208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3443 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  38.9 
 
 
1265 aa  650    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  100 
 
 
1232 aa  2471    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  38.23 
 
 
1238 aa  704    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  44.28 
 
 
1226 aa  831    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  39.73 
 
 
1227 aa  608  9.999999999999999e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  38.79 
 
 
1227 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2917  SMC domain protein  37.75 
 
 
1227 aa  600  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.605657  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  39.12 
 
 
1229 aa  597  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3139  nuclease SbcCD, C subunit  39.12 
 
 
1229 aa  597  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.642669  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3289  nuclease SbcCD, C subunit  38.88 
 
 
1220 aa  590  1e-167  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.267466 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  37.09 
 
 
1137 aa  591  1e-167  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3108  SMC domain protein  38.54 
 
 
1227 aa  579  1.0000000000000001e-163  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.885936  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  33.41 
 
 
1247 aa  487  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  28.44 
 
 
1219 aa  421  1e-116  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2451  SMC domain-containing protein  51.28 
 
 
1232 aa  352  2e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  52.06 
 
 
1047 aa  330  7e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  52.06 
 
 
1047 aa  330  8e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  52.06 
 
 
1047 aa  330  8e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  52.06 
 
 
1047 aa  330  8e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  52.06 
 
 
1048 aa  330  9e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  52.06 
 
 
1048 aa  330  9e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  52.06 
 
 
1047 aa  330  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  51.76 
 
 
1047 aa  330  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  51.76 
 
 
1048 aa  326  1e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  50.53 
 
 
1083 aa  320  7e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  55 
 
 
1046 aa  320  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  55 
 
 
1046 aa  320  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  55 
 
 
1046 aa  320  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  54.67 
 
 
1046 aa  318  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  54.67 
 
 
1046 aa  316  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  54.21 
 
 
1144 aa  313  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  52.94 
 
 
1042 aa  295  5e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  48.9 
 
 
1164 aa  294  6e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  35.43 
 
 
1308 aa  273  2e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  32.17 
 
 
1088 aa  273  2e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  36.98 
 
 
1155 aa  267  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  31.68 
 
 
1226 aa  265  4e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  50.45 
 
 
1230 aa  249  2e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  45.9 
 
 
1234 aa  243  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  46.51 
 
 
1091 aa  242  2.9999999999999997e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  39.17 
 
 
1091 aa  240  1e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  45.97 
 
 
1223 aa  240  1e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  49.55 
 
 
1346 aa  233  2e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  44.75 
 
 
1303 aa  231  5e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  50 
 
 
1307 aa  229  3e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  31.57 
 
 
1085 aa  228  8e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0894  SMC domain-containing protein  53.06 
 
 
1165 aa  227  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.60496  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4886  SMC domain protein  39.09 
 
 
1244 aa  226  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110633  normal  0.678618 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  44.05 
 
 
1223 aa  220  1e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  43.98 
 
 
1224 aa  214  7.999999999999999e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  30.07 
 
 
1227 aa  199  2.0000000000000003e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  31.73 
 
 
1211 aa  197  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  41.24 
 
 
1213 aa  194  7e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  30.29 
 
 
1214 aa  193  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  28.02 
 
 
1182 aa  182  2.9999999999999997e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  50.26 
 
 
1211 aa  180  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  29.74 
 
 
1214 aa  179  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  45.25 
 
 
1101 aa  169  4e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  46.83 
 
 
1214 aa  167  9e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  48.42 
 
 
1214 aa  167  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  49.72 
 
 
1214 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  49.72 
 
 
1214 aa  165  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0349  SMC domain protein  41.41 
 
 
1248 aa  162  4e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.920237  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0305  SMC domain-containing protein  40.94 
 
 
1248 aa  162  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.447501 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0381  SMC domain protein  39.91 
 
 
1248 aa  160  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.610563  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0462  exonuclease SbcC  36.64 
 
 
1247 aa  141  6e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345469  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0433  exonuclease SbcC  38.36 
 
 
1245 aa  138  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0782061  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1821  SMC domain protein  47.34 
 
 
1280 aa  137  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137398  normal  0.989347 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  40.46 
 
 
953 aa  129  3e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  39.41 
 
 
1291 aa  122  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  33.23 
 
 
1018 aa  119  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  32.81 
 
 
1018 aa  119  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  29.47 
 
 
881 aa  119  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  48.18 
 
 
1009 aa  117  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  30.11 
 
 
1029 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  39.08 
 
 
995 aa  117  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  48.78 
 
 
1025 aa  115  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  42.57 
 
 
1020 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0733  DNA repair exonuclease, SbcC  45.89 
 
 
962 aa  115  7.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  33.33 
 
 
1013 aa  114  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2998  putative exonuclease  39.01 
 
 
1029 aa  112  5e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000658197  decreased coverage  0.00861967 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  39.01 
 
 
1029 aa  112  5e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2391  exonuclease, putative  39.01 
 
 
1029 aa  112  6e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15331  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2461  putative exonuclease  39.01 
 
 
1029 aa  112  6e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000696116  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2167  SMC domain-containing protein  39.01 
 
 
1029 aa  112  6e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0876433  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2122  exonuclease  39.01 
 
 
1029 aa  111  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.837048  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2379  putative exonuclease  39.01 
 
 
1029 aa  111  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  29.16 
 
 
1029 aa  111  9.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  49.07 
 
 
910 aa  110  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2166  SMC domain-containing protein  43.95 
 
 
1249 aa  110  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2199  exonuclease  38.46 
 
 
1029 aa  109  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2360  exonuclease  38.46 
 
 
1029 aa  109  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.293135  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  44.06 
 
 
906 aa  109  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  38.64 
 
 
1018 aa  109  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  44.7 
 
 
1018 aa  108  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  44.7 
 
 
1018 aa  108  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  44.7 
 
 
1018 aa  108  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  44.7 
 
 
1018 aa  108  5e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0673  SMC domain protein  34.41 
 
 
1116 aa  108  6e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00700495  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  44.8 
 
 
1018 aa  108  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>