19 
 
 
1248 aa  174  6.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.447501 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  40.44 
 
 
1303 aa  173  2e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2451  SMC domain-containing protein  42.22 
 
 
1232 aa  173  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  45.69 
 
 
1223 aa  171  6e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  40.09 
 
 
1307 aa  170  2e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  44.83 
 
 
1346 aa  170  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  37.78 
 
 
1155 aa  167  8e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  36.31 
 
 
1042 aa  167  8e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  38.81 
 
 
1308 aa  166  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  37.34 
 
 
1144 aa  162  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0433  exonuclease SbcC  54.17 
 
 
1245 aa  161  7e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0782061  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  35.99 
 
 
1227 aa  159  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  54.09 
 
 
1227 aa  157  9e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  36.59 
 
 
1226 aa  155  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0381  SMC domain protein  54.12 
 
 
1248 aa  155  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.610563  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2917  SMC domain protein  34.61 
 
 
1227 aa  148  7.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.605657  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0467  exonuclease SbcC  58.02 
 
 
1245 aa  144  9e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.929503  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  48.4 
 
 
1265 aa  142  4.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  54.19 
 
 
1164 aa  142  4.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  30.49 
 
 
1232 aa  140  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  46.03 
 
 
1238 aa  139  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3139  nuclease SbcCD, C subunit  51.57 
 
 
1229 aa  137  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.642669  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3108  SMC domain protein  33.1 
 
 
1227 aa  137  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.885936  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3289  nuclease SbcCD, C subunit  51.57 
 
 
1220 aa  137  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.267466 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  51.57 
 
 
1229 aa  137  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0894  SMC domain-containing protein  47.62 
 
 
1165 aa  122  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.60496  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  36.32 
 
 
1018 aa  107  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0171  nuclease SbcCD, C subunit, putative  34.04 
 
 
1030 aa  105  5e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  35.87 
 
 
953 aa  103  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8032  potential exonuclease  40 
 
 
266 aa  102  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  36.41 
 
 
1009 aa  100  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  36.41 
 
 
1009 aa  100  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  37.93 
 
 
1020 aa  100  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  50.5 
 
 
1013 aa  100  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1488  SMC domain protein  29.47 
 
 
1114 aa  99.8  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2822  SMC domain-containing protein  37.15 
 
 
1020 aa  99  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  27.81 
 
 
1018 aa  98.6  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  30.97 
 
 
1009 aa  97.8  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  27.18 
 
 
1018 aa  97.8  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27300  DNA repair ATPase  40.12 
 
 
1022 aa  97.1  2e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0427932  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  36.73 
 
 
1291 aa  97.1  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  43.48 
 
 
1018 aa  95.9  5e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1443  ATPase for DNA repair  36.67 
 
 
1046 aa  95.5  5e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  43.48 
 
 
1018 aa  95.9  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  43.48 
 
 
1018 aa  95.9  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  43.48 
 
 
1018 aa  95.9  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5583  exonuclease SbcC, putative  39.02 
 
 
1020 aa  95.5  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  42.61 
 
 
1018 aa  95.5  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3664  dsDNA exonuclease SbcC  42.13 
 
 
1017 aa  95.1  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  42.61 
 
 
1018 aa  95.1  8e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  42.61 
 
 
1018 aa  95.1  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  42.86 
 
 
1018 aa  95.1  8e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  40 
 
 
1081 aa  94.7  9e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  43.48 
 
 
1018 aa  94.7  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  35.74 
 
 
906 aa  94  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  47.92 
 
 
910 aa  92  7e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  35.56 
 
 
1018 aa  91.7  9e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>