196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_2539 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  63.82 
 
 		 1091 aa  1369    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  64.82 
 
 		 1088 aa  1402    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  100 
 
 		 1085 aa  2175    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  66.33 
 
 		 1091 aa  1456    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  46.93 
 
 		 1227 aa  389  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  36.31 
 
 		 1226 aa  388  1e-106  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  43.08 
 
 		 1223 aa  384  1e-105  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  37.32 
 
 		 1230 aa  380  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  35.58 
 
 		 1224 aa  372  1e-101  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  37.77 
 
 		 1219 aa  359  9.999999999999999e-98  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  43.37 
 
 		 1223 aa  345  2e-93  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  43.29 
 
 		 1307 aa  339  1.9999999999999998e-91  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  45.02 
 
 		 1303 aa  337  7e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  43.14 
 
 		 1346 aa  323  9.999999999999999e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  31.36 
 
 		 1047 aa  259  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  32.05 
 
 		 1048 aa  252  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  30.81 
 
 		 1227 aa  242  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  41.18 
 
 		 1047 aa  236  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  50.88 
 
 		 1155 aa  234  8.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0894  SMC domain-containing protein  51.57 
 
 		 1165 aa  234  8.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.60496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  45.17 
 
 		 1046 aa  232  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  45.17 
 
 		 1046 aa  233  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  45.14 
 
 		 1164 aa  232  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  42.25 
 
 		 1227 aa  231  4e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  45.17 
 
 		 1046 aa  231  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  45.17 
 
 		 1046 aa  231  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  45.17 
 
 		 1046 aa  231  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2451  SMC domain-containing protein  47.93 
 
 		 1232 aa  230  9e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  50 
 
 		 1144 aa  230  9e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  33.02 
 
 		 1308 aa  230  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3139  nuclease SbcCD, C subunit  46.8 
 
 		 1229 aa  227  9e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.642669  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2917  SMC domain protein  47.03 
 
 		 1227 aa  227  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.605657  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  43.42 
 
 		 1234 aa  227  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  46.8 
 
 		 1229 aa  227  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3289  nuclease SbcCD, C subunit  46.8 
 
 		 1220 aa  227  1e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.267466 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  31.75 
 
 		 1232 aa  226  3e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3108  SMC domain protein  48.31 
 
 		 1227 aa  226  3e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.885936  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  46.9 
 
 		 1226 aa  222  3e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  44.96 
 
 		 1042 aa  221  7e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  41.47 
 
 		 1247 aa  220  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  47.47 
 
 		 1265 aa  218  4e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  43.89 
 
 		 1238 aa  213  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  32.24 
 
 		 1213 aa  213  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4886  SMC domain protein  28.04 
 
 		 1244 aa  204  7e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110633  normal  0.678618 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  36.55 
 
 		 1214 aa  188  4e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  39.22 
 
 		 1214 aa  184  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  38.82 
 
 		 1047 aa  181  9e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  38.82 
 
 		 1047 aa  179  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  38.82 
 
 		 1047 aa  179  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  38.82 
 
 		 1047 aa  179  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  38.59 
 
 		 1048 aa  179  3e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  38.59 
 
 		 1048 aa  179  3e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  39.02 
 
 		 1214 aa  177  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  44.59 
 
 		 1137 aa  177  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  39.02 
 
 		 1214 aa  177  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  39.02 
 
 		 1214 aa  174  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  36.5 
 
 		 1214 aa  174  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  49.16 
 
 		 1101 aa  173  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0381  SMC domain protein  35.92 
 
 		 1248 aa  172  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.610563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  45.91 
 
 		 1211 aa  171  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  26.88 
 
 		 906 aa  168  5e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  47.43 
 
 		 1211 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  40.28 
 
 		 1083 aa  165  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  37.04 
 
 		 1182 aa  164  1e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0349  SMC domain protein  40.26 
 
 		 1248 aa  163  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.920237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0305  SMC domain-containing protein  40.26 
 
 		 1248 aa  163  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.447501 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1821  SMC domain protein  52.87 
 
 		 1280 aa  149  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137398  normal  0.989347 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04030  Exodeoxyribonuclease I subunit C  23.93 
 
 		 1108 aa  147  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0894457  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0467  exonuclease SbcC  44.04 
 
 		 1245 aa  145  4e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.929503  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2998  putative exonuclease  24.07 
 
 		 1029 aa  144  7e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000658197  decreased coverage  0.00861967 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0433  exonuclease SbcC  42.25 
 
 		 1245 aa  144  8e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0782061  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  24.16 
 
 		 1029 aa  141  6e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0462  exonuclease SbcC  38.3 
 
 		 1247 aa  138  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345469  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3418  SMC domain protein  24.09 
 
 		 1032 aa  136  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.157497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  31.64 
 
 		 1013 aa  128  6e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  30.75 
 
 		 1018 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  24.28 
 
 		 1018 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  24.28 
 
 		 1018 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  24.28 
 
 		 1018 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  27.13 
 
 		 1018 aa  122  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  29.17 
 
 		 1018 aa  122  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  30.12 
 
 		 1018 aa  121  7.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0171  nuclease SbcCD, C subunit, putative  27.86 
 
 		 1030 aa  120  9.999999999999999e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  28.4 
 
 		 1020 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  26.2 
 
 		 1018 aa  117  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  35.45 
 
 		 1081 aa  117  2.0000000000000002e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  29.46 
 
 		 1018 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  47.45 
 
 		 1018 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  47.45 
 
 		 1018 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  46.72 
 
 		 1018 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0052  SMC domain protein  25.17 
 
 		 1049 aa  112  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  30.36 
 
 		 1018 aa  112  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  40 
 
 		 953 aa  111  7.000000000000001e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  42.07 
 
 		 1009 aa  111  8.000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  46.56 
 
 		 1025 aa  111  8.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  44.53 
 
 		 1009 aa  107  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  44.53 
 
 		 1009 aa  107  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01270  DNA repair ATPase  40.27 
 
 		 1047 aa  105  7e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4031  SMC domain-containing protein  31.11 
 
 		 810 aa  103  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.515725  normal  0.378288 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27300  DNA repair ATPase  29.52 
 
 		 1022 aa  101  6e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0427932  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>